《上海兽医研究所动物抗感染药物团队在天然α-倒捻子素衍生物结构改造及抗菌作用机制方面取得进展》

  • 来源专题:农业生物安全
  • 编译者: 李周晶
  • 发布时间:2023-06-01
  • 近日,中国农业科学院上海兽医研究所动物抗感染药物和微生物耐药团队对天然产物α-倒捻子素的抗菌构效关系研究发现,α-倒捻子素母核结构上的酚羟基对其抗菌活性有重要影响,其中衍生物10a对多重耐药菌株显示了明显的抗菌活性,能够使细菌细胞膜去极化、通透性增加,完整性受损,影响细菌细胞膜的物质交换功能,该论文为解决金黄色葡萄糖球菌的耐药危机以及天然产物抗菌成分氧杂蒽酮类的改造提供新策略与方向。相关研究成果发表在药物化学经典期刊《Bioorganic & Medicinal Chemistry》上。

    前抗生素时代,人类一半以上的死亡可归因于感染,抗生素问世以来拯救了无数感染病人的生命,人类寿命大大延长,抗生素对感染的控制是现代医学取得众多显著进步的基础。但随着其在临床上不合理的使用,多种耐药以及多重耐药细菌不断出现,抗生素耐药性问题以及新抗生素开发效益的降低已经造成了全球健康危机。因此,在抗生素的开发领域急需进行创新。

    本研究发现,α-倒捻子素母核结构上的酚羟基贡献度为C3>C6>C1,C3羟基为必需药效团,C1为潜在结构改造位点。C1上携带乙酰基的衍生物10a具有良好体内外抗金黄色耐药病原作用,对人正常肝细胞基本无毒性,对哺乳动物红细胞不产生溶血作用,呈现比先导物α-倒捻子素更好的安全性,连续使用不易诱导细菌耐药;机制研究发现,化合物10a具有能够使细菌细胞膜去极化、通透性增加,完整性受损,影响细菌细胞膜的物质交换功能,造成菌内蛋白泄露,在最小抑菌浓度下能够抑制90%以上的细菌生物被膜形成;转录组学分析并验证表明,10a可能通过干扰细菌细胞膜通透性和完整性相关蛋白合成,进而抑制细菌增殖,该论文为解决多重耐药菌危机以及新抗菌药物设计提供理论基础。

    该项研究得到国家自然科学基金(Grant No. U22A20518, 31872516, 32172913)等项目的资助。中国农业科学院上海兽医研究所动物抗感染药物和微生物耐药团队硕士生鲁妍和关婷为论文共同第一作者,周文研究员和王春梅副研究员为论文通讯作者。中国农业科学院上海兽医研究所为第一完成单位,课题组成员王霄旸、张可煜、韩先干等人参与了研究工作。

