《基因测序里程碑:算每条基因序列分别继承自爸爸还是妈妈》

  • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
  • 编译者: huangcui
  • 发布时间:2018-01-23
  • 得知分析基因突变版本到自哪位双亲,就能确定位于染色体上某一区域的一组相关联的 SNP 等位位点(即单倍型,haplotype),对人类基因组测序来说,这是一个新的质的飞跃。为了计算每条基因序列分别继承自爸爸还是妈妈,德国 Saarland 大学生物信息学中心的科学家开发了一款著名工具

    。相关研究论文在线发表在了《自然 - 通讯》(Nature Communications)上。

    人类有 46 条染色体,内含生命遗传信息(即基因组)。后代的染色体总数与亲本保持一致,因此,亲本(父亲和母亲)的生殖细胞中都只有 23 条染色体,精子和卵子融合成受精卵,诞生新生命。

    半套染色体被定义为“单倍体(haploid)”。“从父亲或母亲那里继承的不同基因版本决定了孩子是否会生病,以及生病了需要怎么治疗,”Saarland 大学的生物信息学教授 Tobias Marschall 解释,他是生物信息学中心“基因组学算法”小组的领导者。

    得知分析基因突变版本到自哪位双亲,就能确定位于染色体上某一区域的一组相关联的 SNP 等位位点(即单倍型,haplotype),对人类基因组测序来说,这是一个新的质的飞跃。

    值得被载入史册的两项技术分别是:由 Oxford Nanopore 、10x Genomics 和 Pacific Biosciences 等公司创立的“第三代测序技术”,它们为人类基因组分析提供海量数据。“通过这些技术,我们如今可以获得更长的基因片段,”Marschall 说。

    第二个必要技术是计算机算法。为了使海量遗传数据集更易管理,Marschall 和同事开发了“WhatsHap”软件。《Nature Communications》的两篇文章详细报道了 WhatsHap 使用方法。“在这些程序的帮助下,可以预见的是,鉴定某人的单倍型将很快成为一项常规医院检查,就像今天的血型检测一样简单普遍,”Marschall 说。这两篇文章是单倍型检测领域的首个里程碑。

  • 原文来源:https://www.nature.com/articles/s41467-017-01343-4
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    • 编译者:hujm
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    • 来源专题:生物安全网络监测与评估
    • 编译者:yanyf@mail.las.ac.cn
    • 发布时间:2018-12-01
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