《Science丨揭示真核生物焦亡蛋白GSDM非酶切依赖的全新激活机制》

  • 来源专题:战略生物资源
  • 编译者: 李康音
  • 发布时间:2024-04-29
  • 2024年4月25日,中国科学院生物物理研究所丁璟珒课题组和北京生命科学研究所邵峰团队合作,在 Science 期刊发表了题为Cleavage-independent activation of ancient eukaryotic gasdermins and structural mechanisms 的研究论文,该研究揭示了两种来源于低等真核生物的GSDM蛋白通过非蛋白酶切割的新颖方式激活的分子机制。

    研究人员首先通过序列同源性分析发现,最原始的多细胞生物丝盘虫(Trichoplax adhaerens)的基因组编码了一个只含有膜打孔结构域的GSDM同源蛋白(TrichoGSDM)。通过重组表达和纯化鉴定,发现TrichoGSDM蛋白同时存在单体和二聚体两种形式,其中单体蛋白具有在脂质体上打孔的活性,TrichoGSDM二聚体则不能上膜打孔。研究人员进一步解析了TrichoGSDM二聚体高分辨率的晶体结构,意外地发现TrichoGSDM二聚体是由两个单体蛋白通过三对分子间二硫键交联而成。在体外利用还原剂处理TrichoGSDM二聚体,或者突变参与二硫键形成的Cys都可以获得均一的单体蛋白,并展示出强烈的膜打孔活性,这表明二硫键连接的二聚体代表了TrichoGSDM蛋白的非激活状态,二聚体向还原态的单体转换可能是TrichoGSDM蛋白潜在的激活机制。细胞质中的谷胱甘肽(glutathione,GSH)和硫氧还蛋白(thioredoxin,TRX)是两种重要的抗氧化系统,可以清除胞质中有害的活性氧或者蛋白质错误氧化形成的二硫键,维持胞质的还原环境。

    研究人员利用胞质生理浓度的GSH或丝盘虫的TRX蛋白处理TrichoGSDM二聚体,都可以将二聚体还原、释放单体的膜打孔活性,在细菌中诱导表达TrichoGSDM具有和哺乳动物GSDM蛋白N端结构域相似的抑菌活性,说明细菌胞质的还原环境有利于TrichoGSDM维持在活化的单体状态,通过在细菌膜上打孔抑制细菌生长。研究人员还成功解析了TrichoGSDM在脂质体膜上形成的分子孔道高分辨率的冷冻电镜结构,发现TrichoGSDM由44个单体形成了目前已知的真核生物最大的GSDM孔道。通过结构分析揭示了TrichoGSDM识别酸性磷脂、发生构象变化并寡聚组装成孔的结构基础。这些研究阐明了TrichoGSDM从分子间二硫键介导的二聚体自抑制状态,通过还原二硫键活化成具有打孔活性的单体状态,并进一步在膜上寡聚打孔介导细胞死亡的分子机制,这种新颖的激活机制在GSDM蛋白中是首次发现的。

    TrichoGSDM的发现激发了研究人员继续探寻只含有膜打孔结构域的GSDM蛋白的研究兴趣。最近,在丝状真菌粗糙脉孢菌(Neurospora crassa)中发现的融合致死基因rcd-1,在不同菌株中的等位基因可编码RCD-1-1和RCD-1-2两种同源蛋白,当不同菌株发生细胞融合时,两种RCD-1蛋白介导了同种异体识别(allorecognition)引发的细胞死亡。研究人员通过解析RCD-1-1和RCD-1-2的晶体结构,发现两种RCD-1蛋白与哺乳动物GSDM的膜打孔结构域具有相似的结构特征,但二者缺少发挥自抑制功能的结构元件。单独的RCD-1-1或RCD-1-2在溶液中呈现单体状态,通过识别酸性磷脂结合在脂质体膜上,却无法寡聚打孔,因而没有细胞毒性。而两种RCD-1蛋白在大肠杆菌、酿酒酵母或HeLa细胞等多种细胞系统中共表达时,会引发强烈的裂解性细胞死亡。

    通过解析共孵育的RCD-1-1和RCD-1-2蛋白在脂质体膜上形成的分子孔道冷冻电镜三维结构,发现两种蛋白通过交替排布的异源寡聚组装方式形成已知的最小GSDM孔道。分析RCD-1分子孔道中两种蛋白的作用方式发现,每一个RCD-1-1分子都与两侧相邻的RCD-1-2分子相互作用,但两侧的互作方式并不等效,拥有更强分子间极性作用的一侧主导了RCD-1异源二聚体的形成,而另一侧的分子间相互作用驱动了以异源二聚体为单元进一步寡聚成孔。将RCD-1-1和RCD-1-2蛋白与脂质体共孵育,或分别结合脂质体后再进行共孵育,都可以通过两种蛋白的分子间识别激活在脂质体膜上的打孔活性,而将异源二聚体识别界面的关键残基突变,在分别表达两种蛋白的不同交配型酵母细胞融合或不同粗糙脉孢菌菌株的孢子融合时,都阻断了RCD-1蛋白的分子间识别,因而不能激活膜打孔活性并引起裂解性细胞死亡。这些研究揭示了具有膜结合特性的RCD-1蛋白单独存在时处在未激活的静息状态,细胞融合导致两种蛋白相遇,通过分子间特异性识别来激活异源二聚体组装,并进一步在细胞膜上寡聚成孔,执行细胞死亡的功能。

