2015年巴西小头畸形发病率比往年高20倍。先天性小头畸形与遗传因素和多种病原体有关。流行病学数据表明，在巴西性小头畸形病例可能引进寨卡病毒相关联。研究人员检测到两名胎儿被诊断患有小头畸形巴西孕妇的羊水样本中有寨卡病毒基因组序列。两名发现抬儿小头畸形的巴西帕拉伊巴州孕妇的羊水样本。在巴西卫生部门的建议下，28周妊娠通过超声引导下经腹羊膜腔穿刺被诊断小头畸形。两名妇女分别为18周和10周的妊娠，出现寨卡病毒感染的症状，包括发热、肌痛、皮疹。羊水样品离心后，从纯化病毒粒子提取病毒基因组DNA和RNA是的，通过定量逆转录PCR新一代测序鉴定病毒宏基因组。进行系统发育重建和重组事件的调查，比较巴西寨卡病毒基因组，并从发生在巴西相似区域的与其他黄病毒菌株序列。
研究发现，这两个孕妇羊水有寨卡病毒基因组。但在尿或血清中未检测到病毒。登革热病毒，基孔肯雅病毒，弓形虫，风疹病毒，巨细胞病毒，单纯疱疹病毒，艾滋病毒，梅毒螺旋体和细小病毒B19测试均为阴性。巴西寨卡病毒患者1分离出完整的基因组测序后，系统发育分析表明，该病毒成分法属波利尼西亚，2013年爆发期间分离出基因组血统身份97-100％，而在这两个信封和NS5基因组区域，它聚集来自北美，南美，东南亚和太平洋地区的序列。评估寨卡病毒和其他黄病毒之间的重组事件的可能性之后，排除假设，巴西寨卡病毒基因组与其他蚊子传播的黄病毒的重组菌株。
这些研究结果加强了在巴西新生儿寨卡病毒和畸形的病例之间的假定关联。此外，研究结果表明，病毒可穿过胎盘屏障。其结果是，寨卡病毒应被视为用于人类胎儿的潜在感染因子。这证实兹卡病毒对神经细胞的趋向性发病机制的研究是必要的。
