《通过声波进行血液检测可能会取代一些组织活检》

  • 来源专题:可再生能源
  • 编译者: pengh
  • 发布时间:2017-09-20
  • 细胞分泌一种称为外体的纳米囊,它将重要的信息从身体的一个部位传递到另一个部位。麻省理工学院和其他机构的科学家们已经设计出一种拦截这些信息的方法,这些信息可以用来诊断癌症或胎儿畸形等问题。

    他们的新设备采用了微流体和声波的结合,将这些外体从血液中分离出来。研究人员希望将这项技术整合到一种便携式设备中,可以分析患者的血液样本进行快速诊断,而无需考虑目前常用的繁琐和费时的超验方法。

    这些外体通常含有特定的分子,这些分子是某些异常的特征。如果你把它们与血,你可以做生物分析,看看他们透露,“明刀说,首席研究科学家在麻省理工学院材料科学与工程系和该研究的资深作者,发表在《美国国家科学院学报》9月18日的一周。

    该论文的高级作者还包括Subra Suresh,新加坡南洋理工大学的指定人,麻省理工学院的万尼瓦尔布什教授,以及麻省理工学院的前院长;杜克大学机械工程与材料科学教授黄俊华;Yoel Sadovsky,马格妇女研究所的主任。该论文的主要作者是杜克大学的研究生Mengxi Wu。

    2014年,同一组研究人员首次报道,当他们通过一个小通道时,他们可以将细胞暴露在声波中。这项技术为其他细胞分类技术提供了一种更温和的替代方法,这种技术需要给细胞添加化学物质,或者让它们暴露在更强的机械力上,从而破坏它们。

    从那时起,研究人员已经证明,这种技术可以用来分离血液样本中罕见的、循环的肿瘤细胞。在他们的新研究中,他们开始捕捉外体。这些囊泡通常直径约为30至150纳米,可以携带蛋白质、RNA或其他重要的细胞分子。

    先前的研究表明,外物的含量可以作为癌症、神经退行性疾病和肾病等疾病的标志。然而,现有的隔离外体的方法需要高速离心,这需要将近24个小时才能完成,使用的是一种不能携带的大型机器。高离心力也会损伤小泡。

    “声波声波要温和得多,”Dao说。“这些粒子在被分离的时候只经历了一秒或更少的力量,这是一个巨大的优势。”

    研究人员最初的声细胞分选设备由一个微流体通道组成,该通道暴露于两个倾斜的声学传感器中。当这些传感器产生的声波相遇时,它们就形成了能产生一系列压力节点的声波。每当一个细胞或粒子流过通道,遇到一个节点时,压力就会引导细胞远离中心。细胞运动的距离取决于大小和其他特性,如压缩性,使不同大小的细胞在到达通道末端时能够分离。

    为了分离出外体,研究人员用两个这样的装置制造了一个装置。在第一种情况下,声波被用来从血液样本中移除细胞和血小板。一旦细胞和血小板被移除,样本就进入另一个微流体单元,它利用更高频率的声波将外体与稍大的胞外小泡分离。

    使用这个装置,需要不到25分钟的时间来处理100毫升的未经稀释的血液样本。

    黄说:“这项新技术可以解决目前技术的缺点,比如长时间的周转时间、不一致性、低产量、污染和不确定的外置完整性。”“我们想要提取高质量的外体,就像按下按钮,在10分钟内得到想要的样品一样简单。”

    Suresh说:“这项工作提供了一种新颖的方法,通过微流体和声学的独特组合,从人类流体样本中捕捉到外体,使用最先进的微加工技术。”“这种方法能够分离这些纳米囊泡,本质上不改变它们的生物学或物理特性,为开发新的评估人类健康的方法以及疾病的发生和发展提供了很有吸引力的可能性。”

    一个清晰的签名

    Taher Saif是伊利诺斯大学香槟分校的机械科学和工程学教授,他说,这种新方法的新方法“可能会带来疾病诊断和预后的新范式”。赛义夫没有参与这项研究,他说:“这篇论文提出了一种非侵入性的、无标签的、生物兼容的、芯片上的方法,能够以极高的精度将外体从血液中快速分离出来。”

    研究小组现在计划利用这项技术来寻找能够揭示疾病状态的生物标记物。他们有来自美国国立卫生研究院的联合拨款来寻找与异常怀孕相关的标记,他们相信这项技术也可以用来帮助诊断其他的健康状况。

