《Nature | 囊泡单胺存储和药物相互作用的结构见解》

  • 来源专题:战略生物资源
  • 编译者: 李康音
  • 发布时间:2024-03-24
  • 2024年3月18日,华盛顿大学圣路易斯分校的栗卫凯教授和明尼苏达大学霍尔梅尔研究所刘斌副教授合作,在世界知名期刊Nature上发表了一篇题为Structural insights into vesicular monoamine storage and drug interactions的研究论文。该研究通过冷冻电子显微镜技术得到了人类VMAT1的八个结构,揭示了其在胞质开放和腔内开放构象中的形态,并与四种单胺神经递质、降压药利血平、精神刺激剂安非他命和神经毒素MPP+形成的复合物。这些结构和功能研究揭示了单胺存储和药理相互作用的机制,为理解疾病的关联提供了框架,并激发了未来开发靶向药物的发展方向。

    研究人员发现,在表达和纯化VMAT1时存在困难,导致蛋白的产量低且结构不稳定。为了克服这些问题,他们采用了一种新的策略,即通过删除VMAT1中的一个糖基化环来提高蛋白的产量和稳定性。经过改造的VMAT1被验证在细胞中的位置和功能上与原始蛋白基本相同,证实了这一策略的有效性。随后,研究人员利用冷冻电子显微镜技术对改造后的VMAT1进行了结构分析。在无配体状态下,即VMAT1未与利血平结合时,它呈现出一种开放构象,暴露于细胞质侧。这种构象可能有助于单胺分子的进入和绑定。而当VMAT1与利血平结合时,利血平会在VMAT1的一个单体中形成密集的结合位点,VMAT1呈现出了二聚体结构。

    研究人员还发现,不同类型的神经递质和神经毒素与VMAT1之间存在特异性的结合方式。与利血平结合:在没有配体的情况下,VMAT1呈现出一种开放的构象,使得单胺分子能够进入和结合到其深部腔室中。这种构象被称为"lumenal-open",并且受到NTD和CTD之间大量的相互作用所稳定。而在利血平结合的状态下,这些相互作用丧失,导致了VMAT1的构象发生变化,呈现出另一种开放的构象,但此时细胞质端的单胺通道打开,而不是深部腔室。作者观察到细胞质开放状态下的底物结合口袋与结合利血平时的口袋保持一致,暗示细胞质开放构象可能用于单胺的进口。通过对两种VMAT1构象进行比较,发现了E320残基在两种状态下的局部环境显著变化,表明其在质子诱导的细胞质开放状态中可能发挥重要作用。作者还提出了质子反向转运机制的模型,强调了E320和其他潜在质子化位点在单胺转运过程中的作用,并指出了E320可能在摇臂开关转换中发挥关键作用。

    总的来说,这些结构洞察和支持的功能研究阐明了囊泡单胺转运的机制,并为开发治疗神经退行性疾病和物质滥用的新型药物提供了基础。结合对VMATs结构与功能的深入理解,未来可能开发针对神经递质转运过程的新药物治疗策略。这些治疗策略可能包括针对不同构象的药物设计、针对特定结合位点的药物开发等,为神经系统疾病和物质成瘾的治疗提供新的方向。

  • 原文来源:https://www.nature.com/articles/s41586-024-07290-7
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    • 来源专题:战略生物资源
    • 编译者:李康音
    • 发布时间:2023-11-03
    • 本文内容转载自“生物谷”微信公众号。原文链接: https://mp.weixin.qq.com/s/QJCKTJl_bvWdnNP60LZpjA 2023年11月1日, 北京大学生命科学学院张哲课题组和美国圣裘德儿童研究医院李佳学课题组合作在Nature杂志发布了题为Mechanisms of neurotransmitter transport and drug inhibition in human VMAT2的研究论文。该工作首次报道了人源VMAT2蛋白结合抑制剂TBZ、RSP及其底物5-羟色胺(5-HT)的冷冻电镜结构,揭示了两种抑制剂发挥功能以及VMAT2转运底物的分子机制。 VMAT2蛋白的分子量仅约56 kDa且缺乏可溶结构域,这对使用冷冻电镜技术进行结构解析提出了巨大的挑战。研究人员采取融合蛋白的策略,将MBP蛋白刚性融合在VMAT2的N端,同时将与MBP特异性结合的DARPin蛋白融合在VMAT2的C端,从而增大了VMAT2的分子量并提高了蛋白的稳定性,借此获得了VMAT2与几种小分子复合物的高分辨率结构(2.9-3.7 ?)。研究人员首先解析了VMAT2结合TBZ的结构。在该结构中,VMAT2蛋白呈现lumen-facing构象,TBZ的结合将VMAT2进一步锁定在occluded状态,此时VMAT2对膜两侧均不开放,由此阻碍了底物的结合和转运。此前的研究表明,VMAT2在cytoplasm-facing构象时与RSP的亲和力较强,为了获得与RSP的复合物结构,研究人员对VMAT2胞质侧门控处关键氨基酸残基进行了突变,最终解析了VMAT2突变体Y418S在cytoplasm-facing构象下与RSP以及底物5-HT的复合物结构。 这两个结构显示,5-HT与RSP结合在VMAT2中的相同位点,由于RSP分子量较大,与VMAT2亲和力较强,因此可以竞争性抑制底物的结合和转运。研究人员进一步通过比较两种不同构象状态的结构变化,提出了VMAT2利用alternating access方式转运底物的工作模型。期间,研究人员利用大量的功能实验验证了VMAT2中的关键氨基酸残基在抑制剂结合和底物转运中的作用,极好地印证了结构方面的分析和发现,并阐明了TBZ特异性抑制VMAT2而非VMAT1的分子机制。总之,这项研究加深了人们对VMAT2及SLC18家族相关囊泡神经递质转运蛋白结构和功能机制的理解,并为针对这些蛋白质的药物研发和改造提供了重要的参考。
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    • 来源专题:战略生物资源
    • 编译者:朱晓琳
    • 发布时间:2024-10-25
    •  北京时间5月8日(周三)晚间,《自然》杂志刊登了DeepMind的AlphaFold团队和伦敦药物研发公司Isomorphic Labs共同署名的论文“Accurate structure prediction of biomolecular interactions with AlphaFold 3”,介绍了AlphaFold 3,这是AlphaFold的第三代版本,全新的蛋白质结构预测系统能以前所未有的精度预测“蛋白质数据库(Protein Data Bank)”内几乎所有分子类型的复合物结构。   论文称,AlphaFold 3是一款革命性的系统。对于蛋白质与其他分子类型的相互作用,AlphaFold 3在基准测试中的准确率比现有最好的传统方法高出50%,且无需输入任何结构信息,这使得AlphaFold 3成为首个在生物分子结构预测方面超越基于物理工具的方法的人工智能系统。基于AlphaFold 2能力的提升,AlphaFold 3如今能预测蛋白质与蛋白质、核酸、小分子、离子、修饰蛋白质残基的复合物以及抗体-抗原相互作用,其预测准确性显著超过当前预测工具,包括AlphaFold-Multimer。DeepMind团队称,这意味着AlphaFold 3将人类带到了蛋白质之外的更广泛的生物分子领域。这一飞跃可能开启更多变革性的科学,从开发生物可再生材料和更具弹性的材料,到加速药物设计和基因组学研究等。