《美科学家发现改良CRISPR-Cas9可为耳聋带来精准基因疗法》

  • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
  • 编译者: hujm
  • 发布时间:2019-07-08
  • 根据世界卫生组织的数据,全世界有4.66亿人患残疾性听力损失,相当于平均不到20人中就有1人丧失听力。遗传造成的听力损失还是新生儿最常见的残疾之一。基因编辑技术的问世,为治疗基因缺陷引起的遗传性耳聋带来了前所未有的希望。

    最近,哈佛医学院和波士顿儿童医院的一支联合研究团队,利用优化的CRISPR-Cas9基因编辑系统,在耳聋小鼠模型上精确识别并修正内耳的致聋突变,帮助小鼠留住听力。这一概念验证的完成有望为众多遗传性耳聋患者带来安全的基因编辑疗法。研究成果日前发表在学术期刊《自然-医学》。

    贝多芬小鼠

    在我们的耳朵深处,也就是被称为内耳的部分,有一类“毛细胞”,它们分布在内耳表面,形状如一丛丛鬃毛,在听觉中发挥重要作用。

    耳鼻喉科教授Jeffrey Holt和转化医学科学教授David Corey领导的研究小组过去发现,毛细胞要行使传导听觉信号的功能,离不开一种叫作TMC1的蛋白。当编码TMC1蛋白的基因发生突变,毛细胞会逐渐退化和死亡,导致听力丧失。某些遗传性耳聋患者在10~15岁开始逐渐失聪、到25岁左右完全丧失听力,正是因为TMC1基因突变。

    科学家发现TMC1基因后,利用同样的突变构建了一种疾病模型小鼠,希望在此基础上研究疾病的治疗方法。这些基因突变小鼠会在出生一段时间后逐渐损失听力,到“青壮年”时完全失聪。科学家们给这种疾病模型起名为“贝多芬小鼠”,因为它们表现出的病程正与大音乐家贝多芬经历的进行性听力丧失相似。不过,顺便一提,贝多芬失聪的真正原因仍没有定论。

    精确找到30亿分之一

    和TMC1突变的耳聋患者一样,贝多芬小鼠体内的Tmc1基因仅仅出现了“一点”小错误:在来自父母双方的两个基因拷贝中,一个Tmc1出现突变就会致聋;而突变的DNA序列,仅仅是一个碱基发生了变化。

    想要通过基因疗法修正DNA错误,用研究者的话说,意味着他们的基因编辑系统需要成功地在小鼠基因组的30亿个碱基字母中找出一个错误的字母。

    为了精确定位贝多芬小鼠的错误基因拷贝,同时不影响正常基因,研究团队在经典CRISPR-Cas9系统的基础上进行改良,分别对引导分子gRNA和内切酶Cas9都做了优化。细胞实验中的初步检验表明,优化后的CRISPR-Cas9工具能在Tmc1基因的两个拷贝中准确区分突变版本和正常版本。

    随后,研究人员通过腺相关病毒(AAV)载体将基因疗法递送到小鼠内耳。

    DNA分析的结果显示,基因编辑活性只局限于在贝多芬小鼠的内耳细胞。而对正常小鼠做同样的“治疗”,没有在内耳细胞中检测到任何编辑变化,说明这种疗法没有干扰正常的基因功能,进一步说明了该工具的特异性。

    研究人员在显微镜下观察了小鼠内耳的毛细胞。不出所料,在未经治疗的贝多芬小鼠中,毛细胞随着结构的恶化逐渐消失;相比之下,接受治疗后的小鼠,保留了正常数量的毛细胞,结构完整或近乎完整。

    内耳毛细胞的结构得到挽救后确实能起到改善听力的作用吗?科学家们通过“听性脑干反应(ABR)”检查了小鼠的听力。这种测试方法检查不同强度声音刺激下的脑电波反应,意味着内耳中听觉细胞捕获到声音后把信号传到了大脑。这也是新生儿听力筛查的常用方法。

    在不治疗的情况下,贝多芬小鼠通常在1个月大时就开始对高频声音反应降低,6个月大时完全失聪。相比之下,出生后不久就接受基因编辑疗法的小鼠,在2个月时与健康小鼠的听力几乎没有差别;到6个月大时,对低频声音的听力仍保持正常,有些甚至对高频声音的反应也接近健康小鼠。更令人鼓舞的是,有一部分经过治疗的贝多芬小鼠,在此后的近一年里保持了稳定的听力!