    Sadovsky说:“新的声学流体技术有可能极大地改善外体和其他血液和其他体液的细胞外小泡的分离过程。”这将为研究“液体活组织检查”增加一个新的维度,并促进细胞外囊泡的临床使用,以告知难以获得的器官的生理和健康,比如在人类怀孕期间的胎盘。

    这项研究是由美国国立卫生研究院和美国国家科学基金会资助的。

    ——文章发布于2017年9月18日

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    • 来源专题:可再生能源
    • 编译者:pengh
    • 发布时间:2017-11-09
    • 麻省理工学院(MIT)和哈佛大学(Harvard)的研究人员、麻省理工学院(MIT)的科赫研究所(Koch Institute for Integrative Cancer Research)、达纳-法伯癌症研究所(dana - farber Cancer Institute)和麻省总医院(Massachusetts General Hospital)的研究人员已经开发出一种精确的、可扩展的方法来监测血液样本中的癌症DNA。 自然通讯报道,研究小组表明,近90%的肿瘤的遗传特性可以使用whole-exome测序,在血液样本被发现,该方法可以有效地应用于49%的晚期癌症患者——一个可能会增加数量随着测序变得便宜。这种侵入性较低的肿瘤样本,可以为癌症基因组提供一个窗口,有一系列潜在的应用。 “我们的最终希望是使用血液活检来彻底地寻找和描述肿瘤的最小残余,”维克多·阿达斯坦森解释道,他是该论文的第一作者,也是布罗德研究所的组长,在那里他领导着血液活检小组。“而且,随着肿瘤在更高级阶段的发展,发展阻力或转移,我们可能会获得时间点,这可能是决定哪一种疗法适合那个病人的关键。” 这种从病人血液样本中检测和分析癌症DNA的能力正在成为一种有希望的替代手术活检,这是一种很困难、痛苦和昂贵的方法,特别是当肿瘤出现在具有挑战性的位置时。 血液活检(也称为液体活检)将克服许多这些问题。他们有可能让医生实时追踪疾病和治疗的进展,并帮助研究人员了解肿瘤是如何以更大的分辨率抵抗治疗的。 了解癌症没有侵入性的程序 体内的细胞,包括肿瘤细胞,一旦死亡,就会定期将DNA片段排出到血液中。通过血液活检,临床医生从血液中提取出这种“无细胞”DNA,然后检测并综合分析源自癌细胞的片段。追踪这些数据可以使癌症复发,病人对治疗的反应,以及其他临床上重要的特征,从血液样本中得到。 血液活检的研究和发展领域经常受到学术和行业参与者的欢迎,但有可扩展的全外显子组测序,由Adalsteinsson和同事Gavin Ha、Sam Freeman、Matthew Meyerson、j . Christopher Love和Gad Getz领导的团队正在以一个新的和创新的方向来研究这个领域。爱是麻省理工学院的化学工程副教授,也是麻省理工学院综合癌症研究所的一名成员 从目前的DNA片段中提取出一个完整的外显子,需要血液样本中至少10%的肿瘤DNA,但血液中的肿瘤DNA的比例因人而异。由于这种变异,在尝试全基因组测序之前,团队首先需要一种不带偏见的方法来检测和测量癌症DNA的水平。 在整个领域,许多血液活组织检查方法通过筛选已知癌症相关基因的突变来检测肿瘤的DNA,但这种靶向性的测序在没有这些突变的情况下会忽略癌症。 联合第一作者Ha,来自Broad研究所和达纳-法伯癌症研究所(DFCI)的博士后,领导了一种名为ichorCNA的工具的开发,该工具可以分析几乎在癌症基因组中普遍存在的突变模式的DNA片段,并因此捕获已知和未知突变的癌症。Ha专注于检测肿瘤细胞中有少量或更大副本的DNA片段,与健康细胞相反。 该研究小组对在DFCI的520例转移性乳腺癌或前列腺癌患者的1439例血液样本进行了前瞻性的测试和改进,这是一项由医学肿瘤学家Atish Choudhury、Daniel Stover、Heather Parsons、Nikhil Wagle和同事所倡导的重大努力。 使用这种方法,研究人员发现,在33 49%的转移性乳腺癌和前列腺癌患者,根据是否一个或多个血样检查,肿瘤DNA由大于10%的血液中游离DNA——足以让whole-exome DNA测序的无细胞的可行性。 