H7N9低致病性流感病毒于2013年在中国出现,并于2017年突变为高致病性菌株,导致鸡的人类感染和疾病。为了控制传播,2017年9月在家禽中引入了二价H5 / H7灭活疫苗。为监测病毒进化和疫苗效力,我们从2017年2月至2018年1月在中国收集了53,884个家禽样本。我们分离了252株H7N9低致病性病毒,69 H7N9高致病性病毒和一种H7N2高致病性病毒,其中两种低致病性病毒和14种高致病性病毒在疫苗引入后收集。高致病性菌株的遗传分析揭示了九种基因型,其中一种是主要的并且广泛存在并且包含在小鼠中表现出高毒力的菌株。此外,携带鸭病毒基因的一些H7N9和H7N2病毒在鸭子中是致命的。因此,虽然疫苗接种减少了H7N9感染,但毒性的增加和鸭子宿主范围的扩大带来了新的挑战。