    在人们非常关注的安全性上,这种疗法的表现也值得一提。科学家们给没有携带缺陷基因的小鼠施用疗法后,小鼠没有因此遭受任何听力损失。

    在这项研究的最后,为测试该疗法在遗传性失聪患者上的治疗潜力,科学家们在一系列携带TMC1突变的人类细胞系上进行了实验。DNA分析显示,只有突变拷贝会被编辑,同一个细胞中的正常拷贝不会受影响。

    从这些结果来看,研究团队带来的新CRISPR-Cas9工具“大大提高了标准基因编辑技术的有效性和安全性”。但他们也提醒,即便是像这样已经高度精确的基因编辑疗法,在用于人类之前仍有大量工作需要做。

    由于这种方法能够靶向单个点突变,受益的将不仅仅是TMC1突变造成的遗传性耳聋患者,由其他听觉基因单突变造成的15种遗传性耳聋也都有望通过这种方法得到治疗。这样的进展无疑令人期待!“我们相信,这些结果打开了一扇大门,由基因单拷贝缺陷造成的一系列遗传疾病都可以在此基础上开发靶向治疗。”Holt教授说,“这真的是精准治疗。”

  • 原文来源:http://news.bioon.com/article/6740795.html
相关报告
  • 《科学家首次发现阻断CRISPR-Cas9基因组编辑的小分子抑制剂》

    • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2019-05-13
    • 在一项新的研究中,来自美国布罗德研究所等研究机构的研究人员发现酿脓链球菌Cas9(SpCas9)的首批小分子抑制剂能够更精确地控制基于CRISPR-Cas9的基因组编辑。具体而言,他们通过开发一系列高通量生物化学分析方法和基于细胞的分析方法,筛选了许多小分子,以便鉴定出能够破坏SpCas9与DNA结合因而干扰它的DNA切割能力的化合物。这些首批小分子CRISPR-Cas9抑制剂很容易进入细胞,并且比之前发现的抗CRISPR蛋白小得多。这些新化合物可以对基于SpCas9的编辑技术进行可逆的和剂量依赖性的控制,包括它们在哺乳动物细胞中进行基因编辑、碱基编辑和表观遗传编辑的应用。相关研究结果发表在2019年5月2日的Cell期刊上,论文标题为“A High-Throughput Platform to Identify Small-Molecule Inhibitors of CRISPR-Cas9”。 论文通讯作者、布罗德研究所的Amit Choudhary说道,“这些技术为快速鉴定和使用针对SpCas9和下一代CRISPR相关核酸酶的小分子抑制剂奠定了基础。靶向CRISPR相关核酸酶的小分子抑制剂具有广泛应用于基础研究、生物医学和国防研究以及生物技术应用的潜力。” 当前,SpCas9正在开发作为多种疾病(包括艾滋病、视力障碍、肌肉萎缩症和其他遗传性疾病)的基因治疗试剂。但是,这些治疗应用将极大地受益于对SpCas9活性的剂量和时间安排进行精确控制以减少脱靶效应。控制SpCas9活性的这些方面也可能使其他应用受益,比如对模型生物的DNA进行高效编辑来构建疾病模型和研究疾病,以及在基因工程蚊子中使用基因驱动来遏制疟疾和其他蚊子传播疾病。 对SpCas9的剂量和时间控制的需求已产生了对抗CRISPR分子的需求。尽管存在靶向SpCas9的抗CRISPR蛋白,但是它们是大分子,不易渗透到细胞中,起着不可逆的作用,可被蛋白酶分解,并且可能在体内存在引起不良免疫反应的风险。相反,小分子抑制剂在蛋白水解上是稳定的,可逆的,通常是非免疫原性的,并且能够通过被动扩散轻松地递送到细胞中。此外,它们可以低成本地大规模合成,具有很小的批间差异。 在这项新的研究中,Choudhary及其团队推出了一个强大,灵敏且可扩展的平台,用于快速、经济地鉴定和验证SpCas9的小分子抑制剂。鉴于SpCas9酶的特性,以高通量方式测量CRISPR-Cas9活性从而进行药物筛选一直是具有挑战性的。为此,Choudhary团队分别开发了针对SpCas9-DNA结合和SpCas9 DNA切割活性的高通量初级和二级测定方法。对于初级测定,他们使用一种称为荧光偏振的生物化学技术来监测SpCas9与含有PAM序列的经过荧光团标记的DNA片段之间的相互作用。在二级测定中,他们使用自动显微镜来测量在细胞中由SpCas9介导的对报告基因进行DNA切割后产生的荧光变化。 通过使用这些测定方法,这些研究人员首先筛选了多种类型小分子的代表成员,以确定其成员经常抑制SpCas9的小分子类型。他们鉴定出两种先导化合物,它们以剂量依赖性方式破坏了哺乳动物细胞中SpCas9结合DNA和抑制SpCas9介导的DNA切割的能力。鉴于这些小分子阻断这种酶结合DNA,因此它们还抑制SpCas9的催化活性受到破坏的编辑技术,包括用于转录激活的那些技术,而且在人血浆中是稳定的。 Choudhary说,“这些结果为对CRISPR-Cas9活性的精确化学控制奠定了基础,从而能够安全地使用这些技术。然而,这些分子还没有为人类应用做好准备,也没有在生物体内进行功效测试。” 在未来的研究中,这些研究人员计划鉴定这些抑制剂在SpCas9:gRNA复合物上的结合位点,研究它们的作用机制,并优化它们的功效。他们还将确定这些分子是否与哺乳动物细胞中的其他靶标相互作用,并评估它们对其他的CRISPR相关核酸酶的特异性。这项新研究的早期结果表明这些分子对它们的靶标极具特异性,这是因为它们对与SpCas9的亲缘关系较远的CRISPR相关酶Cas12a没有影响。
  • 《述评 | 张锋等科学家共同揭示CRISPR疗法递送策略!》

