在全球范围内，海洋系统和淡水中的水生生物受到真菌和类似真菌的疾病的威胁。这些病原体在水产养殖中尤其可怕。但它们也对两栖动物的生物多样性构成威胁。目前很少有被批准的对抗这些病原体的化学手段，而且很多都有副作用。现在，科学家们提出了替代生物学概念，以更环保的方式控制真菌疾病。
一些真菌和类似真菌的疾病会产生小的传染阶段，它们在水中游动以寻找新的宿主。它们可以感染鱼类、两栖动物，也可以感染藻类和海藻，而这些藻类和海藻是供人类食用的。全球8000万吨鱼类产品来自水产养殖，预计其在人类蛋白质饮食中的份额将会增加。病害是水产养殖经济损失的最大原因。在水产养殖业中，至少有10%的孵化三文鱼死于动物孢子病。例如，仅在苏格兰的鲑鱼养殖场，感染这种真菌疾病每年就导致至少650万美元的产量损失。因此，控制鱼类疾病的有效和可持续方法对水产养殖业未来的成功(和经济可行性)至关重要。
