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《德国两种不同圈养野生动物种群的牛分枝杆菌持续存在：通过全基因组测序揭示病原体传播的纵向分子流行病学研究》

  • 来源专题：结核病防治
  • 编译者： 蒋君
  • 发布时间：2018-09-03

  • 由牛分枝杆菌引起的牛结核病（bTB）是一种向世界动物卫生组织和欧盟通报的传染病，每个欧盟成员国都在努力监测和根除这些疾病。在德国，这个自1997年以来被正式宣布没有牛结核病的国家，牛分枝杆菌感染仍然在牛和其他哺乳动物（包括人类）中偶尔发生。在德国的一个野生动物园中，bTB爆发的传播途径影响了鹿、野牛、山猫和大肚猪，随后采用全基因组测序（WGS）结合寡核苷酸多态性基因分型和分枝杆菌散布重复-数目可变串联重复序列分型方法（MIRU-VNTR）。从2002年到2015年，一种牛分枝杆菌菌株持续存在，并且证实了公园和位于远处的养殖场之间的传播。 寡核苷酸多态性基因分型模式保持相同，而标准样板24个位点和附加位点2163a的MIRU-VNTR分型显示，来自小鹿的菌株在2165位点处有一个变化，来自红鹿的分离株在2461位点处有一个变化。 WGS分析证实了这些分离株的密切相关性，在任何两个测序的分离株之间检测到最多12个单核苷酸多态性（SNP）。总之，我们的数据证实了德国野生动物园中牛分枝杆菌的纵向爆发，并提出了牛分枝杆菌中不同基因分型标记动态的第一个见解。

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    • 来源专题：结核病防治
    • 编译者：蒋君
    • 发布时间：2019-07-11
    • 结核病（TB）仍然是全世界严重的公共卫生威胁。从理论上讲，结核分枝杆菌复合体（MTBC）菌株分类的全基因组测序（WGS）的最终解决方案使得该技术在流行病学研究调查中非常有吸引力。 研究人员在Pubmed数据库中选取了69份同行评审的出版物，以总结其中有关WGS在结核病传播检测中的作用和位置的证据。 来自超过30份出版物的证据表明，菌株之间<6个单核苷酸多态性（SNPs）的临界值有效地排除了不是最近传播的结果的病例，并可用于鉴定人与人之间结核病直接传播涉及的药物敏感菌株。 在8项研究中，WGS识别流行病学相关分离株的敏感性高达100％，特异性（17-95％）高度依赖于环境。耐药性和特定的系统发育谱系可能与影响遗传距离的加速突变率有关。WGS可能用于区分真正的复发和再感染，但在发病率高、多样性低的环境中，这需要考虑流行病学联系和少数等位基因。从四项研究中获得的关于宿主多样性的数据表明，需要根据少数等位基因的比例制定接受或拒绝WGS相关结果的标准。 综上所述，WGS将有可能会采取更有针对性的公共卫生行动，以防止对虚假集群进行不必要的调查。尚未就原始数据质量控制处理标准、分析管道和报告语言的标准化达成共识。
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  • 《结核分枝杆菌北京基因型亚型的流行及与耐药性的关系研究》
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    • 编译者：李阳
    • 发布时间：2016-05-04
    • 分子流行病学研究证实，受环境和宿主双重因素的影响，全球不同区域流行的主要结核杆菌（Mycobacterium tuberculosis，Mtb）)菌株基因型并不相同。在已发现的各种基因型中，北京基因型在全球传播的速度最快，分布也最为广泛。在我国不同地区北京基因型菌株占临床分离菌株的50%-90%。北京基因型Mtb菌株最显著的特点为基因组中差异区域RD207片段及RD105片段的缺失，且在进化过程中还会出现RDl81、RDl42和RDl50等片段的缺失。此外，IS6110插入序列的转位是北京基因型菌株的另一种进化机制。基于此，来自天津市疾病预防控制中心的研究人员通过分析Mtb北京基因型基因组NTF（noise transfer function）区插入序列IS6110，旨在揭示北京基因型在进化过程中所形成的古代株和现代株Mtb2个亚型在天津市人群中的流行情况及其与耐药表型之间的关系，其相关成果发表于《中国防痨杂志》2015年第37卷第9期。 研究人员以天津市结核病参比实验室于2012年1月至2014年2月收集的从天津市结核病患者痰标本中分离培养的816例Mtb临床分离株为分析样本，采用PCR试验分析菌株基因组中差异区域（Region of difference,RD）RD207和RD105片段是否有缺失，以鉴定是否为北京基因型；通过检测北京基因型菌株基因组NTF区中IS6110插入序列的数目，了解北京基因型菌株中古代株和现代株所占的比例，并进一步分析这两种亚型与菌株耐药表型之间的关系。其中计数资料采用卡方检验进行分析，并以P＜0.05为差异有统计学意义。 研究发现，在所分析的816例临床分离株中，764株（93.63％）为北京基因型菌株，其中110株（14.40％）为古代株，654株（85.60％）为现代株，现代株中仅有1株为北京基因型W株；药敏试验显示在古代株和现代株中，异烟肼耐药菌株分别占26.36％（29/110）和10.70％（70/654）（x2=20.47，P＜0.01），利福平耐药菌株分别占14.55％（16/110）和6.57％（43/654）（x2=8.40，P＜0.01），乙胺丁醇耐药菌株分别占8.18％（9/110）和3.21％（21/654）（x2=6.17，P＜0.05）。此外，MDR-TB患者中古代株和现代株分别占13.64％（15/110）和4.74％（31/654）（x2=13.17，P＜0.01）。 综上所述，作为北京基因型Mtb的高流行地区，天津以现代株的流行为主，但现代株的一个重要分支—W型菌株并不是主要的流行株；北京基因型Mtb古代菌株与耐利福平、异烟肼等多种抗结核药物具有显著的相关性，且在耐多药菌株中古代菌株比例要显著高于现代菌株，表明古代株与耐药结核病的关系更为密切，进而提示在天津市对抗结核药物产生耐药并不是导致北京基因型在人群中广泛传播的主要原因。
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