水环境保护研究所是在系内相关水污染控制与水环境修复研究力量整合的基础上成立了，该方向长期以来一直是环境科学与工程系的重要发展方向。水环境保护研究所的主要研究目标是，瞄准国际前沿并立足于我国迫切需要解决的实际问题，以现代生物技术、新型材料技术、化学技术、信息技术等为支撑点，并通过这些高新技术手段的集成与融合，发展工业废水、城市污水净化与资源化的新理论与新技术；研究污水能源与资源回收的前瞻性技术与理论；建立水污染控制过程的检测技术与数值模拟；构建水环境修复的新技术与理论，为我国水污染控制和水环境修复提供理论和技术支持。
水环境保护研究所现有工程院院士2名，教授/研究员7名，副教授/副研1名，讲师1名,其他技术人员2名。黄霞教授任该所所长
