《科学家用CRISPR制造智能材料:可以传递药物、感知生物信号》

  • 来源专题:人类遗传资源和特殊生物资源流失
  • 编译者: yanyf@mail.las.ac.cn
  • 发布时间:2019-08-27
  • 还有什么是CRISPR不能做的吗?科学家已经使用这种基因编辑工具制造了大量基因改造生物,同时还用它来追踪动物发育、检测疾病以及控制害虫。

    如今,他们又发现了这种基因编辑工具的另一个应用——使用CRISPR创建智能材料,后者能够根据指令改变自己的形状。

    研究人员在日前出版的美国《科学》杂志上发表报告称,这种可变形的材料能够用来运送药物,并为几乎所有的生物信号“站岗放哨”。这项研究由剑桥市麻省理工学院生物工程师James Collins主持。

    Collins的团队研究的是由脱氧核糖核酸(DNA)链连接在一起的充满水的高分子聚合物(被称为DNA水凝胶)。为了改变这些材料的性质,Collins和他的团队采用了一种形式的CRISPR,后者使用一种叫做Cas12a的DNA剪切酶。(基因编辑器CRISPR-Cas9使用Cas9酶在需要的位置剪切DNA序列)

    Cas12a酶可以被编程来识别一种特定的DNA序列。这种酶会切断其目标的DNA链,然后切断附近的单链DNA。

    这一特性使得研究人员能够构建一系列由CRISPR控制的水凝胶,其中包含一个目标DNA序列以及单链DNA——当Cas12a识别出一个刺激物中的目标序列后,这些单链DNA就会断裂。

    单个DNA链的断裂触发水凝胶改变形状,或者在某些情况下完全溶解,进而释放有效载荷。

    例如,作为一项治疗的一部分,出于对刺激的响应,研究小组创造的这些水凝胶可以释放酶、药物甚至人类细胞。

    Collins希望这种水凝胶能被用来创建智能的治疗方法,例如在肿瘤存在时释放抗癌药物,或者在感染部位周围释放抗生素。

    研究人员还将CRISPR控制的水凝胶集成到电子电路中。

    在一项尝试中,他们把水凝胶放入一个名为微流体室的小芯片状的装置中,这个装置与一个电子电路相连。当检测到来自包括埃博拉病毒和耐甲氧西林金黄色葡萄球菌等在内的病原体的遗传物质时,作为响应,该电路将会被关闭。

    研究团队甚至利用水凝胶开发了一个诊断工具原型——当它在实验室样本中识别出埃博拉病毒的遗传物质时便会发送无线电信号。如果一名团队成员在背包里携带了无线电探测器,他只需简单地走近这些样本就能识别出其中的阳性样本。

    纽约州康奈尔大学伊萨卡分校生物工程师Dan Luo说,CRISPR水凝胶是对其他响应性水凝胶的一次改进,因为科学家可以很容易地确定是什么触发了材料的变化。过去创造智能水凝胶时所使用的酶要么不能切割特定的DNA 序列,要么只能切割少量特定的序列,进而限制了它们的适应性。

    “我们现在正处于CRISPR的时代。”Collins说,“它已经接管了生物学和生物技术。我们已经证明,它现在可以进入材料和生物材料领域。”

    CRISPR又被称为基因剪刀,是生物科学领域的游戏规则改变者,这种突破性的技术通过Cas9酶发现、切除并取代DNA的特定部分。这种技术的影响极其深远,从改变老鼠皮毛的颜色到设计不传播疟疾的蚊子和抗虫害作物,再到修正镰状细胞性贫血等各类遗传疾病等等。该技术十分精准、廉价、易于使用,并且非常强大。