  • 原文来源:https://shvri.caas.cn/zhxw/kyjz/ae4c885c992f4509873d0c5fc6ac7800.htm
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    • 编译者:李周晶
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    • 中国农业大学动物医学院沈建忠院士团队在《脂质研究进展》(Progress in Lipid Research)、《先进科学》(Advanced Science)、《科学进展》(Science Advances)和《药学学报》英文版(Acta Pharmaceutica Sinica B)上发表研究论文《靶向细菌磷脂及其合成通路的抗菌药物发现》(Targeting bacterial phospholipids and their synthesis pathways for antibiotic discovery)、《合理设计抗革兰阴性菌的天然氧杂蒽酮类化合物》(Rational design of natural xanthones against Gram-negative bacteria)、《一种抗多重耐药细菌和真菌病原体双重活性的植物源抗菌肽》(A plant peptide with dual activity against multidrug-resistant bacterial and fungal pathogens)和《靶向细菌膜磷脂的新型海洋源peptaibols类抗菌肽》(Marine-derived new peptaibols with antibacterial activities by targeting bacterial membrane phospholipids),揭示了细菌膜靶向的抗菌优势,设计合成了两类广谱抗菌化合物,拓展了抗菌药物研发方向,丰富了药源分子库,为治疗细菌感染提供了理论基础和技术支持。 细菌感染严重制约我国养殖业健康发展,危害兽医公共卫生安全,抗菌药物是治疗细菌感染最经济有效的手段。然而,抗菌药物的研发速度远低于细菌耐药性的产生与传播速度,临床可用抗菌药物严重不足,开展抗菌靶点挖掘和抗菌分子合理设计可为新型抗菌药物创制提供理论和技术支撑。 磷脂是细菌细胞膜的重要组成部分,是其脂质代谢的核心。团队前期研究发现靶向磷脂代谢破坏膜磷脂动态平衡,导致细菌代谢紊乱,能够提高多类药物的抗菌活性(Nature Microbiology, 2020)。为挖掘潜在抗菌靶点,作者深入分析细菌中不同磷脂的化学结构特征、合成通路,以及磷脂代谢在维持细菌膜稳态、呼吸作用、调控细菌毒力、介导抗菌药物耐药等方面的功能,揭示了细菌膜磷脂及其关键代谢酶作为抗菌新靶点的特异性、有效性和安全性。此外,概括了磷脂配体的化学多样性、构效关系和抗菌机制,以及具有抗菌活性强和不易产生耐药性等优势,为获得优良抗菌靶点和开发新型抗菌药物提供思路。研究结果发表于生物化学领域期刊《脂质研究进展》(Progress in Lipid Research)。 细菌膜磷脂不仅参与细菌代谢,其独特的两亲性结构赋予细菌膜选择通透性,阻止了抗菌药物等有害物质进入。与革兰阳性菌相比,革兰阴性菌特有的外膜屏障阻碍了大多数抗菌药物的渗透,导致抗菌药物对革兰阴性菌的疗效大大减弱甚至无效,因此抗菌化合物穿透外膜的能力是设计广谱抗菌药物的先决条件。本研究采用虚拟筛选与表型测试相结合的策略(图2),从约3000种天然产物中筛选出对革兰阳性菌及LPS缺陷型革兰阴性菌均具有良好抗菌活性的先导化合物α-倒捻子素(AMG)。团队前期研究发现了AMG靶向PG发挥对革兰阳性菌的快速杀菌活性(Advanced Science, 2021),进一步根据革兰阴性菌LPS的结构特征和AMG的构效关系,在AMG第3位和第6位设计合成了一系列AMG衍生物,获得多个广谱抗菌分子。其中,氨基修饰的先导化合物A20对革兰阳性金黄色葡萄球菌的最小抑菌浓度(MIC)为0. 5 μg/mL,对革兰阴性大肠杆菌的MIC为1 μg/mL,杀菌曲线显示A20可在20 min内迅速杀灭99.9%的细菌,杀菌效率强于万古霉素和多黏菌素,A20对携带多黏菌素耐药基因mcr的多药耐药大肠杆菌依然保持良好活性,MIC为2-4 μg/mL。上述结果表明,A20是一种有效的广谱抗菌先导化合物。机制研究发现,A20通过静电和疏水作用与LPS互作,通过与氨基糖苷类药物类似的“自促进摄取”跨越外膜,随后,A20通过静电吸附和疏水作用与细菌磷脂结合,嵌入细菌内膜,A20靶向细菌呼吸复合体III/IV中的辅因子血红素,抑制细菌呼吸作用,呈现快速杀菌表型,A20在动物感染模型中显示出良好的治疗效果。研究结果建立了一种广谱抗菌分子设计方法,揭示了一类跨外膜渗透机制,加速了抗革兰阴性菌药物的研发进程。研究结果发表于期刊《先进科学》(Advanced Science)。 天然产物是新化学实体的重要来源,为深入挖掘优良的抗菌骨架,从植物、深海微生物等多种生物资源中系统筛选具有抗菌活性的天然化合物,团队与河南农业大学合作,从玉米非编码开放阅读框编码抗菌肽中筛选到对细菌和真菌均具有良好抗菌活性的NCBP1(图3)。与传统微生物来源的抗生素不同,NCBP1是一种由非编码区基因编码的11氨基酸残基组成的线性寡肽,其结构包含半胱氨酸、赖氨酸和精氨酸等关键氨基酸残基。机制研究表明,NCBP1靶向细菌膜中的磷脂酰甘油和心磷脂发挥抗菌活性,导致膜损伤和功能障碍。研究结果发表于期刊《科学进展》(Science Advances)。 团队与北京大学药学院合作,基于生物信息学分析从海洋来源的真菌次级代谢产物中分离得到一种新型peptaibol类多肽SK-Ps(图4),抗多重耐药细菌活性良好。SK-Ps是首个报道含有特殊氨基酸γ-氨基丁酸的peptaibol类多肽,基于氨基酸序列的系统进化树分析表明,SK-Ps归类于peptaibol类多肽的新亚族SF11,丰富了peptaibol类多肽的多样性。机制研究发现,SK-Ps靶向细菌膜磷脂,特别是磷脂酰甘油,介导细菌膜代谢紊乱和分裂异常,导致细菌死亡。研究结果发表于药学领域期刊《药学学报》英文版(Acta Pharmaceutica Sinica B)。 上述研究结果拓展了抗菌分子来源,揭示了靶向细菌膜磷脂及其代谢通路的抗菌优势,为膜靶向抗菌分子的设计和替抗产品的研发提供了研究新思路和化合物基础。
