乙型流感病毒是引起季节性流感的重要病原之一。根据最新的估计，季节性流感每年可致全世界30-60万人死亡，而由乙型流感病毒引起的季节性流感病例可占全部病例的一半以上。与甲型流感病毒相比，乙型流感病毒感染儿童和老年人引起的并发症更为严重，致死病例从发病到死亡的时间比甲型流感更短。目前对乙型流感病毒基础研究远少于甲型，人们对有关乙型流感的诸多问题，包括与宿主的相互作用、致病机理和宿主免疫防御机制都知之甚少。刘文军课题组用高通量测序技术测定了乙型流感感染病毒的人肺细胞系A549的转录组，并系统地研究了该细胞系对乙型流感病毒感染的宿主转录应答。通过基因注解分析、转录因子靶点分析、干扰素组分析，KEGG信号通路分析发现，III型干扰素（包括IFN-λ1、λ2、λ3和λ4）而非I型干扰素（IFN-α/β）主导的天然免疫信号级联和广泛的抗病毒基因表达是宿主转录应答的显著特征。（原文链接 https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs13238-017-0503-6）。
布尼亚病毒是一大类负义分段RNA病毒，它是组成成员最多的RNA病毒群之一。由于新布尼亚病毒的不断发现，国际病毒命名委员会（ICTV）于2016年将原来的布尼亚病毒科升级为布尼亚病毒目，包含9个科。一些布尼亚病毒是节肢动物传播病毒，可引起致命的人类疾病，例如刚果出血热、裂谷热和近年来在我国流行的蜱虫病等。刘文军课题组研究了布尼亚病毒目九个科各代表成员的核糖核蛋白复合物（RNP）的组成成分的原子结构、相互作用方式、在病毒生命周期中的功能机制，并在此基础上提出了RNP中的N蛋白和L蛋白相互协同进行病毒基因组转录的模型（原文链接https://www.tandfonline.com/doi/abs/10.1080/1040841X.2018.1446901?journalCode=imby20）。
相关成果分别于1月13日和3月6日在国际著名期刊Protein & Cell和Critical Reviews in Microbiology上在线发表。李晶副研究员和刘文军研究员为文章通讯作者，孙业平博士为论文第一作者。该成果得到国家自然科学基金、中国科学院重点部署项目及国家重点研发计划等项目的资助。