    ——文章发布于2019-08-26

相关报告
  • 《科学家在小鼠细胞中制造COVID受体蛋白》

    • 来源专题:计量基标准与精密测量
    • 编译者:李晓萌
    • 发布时间:2024-03-01
    • 近日,美国能源部布鲁克海文国家实验室和哥伦比亚大学的一组科学家展示了一种生产大量受体的方法,这种受体是导致COVID-19的病毒SARS-CoV-2在人体细胞表面结合的受体。现在病毒刺突蛋白与人类“ACE2”受体之间的结合是病毒感染的第一步。在小鼠细胞中制造功能性人类ACE2蛋白给科学家们提供了一种研究这些受体的新方法,并有可能将它们投入使用。此外,正如刚刚发表在《Virology》期刊上的一篇论文所描述的那样,这种方法可以促进其他被证明难以通过其他方式产生的复杂蛋白质的研究。 布鲁克海文实验室的科学家们在疫情早期的最初目标是制造大量的人类ACE2,然后将这种蛋白质附着在纳米颗粒上。然后可以测试ace2包被的纳米颗粒作为抗病毒治疗药物和/或作为检测病毒颗粒的传感器。 布鲁克海文实验室病毒学家Paul Freimuth与布鲁克海文实验室功能纳米材料中心(CFN)的科学家合作领导了这项研究,他说:“对于这些应用中的任何一种,你都需要大量的蛋白质,而且蛋白质必须具有完整的功能。”“但是制造像ACE2这样的功能性膜蛋白特别具有挑战性,因为蛋白质在细胞膜上定位的过程很复杂。” 一个原因是这些蛋白质在合成后和插入细胞膜之前以各种方式被修饰。特别是,添加到蛋白质中的碳水化合物分子在长蛋白质链如何折叠成最终的3D结构以及蛋白质如何在膜中发挥作用方面起着关键作用。 “碳水化合物约占ACE2蛋白质量的三分之一,”Freimuth说。 科学家用来人工合成蛋白质的最简单的细胞,即细菌,缺乏附着这些碳水化合物附加物的酶。因此,布鲁克海文的研究小组转向了老鼠的细胞,作为哺乳动物,老鼠更像我们,因此能够进行同样的碳水化合物处理。众所周知,小鼠细胞擅长拾取和表达“外来”基因。虽然小鼠细胞也会产生ACE2受体,但小鼠版本的这种蛋白质不会与SARS-CoV-2刺突结合。这意味着科学家们将有一个简单的方法来观察小鼠细胞是否产生人类ACE2蛋白——通过观察刺突是否与细胞结合。 ACE2基因的发现和表达 为了增加小鼠细胞整合并正确读取人类ACE2基因的机会,研究小组使用了完整的基因。人类和其他“高等生物”的基因除了编码构成蛋白质的氨基酸的DNA序列外,还包含大量信息。这些额外的信息有助于调节细胞染色体内的基因结构和功能。 科学家们搜索了作为人类基因组计划的一部分而生成的克隆DNA片段文库,找到了包含完整ACE2基因的片段,并完成了其嵌入的调控信息。人类基因组计划是美国能源部资助的一项努力,旨在绘制出人类所有基因的位置。然后,他们将小鼠细胞暴露在涂有这种DNA片段和另一种蛋白质基因的纳米颗粒中,这种蛋白质使细胞对致命的抗生素具有抵抗力。 “在这种情况下,纳米颗粒充当DNA递送剂,被细胞吞噬,这样DNA就有可能整合到小鼠细胞染色体中,”Freimuth说。“为了找到携带外源基因的细胞,我们将抗生素添加到细胞培养中。那些不能吸收和表达抗生素抗性基因的细胞死亡,而那些获得抗生素抗性的细胞存活下来并生长成菌落。” 科学家们将其中大约50个菌落扩展到单个培养中,然后对它们进行测试,以确定有多少菌落也携带了人类ACE2基因并产生了人类受体蛋白。 检测蛋白质产量 “大约70%的耐抗生素菌落在细胞表面表达人类ACE2蛋白,”Freimuth说。“进一步的分析表明,这些菌落平均含有28份人类ACE2基因。” 重要的是,小鼠细胞保留了“外源”ACE2基因拷贝,并在至少90代细胞中持续制造由这些基因编码的人类ACE2蛋白。 细胞产生的人类ACE2蛋白水平通常与整合到小鼠基因组中的ACE2基因拷贝数成正比。一些克隆的小鼠细胞产生的ACE2是正常小鼠细胞的50倍。 科学家们使用了多种方法来测试小鼠制造的人类ACE2蛋白是否具有功能。其中包括证明含有COVID刺突蛋白的“假病毒”(即sars - cov -2的非致病性替代品)可以与受体结合并感染细胞。 “这些传染性试验表明,在这些小鼠细胞上表达的人类ACE2蛋白是完全有效的,”Freimuth说。 用途及影响 与此同时,来自CFN的共同作者Oleg Gang和Feiyue Teng探索了多种方法来制造富含人类ACE2的细胞外纳米囊泡,以潜在地治疗COVID-19。他们还在研究将ACE2蛋白放置在纳米颗粒上,用于治疗感染或快速检测病毒。 “基于ace2的纳米囊泡面临的挑战在于增强其对SARS-CoV-2的中和作用。我们还在寻找增强和利用ace2偶联纳米颗粒的结合敏感性和特异性的方法,使其对病毒诊断有用。这两种方法都需要未来的优化努力,”Teng说,他是CFN的一名研究助理,广泛研究了这项研究的生物学方面和潜在的基于纳米科学的应用。 “我们很高兴将纳米材料制造的进步与生物分子方法相结合,以开发新的治疗和传感策略,”Gang说,他在哥伦比亚大学担任联合职位。“这项研究使我们能够克服一些方法上的问题,因为纳米材料和生物系统需要完全不同的表征方法。我们在这里学到的东西对我们下一步加强基于纳米粒子的生物传感很重要。” 除了使重组ACE2蛋白的应用成为可能之外,这项工作还展示了一种生产多种复杂蛋白的新方法。例如,介导无数生物和疾病过程的大量细胞表面受体,以及工业上重要的蛋白质,如单克隆抗体和酶。 Freimuth说:“我们的方法是使用完整的基因和小鼠细胞,这些细胞可以适应在巨大的悬浮培养中生长,就像用于培养细菌的液体肉汤培养一样,可以促进这些蛋白质和其他重要蛋白质的大规模生产。” 这项研究得到了实验室指导研究和开发基金的支持,并使用了布鲁克海文国家实验室功能纳米材料中心(CFN)的资源。CFN是美国能源部科学办公室的用户设施,由科学办公室(BES)支持。
  • 《科学家模拟出13种用于替代硅FinFET的材料》