然后,为了确定这种无细胞肿瘤DNA的测序是否能像组织活检一样对癌症遗传学有同样的了解,研究小组比较了从一组41名患者的全基因组测序中获得的肿瘤活检数据。研究人员发现,血液全外显子测序和组织活检的基因数据在许多遗传特征上都有明显的匹配,如克隆体细胞突变(88%匹配)和拷贝数改变(80%匹配)。 这些结果支持无细胞DNA全外显子测序,从血液样本,作为许多患者转移肿瘤活检的潜在替代物。 “我们的研究表明,我们可以可靠地从血液中获得癌症。”这反映了肿瘤活检的结果;在加入这个广泛的研究所之前,他曾是爱的实验室的博士后。“这种验证表明,我们可以对转移性癌症患者的大规模基因组特征进行血液活检。” “它释放了许多我们以前不能做的研究的潜力,”Getz补充道,他是麻省总医院癌症中心和病理学系的病理学和生物信息学副教授,同时也是癌症基因组计算分析小组的成员和主任。“这项技术将使我们能够追踪癌症的动态,了解药物耐药性的演变,或转移状态的发展,这是通过外科活检无法实现的。” 这项新的研究改进了血液活检的分析管道,并允许其在扩大的范围内进行。研究人员正在积极地将他们的工作应用到成千上万的转移性癌症患者身上,否则他们的肿瘤可能不会被活检。 “通过这项工作,我们现在有了一个框架,可以精确地测量和质量控制血浆中的肿瘤DNA,使血液活检的基因组分析具有很高的技术准确性,”Meyerson说,他是DFCI和哈佛医学院的病理学教授。 方法已经在癌症研究患者中使用 在团队成功的背后,ichorCNA和随后的无细胞DNA全外显子测序已被纳入与Broad研究所基因组平台的合作,以使从血液样本中得到的转移性和耐药肿瘤的全面映射。这一方法也被整合到包括转移性乳腺癌(MBC)项目的直接到患者的研究工作中,该项目是一种病人外展工作,收集唾液和组织样本,以及现在的血液样本——从转移性乳腺癌患者捐赠的DNA测序到进一步的治疗研究。在血管肉瘤项目和即将到来的转移性前列腺癌项目中,类似的合并血液活检的努力正在进行中。 “我们很兴奋使用血液活检理解转移性乳腺癌,耐药性,和肿瘤进化,并得到转移设置的快照的患者可能没有可用的转移性活检组织,“说Nikhil韦格尔准成员广泛研究所副主任DFCI癌症精密医学中心,和MBC领袖项目。“随着血液活检小组的最新成果,很明显,这项技术已经达到了我们应该纳入转移性乳腺癌项目的正确的程度。” 一种进行大规模血液活检的方法可以让研究人员和临床医生很容易地进入癌症基因组,这对医生监测治疗反应、观察复发以及更多的方式有令人兴奋的影响。经常和非侵入性地监测癌症及其治疗的能力可以改变临床试验,提高临床医生了解转移性癌症的分辨率,并有可能增加高质量的精确医学方法的可达性。 “使用无细胞DNA来追踪癌症并不是一个新想法,但我们正在开发这些工具,以了解我们如何更好地为这些类型的分析提供合适的材料,而且我们正在以一种让我们广泛跨越基因组的方式进行研究,”爱说。“我们已经建立了质量指标,以确保这项技术对成千上万的病人和样本每年都具有成本效益和可伸缩性。” 这项研究由Gerstner Family Foundation,Janssen Pharmaceuticals,Inc .和国家癌症研究所(National Cancer Institute)的科赫研究所支持(core)资助。 ——文章发布于2017年11月6日
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    • 来源专题:生物安全知识资源中心—领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2022-05-09
    • 美国食品和药品管理局(Food and Drug Administration,FDA)为首个新冠诊断测试设备(InspectIR, PNY-1000)颁发紧急使用授权(Emergency Use Authorization,EUA)(图1)。该设备收集呼吸样本,无需鼻咽拭子,整个过程耗时不到3分钟。设备尺寸接近普通行李箱,方便携带,可在医院、公共场所和移动测试站点使用。 InspectIR联合创始人John Redmond表示:“工作场所大规模集中式新冠检测需求日渐提升,而第三方新冠核酸检测太费时费事,不适合工作场所。PNY-1000简单易操作,非常适合工作场所使用。