    • 来源专题:战略生物资源
    • 编译者:李康音
    • 发布时间:2023-10-19
    • 2023年9月18日,基因编辑领域先驱张锋教授于《自然》杂志子刊Nature Reviews Drug Discovery联合发表了一篇题为Drug delivery systems for CRISPR-based genome editors的综述文章,详细阐述了目前为CRISPR基因组编辑技术所采用的各类递送策略,其中主要讨论了如腺相关病毒(AAV)和脂质纳米颗粒(LNP)这类已经被广泛研究的递送系统,同时也概述了一些在临床前研究中展现出巨大潜力的新型递送策略。2023年10月16日,药明康德研究团队将为读者解读该综述中的精彩内容。 基于CRISPR的基因编辑技术采用特异性的引导RNA(gRNA)来识别目标DNA序列,而后通过Cas9酶实施切割。一旦DNA被切割,细胞的固有修复机制将被启动,并通过该机制引入基因的特定变化,如突变碱基的修正或不必要序列的删除。基于CRISPR的基因编辑器具有治疗广泛的遗传疾病的潜力,包括遗传性疾病和某些类型的癌症。此外,这项技术可以通过病毒的遗传信息,被用于研发针对HIV和乙型肝炎等传染性疾病的治疗方案。目前,基于CRISPR的基因编辑技术已成为基础研究的重要工具,助力科研人员深入研究特定基因的功能以及其在疾病进程中的角色。 由于基于CRISPR基因编辑技术的疗法涉及将外源性遗传物质注入体内,这有可能诱发免疫应答并引起潜在的毒副作用。因此,靶向性的药物递送系统在确保基因编辑技术达到其目标细胞并安全发挥作用时显得尤为关键。考虑到不同的细胞和组织可能对递送方式有着特定的需求,为基于CRISPR基因编辑技术的疗法开发一套多样化且可针对具体应用的递送系统是至关重要的。总体而言,高效的药物递送策略是充分发挥基于CRISPR的基因组编辑技术在遗传病等疾病治疗和基础研究中潜力的核心环节。 当前基因编辑系统研发进展 当前,最常见的一类基因组编辑器是CRISPR-Cas9系统,它也是第一个被设计用于人类细胞的基因编辑系统。Cas9酶在与gRNA互补的靶位点切割产生DNA双链断裂(DSB),在人类细胞中,这些DNA双链断裂可以通过非同源末端接合(NHEJ)机制进行修复,这一过程通常会导致基因功能的丧失。早期临床数据表明,NHEJ介导的基因敲除降低了致病蛋白的表达。靶向DSB也可以通过宿主细胞的内源同源修复机制进行修复,从而导致其与外源性模板DNA的整合。 当前,Cas9已经被改造以实现其他基因组操作。例如通过使来自酿脓链球菌的Cas9催化残基发生突变,Cas9可以转化为可编程的DNA结合蛋白,这类突变体Cas9蛋白可以减少靶基因转录,将其与转录抑制因子相融合,可以产生CRISPR干扰系统;同样地,当突变体Cas9蛋白与转录激活因子相融合,可被用于靶向转录激活。 除了CRISPR-Cas9系统,碱基编辑器(base editor)和先导编辑器(prime editor)也是近年来备受瞩目的新型基因编辑系统。不同于CRISPR-Cas9系统,碱基编辑技术不仅可以在不切断双链DNA的情况下,将基因组序列上的碱基转变为其他碱基类型,还可以精准在基因组中插入或切除DNA序列,为更安全和精准地修改基因组提供了强有力的工具。先导编辑技术同样也不会引发双链DNA断裂,它采用“搜索-替换”策略,从而大幅减少编辑位点副产物和脱靶效应。除此之外,这一策略可以在基因组中的几乎任位置进行不同序列编辑,可以纠正所有12种类型的单碱基对点突变,并适用于多种细胞和器官类型。 许多其他的CRISPR系统也被设计用于人类细胞。这些系统包括其他Cas9家族同源物——例如金黄色葡萄球菌Cas9(SaCas9)和脑膜炎奈瑟菌Cas9(NmeCas9)。