2月11日_使用新的WashU病毒基因组浏览器探索冠状病毒的流行病
1.时间:2020年2月11日
2.机构或团队:华盛顿大学遗传学系爱迪生家庭基因组科学和系统生物学中心;华盛顿大学医学院麦克唐纳基因组研究所
3.事件概要:
bioRxiv预印本平台于2月11日出版了华盛顿大学等发表的论文“Exploring the coronavirus epidemic using the new WashU Virus Genome Browser”,文章介绍了WashU病毒基因组浏览器的功能等相关内容。
截至2020年2月7日,已对44株2019-nCoV病毒开展了测序,并上传至NCBI的GenBank,这对于深入理解新型冠状病毒的进化史和发病机理具有重要意义。这项研究介绍了WashU病毒基因组浏览器,这是一个基于Web的门户网站,用于查看病毒基因组数据。该浏览器拥有16个完整的2019-nCoV基因组序列,以及数百种相关病毒序列,其中包括严重急性呼吸综合征冠状病毒(SARS-CoV),中东呼吸综合征冠状病毒(MERS-CoV)和埃博拉病毒。此外,浏览器还具有独特的可定制性,支持用户以各种格式上传新型病毒序列。序列既可以轨迹的形式表达来查看,也可以系统发育树视图来查看,从而使用户可以轻松比较多个菌株之间的序列特征。WashU病毒基因组浏览器继承了WashU表观基因组浏览器的许多特征和轨迹类型,并且还合并了一种新型的SNV轨迹来满足病毒研究的特定需求。从https://virusgateway.wustl.edu访问该病毒浏览器门户,并且可以从https://virusgateway.readthedocs.io/获得使用文档。
*注,本文为预印本论文手稿,是未经同行评审的初步报告,其观点仅供科研同行交流,并不是结论性内容,请使用者谨慎使用。
4.附件:
原文链接:https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.02.07.939124v1