《天津工生所在工业丝状真菌基因组编辑技术构建方面获进展》

  • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
  • 编译者: huangcui
  • 发布时间:2017-12-25
  • 嗜热毁丝霉是一种能够快速降解纤维素和高产纤维素酶的工业丝状真菌,其分泌的木质纤维素水解酶的种类和数量相当丰富,而且高温稳定性好,因此该菌在纤维素酶生产和生物基燃料研发方面具有巨大的潜力。然而,目前针对嗜热毁丝霉本身的遗传改造技术研究较少,这极大限制了该工业真菌的应用。CRISPR/Cas9 系统作为一种新兴的基因组编辑技术已经在一系列物种中成功应用,是基因组靶向修饰技术研究的新里程碑,但在嗜热真菌中发展和利用该技术尚未有报道。因此,发展嗜热毁丝霉 CRISPR/Cas9 编辑技术体系,不仅能够极大促进对嗜热真菌基因功能的研究,而且对嗜热真菌代谢工程改造、发酵生产生物燃料和生物基化学品都有重要意义。

    中国科学院天津工业生物技术研究所研究员田朝光带领的微生物功能基因组研究团队以嗜热毁丝霉为研究对象,构建了基于 CRISPR/Cas9 的毁丝霉基因组编辑系统,采用自主挖掘的嗜热毁丝霉 RNA polymerase III U6 启动子,体内启动相应 gRNA 的转录表达,用原生质体共转化的方法将编辑系统和同源臂导入到嗜热毁丝霉中(图 1),不仅同源重组效率高,而且可以同时编辑多基因位点,其中双基因缺失的同源重组效率为 61-69%,三基因的同源重组效率为 30%,四基因的同源重组效率为 21%。利用该体系对嗜热毁丝霉纤维素酶分泌途径进行多基因编辑,可以获得纤维素酶蛋白分泌提高 5 倍的工程菌株(图 2)。该技术体系在其他嗜热真菌(比如异梭毁丝霉)中也具有通用性。

    该研究得到国家自然科学基金等科技计划资助,研究成果已申请中国专利,相关成果发表于国际期刊 Biotechnology for Biofuels,天津工生所副研究员刘倩为论文第一作者。

  • 原文来源:https://biotechnologyforbiofuels.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13068-016-0693-9
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    • 谷氨酸棒杆菌是一个重要的氨基酸生产菌株,其氨基酸产量每年超过 400 万吨,近年来被广泛用于生产各种天然和非天然产物,预计到 2020 年其发酵产品市值可达 204 亿美元。传统的工业菌株主要依赖长期的理化诱变及筛选获得,基因组水平实现快速、高效的理性编辑依然是谷氨酸棒杆菌代谢工程改造的难点。 近日,中国科学院天津工业生物技术研究所系统与合成生物技术研究团队开发了谷氨酸棒杆菌的 CRISPR/Cas9 基因组编辑工具。该研究通过重构 Cas9 和 gRNA 的表达盒,解决了 Cas9 毒性和 gRNA 自身转录终止子无法终止的问题,在谷氨酸棒杆菌中实现了基于 CRISPR/Cas9 的高效反向筛选;采用共转化 Cas9 和 gRNA 表达质粒避免了 cas9 基因的高频突变,成功实现质粒提供模板的高效基因编辑,敲除和插入效率分别高达 60% 和 62.5%,可简化操作并节省时间。此外,该研究团队开发了 CRISPR/Cas9 和 RecT 介导的 ssDNA 重组技术,可以在基因组上精确地引入小范围突变及单碱基突变,单位点编辑效率超过 80%,双位点编辑效率高达 40%。该编辑工具在模式菌株谷氨酸棒杆 ATCC 13032 等多株谷氨酸棒杆菌中具有普适性,可以显著提升谷氨酸棒杆菌的代谢工程改造水平,促进其作为工业底盘生产各种生物基化学品和生物燃料。 相关研究成果发表于 Microb Cell Fact。该研究得到了国家自然科学基金、中国科学院重点部署项目、天津市特支计划项目的资助。
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    •     光酶催化是合成化学领域的研究热点之一,在多种不对称自由基反应尤其是碳-碳键构建方面展现出独有的优势,为多种手性功能分子的合成提供了新思路。现有的光酶催化体系中一般需要辅酶循环系统以及额外的还原牺牲试剂,这增加了化学反应的成本。从绿色合成角度而言,发展氧化-还原中性的反应体系颇具应用前景。     中国科学院天津工业生物技术研究所研究员朱敦明、吴洽庆带领的生物催化与绿色化工研究团队,利用现有酶库资源,建立了氧化-还原中性的光酶催化体系,通过使用有机光敏剂曙红Y(eosin Y)以及来源于Ralstonia sp.细菌的脱氢酶RasADH组合,实现了N-芳基甘氨酸和醛之间的自由基碳-碳偶联反应,高效、高立体选择性地构建了一系列1,2氨基醇产物。该反应体系无需额外添加辅酶循环体系和还原牺牲试剂。相关机理研究实验表明,该反应经历了串联的脱羧自由基偶联和去对称化过程。本工作为探索新的自由基偶联反应以及生物活性分子的合成提供了新思路。     相关研究成果发表在JACS Au上。研究工作得到国家重点研发计划、国家自然科学基金、中国博士后科学基金、科学技术部科技伙伴计划、天津市合成生物技术创新能力提升行动专项的支持。