水工程生态研究所前身是水库渔业研究所，是亚洲唯一专门从事水库生态环境和渔业技术研究的科研机构。自1987年建立以来，为我国的水生态保护和水资源开发做出了应有的贡献。近年来，为顺应水利事业发展的新思路，该所将水工程生态研究作为科研的主攻方向。2004年7月，经水利部和中国科学院同意，并报中央编制委员会批准，水库渔业研究所正式更名为水工程生态研究所。现有职工110人，科研人员71人，其中研究员12人，副研究员31人，中级研究人员18人，其他科研人员10人。主要职能是开展水库生态环境保护和水污染治理研究，开展水利工程对渔业资源的影响和评价研究，开展水库渔业增产的高新技术及鱼类营养、饲料和育种研究。现设有水库生态研究室、水环境研究室、渔业生物技术研究室、水库资源管理研究室、水工程生态实验室。