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    • 编译者:hujm
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    • 云南大学教育部自然资源药物化学重点实验室肖伟烈研究员团队综合利用天然药物化学、有机化学、药理学以及药物设计等多学科交叉的研究手段,从事天然活性分子的发现及新药研发工作。长期与中国科学院昆明动物研究所郑永唐研究员、中国科学院昆明植物研究所孙汉董院士研究团队以及云南大学张洪彬教授合作,已在抗艾滋病活性分子的发现、结构优化和作用机制等方面取得了系列研究成果。最新的研究发现,经过天然分子结构优化得到的抗HIV活性分子SJP-L-5是一个特殊的逆转录酶抑制剂,它不是通过抑制逆转录酶的RNA依赖的DNA聚合酶活性发挥其作用,这与现有的逆转录酶的作用机制不同。通过定量PCR、ELISA、FRET等手段,发现SJP-L-5不抑制逆转录的早期过程(即RNA依赖的DNA聚合酶活性),但却能有效抑制逆转录的晚期过程(DNA依赖的DNA聚合酶活性)。采用高灵敏度ssDNA探针进行Southern Blot杂交实验,证实了SJP-L-5抑制PPT为引物的正链病毒DNA的合成,导致下游正链DNA出现5个片段化的复制产物。由于这些复制产物缺少病毒入核的关键结构——flap,导致病毒逆转录过程中断,脱衣壳过程受阻,病毒DNA无法进入细胞核。基因型耐药和表型耐药实验均表明,Val108和Try181是SJP-L-5与逆转录酶结合的重要位点,是导致该化合物新机制产生的结构基础。 该研究成果以“SJP-L-5 inhibits HIV-1 polypurine tract primed plus-strand DNA elongation, indicating viral DNA synthesis initiation at multiple sites under drug pressure”为题于2018年2月在《科学报告》(Scientific Reports)在线发表(https://www.nature.com/articles/s41598-018-20954-5)。中国科学院昆明动物研究所郑永唐研究员和云南大学肖伟烈研究员为共同通讯作者。 同时肖伟烈课题组目前已构建了一定规模的天然产物及类天然产物信息库和化合物实体库,结合药物设计及化学结构改造等手段,进行后续的生物功能信息挖掘和实验验证。近期在天然分子的发现以及抗炎免疫方面取得了新的进展,部分研究结果发表在RSC Advances, 2018, 8, 6425 - 6435上(http://pubs.rsc.org/en/Content/ArticleLanding/2018/RA/C7RA13309J)以及Phytochemistry, 2018.1(12), 167~183上(https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S003194221730417X),并申报了2项专利。 与深圳大学的陈玮琳教授课题组合作,发现了具抗炎活免疫的活性分子Teu F,作用机制研究发现Teu F通过抑制NF-κB基本调制器(NEMO,也被称为IKKγ)K63位泛素化影响NEMO的激活而抑制LPS诱导的NF-κB磷酸化过程,同时抑制IL-1β/IL-6/TNF-α和NLRP3的mRNA表达。此外,我们发现Teu F能通过下调NLRP3的表达抑制NLRP3炎性小体的活化及IL-1β/IL-18的成熟。在动物实验中,发现Teu F能够明显减轻LPS诱导的炎症反应。以上研究提示Teu F是一个潜在的能够通过抑制NEMO 的K63位泛素化过程来治疗炎症和NLRP3炎性小体相关疾病的新型天然小分子。以上研究成果以“Teuvincenone F Suppresses LPS-Induced Inflammation and NLRP3 Inflammasome Activation by Attenuating NEMO Ubiquitination”为题发表在Frontiers in Pharmacology 上(https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fphar.2017.00565/full),深圳大学陈玮琳教授与云南大学肖伟烈研究员为该文的共同通讯作者。 以上研究得到国家自然科学基金相关人才计划(81422046),国家自然科学基金项目(31670914, 81322042),科技部重大新药创制专项(2013ZX09103001-010)、云南省重点新产品研发(2015BC002)以及云南大学的人才引进项目(YJRC3201602)等项目的经费支持。