2024年7月3日，剑桥大学的研究人员在Nature上发表了题为Geographical migration and fitness dynamics of Streptococcus pneumoniae的文章。
肺炎链球菌是全球肺炎和脑膜炎的主要致病菌。在任何一个地方，许多不同的血清型都会共同流行。肺炎链球菌的传播范围和机制以及疫苗驱动的适应性和抗菌药耐药性的变化在很大程度上仍未得到量化。
该研究利用南非的地理定位基因组序列（n = 6910，收集于 2000 年至 2014 年），将详细的人类流动数据与基因组数据配对，建立了重建传播的模型。另外，研究人员还估算了肺炎球菌结合疫苗（2009 年首次在南非实施）中包含（疫苗型 (VT)）和不包含（非疫苗型 (NVT)）的菌株在种群水平上的适应性变化。
研究人员还评估了对青霉素耐药和不耐药的菌株之间的适应性差异。研究人员发现，经过 50 年的传播后，肺炎球菌才在南非各地均匀混合，而人类流动的集中性则导致了缓慢的传播。此外，在疫苗接种后的几年中，NVT 菌株与 VT 菌株相比，相对健康度有所提高（相对风险为 1.68；95% 置信区间为 1.59-1.77），其中越来越多的 NVT 菌株对青霉素产生抗药性。该研究结果表明，这种传播方式根深蒂固，传播速度缓慢，并表明最初与疫苗相关的抗菌素耐药性下降可能是短暂的。