只要办公室放一两台PNY-1000,员工上班前就像“打卡”一样过去测一下,3分钟就有结果,几乎不浪費时间。不必像核酸检测那样需要等一段时间才有结果,不仅耽误时间,而且可能会导致病毒扩散。” 1、设备生产公司背景 该设备的生产商为InspectIR Systems LLC(简称“InspectIR”),商品名为InspectIR COVID-19 Breathalyzer,型号为PNY-1000。InspectIR成立于2018年,注册地为美国达拉斯,并于2019年11月26日完成种子轮融资。InspectIR与北德克萨斯大学合作,基于特有专利技术,致力于研发便携式非侵入性阿片类药物/大麻/麻醉品的呼气检测工具,创造了第一台真正定性和定量麻醉品便携测试仪。 InspectIR首席执行官Tim Wing表示:“几十年来,药物检测市场一直完全基于尿液和血液分析,InspectIR的产品将提供更详细的定性和定量结果,其结果准确性不仅可与尿检、血液检测结果相媲美,而且检测速度更快,可在几秒钟内实现结果呈现。我们的产品将带来传统检测缺失的检测速度,方便快速执法,从而颠覆麻醉品检测行业。” 2、设备原理 InspectIR不仅局限于麻醉药品检测,同样的技术路线也适用于新冠病毒检测。InspectIR在2020年就已开发出了PNY-1000,后续的测试和合规流程用了将近两年的时间。随着FDA正式给予其EUA授权,这款检测仪可应用到大规模集中新冠检测场景(图2)。 根据FDA公布的InspectIR授权书显示,PNY-1000本质上是一款VOC频谱检测仪,是一种定性分析设备,用于检测与SARS-CoV-2感染相关的5种呼吸挥发性有机化合物(Volatile Organic Compounds,VOC)代谢物[1]。PNY-1000采用医疗、司法界等视为金标准的气相色谱-质谱法联用技术,能够从被测对象的呼吸中快速、准确地检测上述五种有机物的含量,作为是否感染新冠的判定标准(图3)。 2022年3月,The Lancet子刊eClinical Medicine曾发表题为“Detection of SARS-CoV-2 infection by exhaled breath spectral analysis: Introducing a ready-to-use point-of-care mass screening method”的研究成果(图4)[2]。在此项研究中发现新冠感染者的呼吸中包含醛类、酮类和醇类气体,并且这些气体不会在其它主流病症(甚至包括典型肺炎)患者的呼吸中出现,具有新冠特异性。这也为PNY-1000的研发提供了科学依据,PNY-1000能够检测乙醛、辛醛、丙酮、丁酮和甲醇5种已知和新冠病毒感染有着强关联的有机物。 3、设备测试结果 根据FDA发布的PNY-1000测试文件显示,PNY-1000的测试过程为:在测试前15分钟内受试者不应进食、饮水或使用任何烟草制品。首先,真空泵抽空系统对采集到的受试者在10秒内提供的0.25L呼吸样本进行真空处理。随后,呼吸样本与系统中的预浓缩器相互作用以收集和浓缩样本,并由下游残余气体分析仪检测特定VOC。最后,通过运行算法确定样本中存在的VOC及比例,输出SARS-CoV-2检测结果:阳性为(+),阴性为(-)。测试结果将在不到3分钟的时间内显示在仪器屏幕上。所有阳性检测结果都必须通过高度敏感的SARS-CoV-2检测进行后续确认[3]。 对2409名受试者样本进行检测,发现阳性检测的准确率达到91.2%,阴性检测的准确率则高达99.3%。检测样本包括德尔塔、奥密克戎等变种。这组数据证明,对于没有感染新冠病毒的受试者,PNY-1000检测的准确性非常高,“假阳性”的可能性很低;而对于阳性感染者来说,这一检测方式的准确性,也达到了包括美国在内的很多国家公共卫生机构对于快速检测法的一般要求。 常规抗体检测法一直无法有效避免抗原交叉反应对检测结果造成的影响,受试者感染其它流行病(例如冠状病毒导致的流感)可能导致在新冠检测中出现假阳性;而正因为前述的挥发性有机物只与新冠病毒感染有着关联,所以可以避免抗原交叉反应。作为一款快速检测方式,PNY-1000对于阴性受试者的检测准确度高达99.3%,出现假阳性的概率非常低。