    • 来源专题:集成电路
    • 编译者:shenxiang
    • 发布时间:2020-08-22
    • 瑞士科学家对像石墨烯这样的二维材料进行了计算研究,以确定哪种材料能制造出最好的晶体管。 从100种候选化合物中,有13种显示有机会,在某些情况下,比预期的硅FinFET的效果更好。 来自苏黎世ETH和EPFL的研究小组在Piz-Daint超级计算机上结合了密度泛函理论和量子输运理论,对栅极长度从5nm到15nm的器件进行了电流-电压特性建模。 这100种候选材料是2018年EPFL团队从2018年的工作中挑选出来的,当时Piz-Daint筛选了10万份材料,找到了1825份,从中可以获得二维材料层。 从1800种到100种的筛选是基于哪个单层原子最有可能形成FET。 Piz-Daint首先用密度泛函理论(DFT)确定了材料的原子结构。据Piz-Daint所在的瑞士国家计算机中心称:“他们将这些计算与所谓的量子传输求解器结合起来,模拟电子和空穴电流流过虚拟生成的晶体管。”。它使用了由苏黎世ETH的Mathieu Luisier和他的团队开发的量子传输模拟器,其基本方法在2019年获得了戈登·贝尔奖。 由于很薄(通常<1nm),二维材料可以通过一侧的单个表面栅极进行导电控制。 “虽然所有的二维材料都有这种特性,但并不是所有的材料都适合逻辑应用,只有那些在价带和导带之间有足够大的带隙才可以。” 如果没有足够大的带隙,隧道效应将导致较大的漏电流。 该项目标是寻找能够提供3mA/μm的2d材料,既可以作为n型晶体管(电子传输)也可以作为p型晶体管(空穴传输)使用,通道短至5nm,同时不会影响开关行为。 “只有在满足这些条件的情况下,基于二维材料的晶体管才能超越传统的硅Finfet,”Luisier说。 在符合标准的13种材料中,有些已经为人所知,比如“黑”磷和铪二硫化物。另一些则是全新的,根据Luisier的说法:例如Ag2N6或O6Sb4。 “由于我们的模拟,我们已经建立了最大的晶体管材料数据库之一。有了这些结果,我们希望能激励从事二维材料研究的实验人员去选择新材料,创造下一代逻辑开关。”Luisier说。 这项工作发表在ACS Nano杂志上,题为“超尺度场效应晶体管的材料:显微镜下的100个候选材料”。