此外还有其他DNA核酸内切酶(例如Cas12)和RNA核酸内切酶(例如Cas13)——RNA核酸内切酶构成了两个转录组编辑平台REPAIR和RESCUE的基础。这些技术共同构成了解决各种人类疾病的丰富工具。 总体而言,尽管每种基因编辑技术都具有其独特的优势和局限性,但它们都共同面临一个核心挑战:为了充分发挥其治疗潜力,必须确保其在人体内被安全、有效地递送至目标位置。 可用于递送基因编辑器的载体 有几种不同的递送系统可用于将基于CRISPR的药物传递到靶向细胞和组织。其中,目前已步入临床的两种递送系统是AAV和LNP。 1.腺相关病毒AAV是小型、非致病性病毒,可以通过工程设计携带CRISPR基因编辑器并将其递送到靶细胞。AAV具有几个优点,比如,它们能够同时感染分裂和非分裂细胞,并且具有较低的免疫原性,此外它们还能够实现长期的基因表达。目前AAV已被用于治疗遗传病的几项临床试验。 AAV在其反向末端重复序列之间携带转基因,它无法携带长度大于4.7 kb的转基因。研究人员尝试通过改造AAV的表达元件——包括启动子,增强子和多聚腺苷酸化信号序列,通过减少这些元件的大小来增加其潜在载荷,同时将转基因的表达限制在特定的组织或细胞类型。除此之外,研究人员还在尝试分离出可编码具有治疗性能的“微小蛋白”,以减少转基因载荷的大小。这一策略的应用实例是杜氏肌营养不良症(DMD)的基因疗法,通过生成截短但仍具有功能的抗肌萎缩蛋白,为DMD患者恢复抗肌萎缩蛋白功能。基于这一策略,已有数款DMD疗法获批或进入临床试验阶段。 在使用AAV递送CRISPR-Cas9编辑器时,载荷大小是一个重要的考量因素。为适应载荷容量限制,研究人员尝试使用比常规Cas9酶尺寸更小的Cas9蛋白,如SaCas9和Nme2Cas9(一种紧凑的Cas9变体)以减少载荷大小,实现在一个单独的AAV中容纳CRISPR-Cas9系统的所有组件。其他的潜在Cas9酶替代物还有Cas12和Cas13,基于这些酶的基因组编辑器已在动物模型中开展相关研究。 除了上述方法,为绕开4.7 kb的载荷包装限制,另一策略是将有效载荷分割为两个独立的构建体,随后利用两个AAV同时递送至同一细胞。为达成此目标,研究者们已经尝试采用了重叠AAV载体、反式剪接载体,以及分裂内含肽(split inteins)等技术。 2.脂质纳米颗粒LNP是另一种用于递送基于CRISPR的药物的递送系统。这些纳米颗粒由脂质构成,可以有效封装CRISPR基因编辑组件,确保其在血液循环中不被迅速降解。 尽管基于病毒载体的递送系统已经成功地将CRISPR药物输送到患者体内,但其疗效可能仍然受到预先存在的免疫应答、有效载荷大小限制、无法重复给药以及潜在的长期基因过度表达等因素的限制。这些局限性催生了对包括LNP-mRNA药物在内的非病毒递送系统的进一步研究。 LNP的安全性、有效性和趋向性取决于其纳米级的精确结构。因此,研究人员已经创建了一系列多样化的LNP化学构型,并对其在递送基因编辑药物方面的潜力进行了评估。 在LNP介导的基因编辑的临床前模型研究中,已有若干研究确凿地展示了通过LNP将基于CRISPR的基因编辑器递送到体内目标细胞的能力,从而实现有效的体内基因编辑。以某项临床前研究为例,研究者使用LNP向非人灵长类动物和小鼠模型递送靶向PCSK9基因的碱基编辑器VERVE-101。研究发现,单次注射携带有编辑器的LNP可使低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)水平降低69%,血液中的PCSK9蛋白降低83%,此效果可维持达476天,并且无脱靶事件或免疫反应的迹象。 类似地,针对ANGPTL3基因的碱基编辑疗法VERVE-201在另一项研究中也表现出色。为了增强对肝细胞的定向性,LNP颗粒表面被修饰以包含N-乙酰半乳糖胺(GalNAc)。在对非人灵长类动物模型进行的单次给药研究中,VERVE-201对循环中的ANGPTL3蛋白表现出了显著的抑制效果。