《通过低覆盖率WGS揭示加纳南部冈比亚按蚊关键杀虫剂抗性位点的适应特征》

  • 编译者: 刘小燕
  • 发布时间:2024-05-18
  • 在撒哈拉以南非洲地区,冈比亚按蚊对杀虫剂的抗药性和对多种环境的适应性对蚊子控制工作提出了挑战。全基因组测序通常用于确定按蚊适应的基因组基础,但对于大规模调查来说仍然昂贵。降低覆盖范围的全基因组测序可以以较低的成本识别与适应有关的基因组区域,但目前尚未在按蚊中进行测试。本文采用减盖度WGS方法研究了种群遗传结构,并对遗传特征进行了识别。与之前的分析相比,我们没有发现按生态区划分的结构,按蚊和冈比亚按蚊种群在很大程度上显示出大型非结构化种群的特征。然而,我们发现杀虫剂抗性位点的选择特征在An. coluzzii的生态区中似乎无处不在,在An. gambiae的森林生态区中最强。我们的研究强调了该地区的抗性候选基因,并验证了覆盖率降低的WGS,可能达到非常低的覆盖率水平,用于群体基因组学和按蚊分类群适应的探索性调查。
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  • 《加大结核病药物治疗靶点的结构覆盖率》

    • 来源专题:结核病防治
    • 编译者:李阳
    • 发布时间:2015-03-20
    • 结核杆菌(MTB)核心蛋白质的高分辨率三维结构能够为抗结核药物的设计提供模板,但目前仅能够获得(MTB)蛋白质组的一小部分结构。基于此,来自西雅图传染病结构基因组学中心(SSGCID)、西雅图生物医学研究所、默克雪兰诺研发中心以及华盛顿大学等机构的研究人员采用具有保守活性位点的结核杆菌同源物评价了一种属内“同源物救助”策略在完善用于抗结核药物发现的结构信息方面的应用情况,其相关成果于2014年12月19日在线发表于Tuberculosis上。 研究采用X射线对179个潜在的结核病药物靶点进行测定,却仅得到了16个晶体结构。在此基础上若将来源于其它9类分支杆菌菌群的1675个同源物添加入“管道”,则能够获得表征其它52个“顽固性”靶点的结构信息。 为了明确这些同源物结构能否用于结核病药物的设计,研究人员通过度量活性位点的相似性以及连续性药效特性的分布叠加来确定同源物结构,进而比较了106对结核杆菌和非结核杆菌酶同源物的活性位点,发现19对(大于55%的总体序列一致性)具有活性位点Cα RMSD <1Å,且明确了其中超过85%的侧链和超过80%的PSAPF(一种基于药效特性的类似物),从而明确了高度保守的活性位点的形状及其化学性质。如果将此结果用于上面提到的52个非结核杆菌结构,则发现其中41个结构与结核杆菌靶点共享了大于55%的序列一致性,进而提升了179个结核杆菌靶点的有效结构覆盖率。 研究表明,依据同源物结构及同源性结核杆菌酶的测定结果来设计相应的抑制物能够测定蛋白质结构在抗结核病药物设计中的应用状况(例如文中描述的结核杆菌胞苷酸激酶测试实例)。此外,本研究所评价的用于抗结核药物设计的“同源物救助”策略也可以推广到其它疾病药物靶点的研究中。
  • 《中国农业大学揭示草地贪夜蛾快速入侵的适应性机制》

    • 编译者:李周晶
    • 发布时间:2024-10-29
    • 草地贪夜蛾(Spodoptera frugiperda)是联合国粮农组织全球预警的重大迁飞性、暴食性农业害虫,原产于美洲热带和亚热带地区,自2016年入侵非洲以来,已迅速扩散到东亚、东南亚以及大洋洲等地。草地贪夜蛾根据寄主偏好性分为水稻型和玉米型两种生物型,不同生物型在基因组上存在明显差异。尽管两种生物型之间的杂交已被广泛记录,但这种杂交是否影响该物种的入侵和适应能力尚不清楚。中国农业大学植物保护学院研究团队利用来自全球四大洲的不同亚型草地贪夜蛾样本及大规模群体基因组数据解析了该物种在全球快速入侵的基因组适应性机制,研究成果于9月30日在国际知名学术期刊《Journal of Advanced Research》上。 该研究收集了全球范围内432个草地贪夜蛾样本的全基因组测序数据,涵盖了该物种美洲原生地和非洲、东亚、东南亚等主要入侵地,并重点对中国的入侵样本进行了测序。对原生地和入侵地种群遗传特征的分析显示,不同生物型的杂交可能显著提高了入侵地种群的遗传多样性。进一步对与入侵过程相关的基因组自然选择信号的分析发现,与环境压力响应、解毒代谢过程和能量供应相关的基因位点在不同入侵地种群都受到选择。对原生地种群的选择分析揭示了入侵过程中受到选择性清除的基因位点可能在原生地由平衡选择维持了高度的多态性,使入侵地种群更易通过遗传瓶颈。同时,研究还发现了70个与脂质代谢和解毒过程相关的关键基因,这些基因在美洲到非洲的初次入侵过程中经历了选择性清除,但在非洲到亚洲的二次入侵中恢复了多态性,表现出多样化选择特征。进一步的研究结果表明不同生物型的杂交对关键基因多态性的维持起到了重要的作用。 该研究通过群体基因组学的方法解析了不同生物型杂交在维持草地贪夜蛾入侵地遗传多样性中的作用,同时揭示了原生地平衡选择对其全球入侵过程的重要贡献。这一发现不仅阐明了这一全球性入侵害虫实现快速扩散的遗传基础,还为具有种内多态性的物种如何快速适应新环境提供了新的见解。