虽然PNY-1000表现良好,但FDA也明确表示,这种吹入式检测方式仍然不能替代核酸检测的地位,阳性结果应该追加进行核酸检测来最终确认。 4、设备价格及上市时间 4月22日,John Redmond表示“目前每台机器每小时只能处理大约20个样本,因此进行大规模筛查时需要很多设备。首批设备可能需要10到12周才能上市,每次测试的成本约为10至12美元。”FDA称,该公司表示计划每周生产约100台设备,但目前尚不清楚何时会达到这一水平。一些新冠呼气测试已经在试点项目中进行了测试或授权在其他国家使用,但InspectIR Breathalyzer将是第一个在美国上市的产品。 专家学者如何评价 PNY-1000 麻省理工大学医学院分子生物学家Nathaniel Hafer说:“PNY-1000检测新冠又快又准,让人印象深刻,基于此项技术,扩大可检测病毒类型是非常有价值的。” 加州大学戴维斯分校副校长Cristina Davis一直在研发冠状病毒检测技术,她表示:“我认为这对整个呼吸分析领域来说是一个非常令人振奋的发展,这是向前迈出的一大步。” 埃默里大学和乔治亚研究所的儿科血液学家和生物工程师Wilbur Lam博士说:“我们一直在考虑针对整个大流行进行此类型的测试,也一直在等待获得授权的产品和技术,但只有在实际应用中才能真正确定PNY-1000有多大用处。PNY-1000并没有给你一个确切的诊断,它给你的是一种与疾病相关的生化模式。” 南加州大学凯克医学院临床微生物学家Susan Butler-Wu表示:“还是希望能够看到更多关于PNY-1000设备性能的独立数据,以及它所检测到的化合物更多细节。挥发性有机化合物在感染诊断方面没有得到很好的发展,如果没有获得更多现实数据,我觉得用它来诊断病人为时尚早。” 新冠检测常态化 抗原赛道前景广阔 传染病检测主要有两种方式:检测病原体本身或者检测人体为了抵抗病原体而产生的抗体。检测病原体即可以检测抗原(一般是病原体表面蛋白,有些用内部核蛋白),也可以检测核酸。针对新冠病毒的检测,主要分为核酸检测、抗原检测、抗体检测三种(表1)。其中抗原检测试剂操作简单、检测速度快,适用于大规模筛查场景,目前在疫情较严重的海外国家得到广泛应用,而核酸检测目前是尽早确定是否感染新冠病毒最有效的检测方法。 新冠抗原检测,在进行大规模、快速筛查检测时,具有较高的社会价值,居民可以自行购买检测试剂,居家自检,免除长时间等待核酸检测结果的不便,降低检测过程中的曝露风险,也解决了偏远、基层地区无法进行核酸检测的困难。 2021年3月11日,国家卫健委发布消息,国务院应对新型冠状病毒肺炎疫情联防联控机制综合组决定在核酸检测基础上,增加抗原检测作为补充,并组织制定了《新冠病毒抗原检测应用方案(试行)》(图5)。进一步明确了抗原检测的补充定位,提升的是“早发现”能力,并且使用的重点是在不具备核酸检测能力的卫生机构。 据统计,基层医疗卫生机构诊疗检测需求市场规模约55亿元,隔离观察人员检测需求约25亿元,社区居民自检需求约249亿元,整体合计超300亿元。长期视角下,假设新冠常态化下的社会开放后,按照新冠抗原检测的应用场景分为静态的自测以及动态的大规模检测,综合来看,长期视角下抗原检测市场规模可达2700亿元[4]。 截止4月20日,国家药监局已批准29个新冠病毒抗原检测试剂。中国新冠抗原检测自检类试剂盒批准时间较欧洲、美国等地区晚,我国部分公司的抗原检测产品也已在欧洲或美国得到批准并市场销售(表2)。2021年全年,中国新冠检测试剂盒(核酸检测+抗体检测+抗原检测)合计出口金额约714亿元,进口国家主要是德国和英国。 欧洲市场,用于家用检测抗原检测试剂产品较多,价格战激烈,终端价格约在2-3欧元左右。以德国为例,我国的艾康生物、安旭生物、万泰生物、热景生物、明德生物、博拓生物等公司产品均被德国药监局批准用于家用,其他公司如万孚生物、亚辉龙、东方生物、乐普生物等产品也获得CE认证。 美国市场FDA对家用新冠抗原检测试剂盒的审批较为严格,市场竞争格局较优,我国仅有5家公司拿到美国的EUA,分别是艾康生物、九安医疗、碧迪、必欧瀚和东方生物(为西门子的代工商)(表3)。 PNY-1000不同于以往的技术路线,势必为新冠检测市场带来新的改变。如果真的能够做到高灵敏度、高准确性和高性价比,那么PNY-1000也不失为新冠检测的好选择。