具体而言,给药后90天,ANGPTL3水平平均下降了80%以上,并在给药后616天时达到了96%的降低率。 这些发现表明,LNP可能是基于CRISPR的基因编辑器的有效递送系统,并为基于LNP的遗传疾病疗法的临床试验铺平了道路。目前,VERVE-101已经完成首位患者给药,VERVE-201预计在2024年开始进行临床试验。 除了AAV和LNP之外,当前正在开发的用于递送基于CRISPR药物的递送系统涵盖了多种策略,其中包括病毒性载体(如慢病毒载体);同时,非病毒性的递送系统,包括聚合物纳米颗粒、金纳米颗粒,以及基于人逆转录病毒样蛋白PEG10的载体和病毒样颗粒(VLPs)也受到了广泛的研究关注。不同的递送系统各具特点,均带有一定的优势和局限性。因此,选择何种递送系统需要基于特定的应用背景以及所追求的疗效结果。 目前,多种采用不同递送系统、基于CRISPR基因编辑技术的疗法已经在临床试验中进行测试,其中不仅包括基于CRISPR技术的基因编辑疗法,还有其他种类的基因和细胞疗法,这些疗法为众多遗传性疾病患者提供了全新的治疗前景和希望。 开发有效递送系统所面临的关键挑战与考量 针对基于CRISPR基因编辑技术的疗法开发有效的药物递送系统是一个复杂且至关重要的任务,涉及多个关键的考虑因素和挑战。首要的难点是保证递送系统可以精准地靶向特定的细胞和组织,同时最小化脱靶效应。这一目标需要通过精细的递送系统工程设计来实现,如选取合适的靶向配体和优化有效载荷,确保正确、准确地将其递送到目标位置。 递送系统的安全性也是至关重要的考虑因素,特别是其潜在的毒性和触发的免疫反应。例如,尽管某些病毒载体在药物递送上具有优势,但它们可能会激发体内的免疫反应,进而影响疗法的效果和安全性。此外,长时间的核酸酶表达也可能会增加健康风险,因此,在疗法进入临床试验之前,对其在临床前模型中的安全性进行深入评估是至关重要的。 此外,技术上的难题也不可忽视。CRISPR-Cas系统因其本身的大小和复杂性,可能不适用于某些递送策略,如某些病毒载体。这可能要求我们对CRISPR-Cas系统的结构和大小进行优化,确保它可以被选用的递送系统高效携带。 结语 为基于CRISPR基因编辑技术的疗法开发高效的药物递送系统是一项充满挑战的任务,不仅需要对多种复杂因素进行综合考虑,还涉及对不同层面的科学问题进行深入研究。尽管开发过程中存在诸多技术难关,但最新的递送系统工程技术和临床前研究进展已经为基于CRISPR的疗法朝向临床应用迈进提供了积极信号。 另外,随着基因编辑的递送策略及载荷的不断优化,肝外组织的靶向递送极有可能成为下一个焦点。值得强调的是,针对特定组织的高效递送技术可以为众多遗传疾病提供新的治疗策略,这得益于基于CRISPR的疗法所具备的广泛基因调控潜能。这些疗法的模块化设计及其在临床上的广泛应用前景,使得对基因编辑器与递送系统间互动机制的研究变得尤为关键。 鉴于递送系统在技术上的持续创新和完善,我们相信,基因编辑技术与个体化医疗领域将迎来更大的发展潜力。基于CRISPR技术开发的药物凭借其对遗传靶标的精准调控能力,有潜力引领遗传性疾病治疗的创新革命,进而推动医学领域整体走向一个新纪元。 最后,现阶段将基因编辑组件传递到肝外组织仍具挑战性,尽管如此,一些靶向非肝组织的纳米粒子的设计已在临床前研究中取得了进展,未来仍需进行更深入的研究。 综上所述,基于CRISPR的疗法在开发药物递送系统时需要考量多方面的因素,从靶向特异性、安全性到技术实现难度。虽然前方挑战重重,但随着递送系统工程技术和临床前研究的持续进展,这些挑战将被一一攻克,使基于CRISPR的治疗策略更快地走向临床实践。 本文内容转载自“药明康德”微信公众号。 原文链接: https://mp.weixin.qq.com/s/6wr2NCzD1KN6JYD6lg-foA