1型猫疱疹病毒（FHV-1）是家猫中广泛的呼吸道和眼部疾病的病因。在宿主动物中观察到疾病严重程度的频谱，但是对可能负责的病毒基因组因子的先前研究有限。 FHV-1的存量是从位于美国各地8个动物收容所中的25只有感染迹象的猫的口咽拭子中建立的。对于从中获得分离株的每只猫，使用标准化的数值宿主临床疾病严重程度评分方案。 Illumina MiSeq用于测序每个分离株的基因组。分离株之间的基因组同质性相对较高。固定效应的通用线性模型确定，在同一分离株（来自疾病严重程度评分较低的一只动物）中，两个基因（UL37 / 39）中只有两个同义单核苷酸多态性与指定宿主显着相关（p≤0.05）呼吸和总疾病严重程度评分。没有发现任何分离物中的变体与指定的宿主眼部疾病严重性评分显着相关。对病毒分离株中的错义突变进行的同时分析确定了三个基因主要与观察到的基因组变异有关，但没有一个基因与宿主疾病的严重程度评分显着相关。进行祖先状态似然重建，确定没有证据表明宿主疾病严重程度评分与病毒进化状态之间存在联系。从我们的结果中可以得出结论，用FHV-1观察到的宿主疾病严重程度谱不太可能主要与病毒基因组变异有关，而是由于宿主反应和/或其他因素所致。