    上述研究打破了一直以来认为GSDM蛋白需要蛋白酶切割打开自抑制、激活膜打孔活性的传统认识,揭示了低等真核生物中两类只含有膜打孔结构域的GSDM蛋白,分别通过氧化还原调控或配对的分子间相互作用来释放膜打孔活性的全新激活机制,拓展了对GSDM蛋白进化和功能多样性的机制理解。多种不同的激活机制表明GSDM蛋白可以响应更广泛的生物学信号,参与更丰富的生命活动过程。同时,这种不依赖酶切的GSDM蛋白具有被开发成诱导细胞死亡新型工具的潜力,可以助力细胞焦亡相关的基础和转化研究。

相关报告
  • 《中国科学家揭示冠状病毒核酸内切酶nsp15调控宿主蛋白翻译的新机制》

    • 编译者:李周晶
    • 发布时间:2025-08-22
    • 中国农业科学院上海兽医研究所家禽病毒病监测预警和防控团队首次系统阐明了冠状病毒核酸内切酶nsp15调控宿主蛋白翻译系统的分子机制,为深入理解冠状病毒劫持宿主细胞翻译机器提供了全新视角。相关研究成果发表在国际病原学权威期刊《PLOS Pathogens》上。 Nsp15作为冠状病毒特有的保守蛋白,具有核糖核酸内切酶(EndoU)活性。既往研究表明,该蛋白可通过剪切病毒复制产生的负链RNA,减少病毒双链RNA(dsRNA)积累,在病毒复制转录和免疫逃逸中发挥关键作用。团队前期研究发现,nsp15能通过降解病毒dsRNA,抑制PKR-eIF2α信号通路激活,进而干扰抗病毒应激颗粒形成(PLOS Pathogens, 2021)。然而,nsp15与宿主细胞的互作网络及其功能机制仍有待阐明。 该研究发现来自四个冠状病毒属的nsp15均能显著抑制宿主蛋白合成,并诱导多聚腺苷酸结合蛋白PABPC1发生核滞留,且这一过程严格依赖其EndoU酶活性。Nsp15特异性结合病毒RNA、237种宿主RNA、809个宿主蛋白,其中宿主RNA编码的蛋白以及809个互作蛋白显著富集于核糖体生物发生、RNA加工和翻译调控等通路。这些发现揭示了nsp15靶向宿主RNA和蛋白,干扰宿主蛋白翻译过程。 以传染性支气管炎病毒(IBV)为模型,进一步解析nsp15在感染过程中的动态调控机制,发现野生型IBV凭借功能性nsp15有效控制病毒dsRNA积累,以不依赖PKR-eIF2α通路的方式抑制宿主蛋白翻译,同时维持PABPC1的胞质定位;EndoU活性缺陷突变株rIBV-nsp15-H238A则导致病毒dsRNA异常积累,激活PKR-eIF2α通路介导的翻译关闭,并引发PABPC1核转位,不利于病毒蛋白翻译;在PKR-eIF2α通路缺失条件下,野生型IBV仍保持翻译抑制能力,而突变株的抑制作用显著减弱。以上结果证实nsp15具有独立于PKR-eIF2α通路的翻译调控功能,且通过减少dsRNA的积累,帮助病毒规避了不利于其复制的PKR-eIF2α通路。 该研究创新性地揭示了nsp15在冠状病毒感染中的双重调控机制:一方面通过调控病毒dsRNA水平,避免激活对病毒蛋白翻译有害的PKR-eIF2α通路;另一方面通过靶向宿主RNA和蛋白质网络,特异性抑制宿主蛋白翻译系统。这些发现不仅阐明了nsp15介导的宿主翻译关闭这一保守机制,更为理解冠状病毒高效利用宿主资源的分子基础提供了重要理论依据。
  • 《研究揭示金属离子激活寨卡病毒解旋酶分子机制》

    • 来源专题:新发突发疾病(新型冠状病毒肺炎)
    • 编译者:张玢
    • 发布时间:2018-03-14
    • 中国科学技术大学金腾川团队利用X晶体衍射技术,首次清晰地捕捉到寨卡病毒解旋酶只结合三磷酸核苷(NTP)、与NTP-金属离子结合后的激活初始态及NTP水解后的状态,从而成功揭示了金属离子激活寨卡病毒NS3解旋酶的分子机制。相关成果日前在线发表于《核酸研究》 杂志。 NS3是寨卡病毒基因组编码的7个非结构蛋白之一。此项研究很好地解释了国外专家在其他病毒研究中发现的奇特现象:如果没有二价金属离子的参与,NTP不仅不能推动病毒解旋酶的工作,反而抑制了其活性。 该项研究还首次为金属离子结合NTP后引起NS3解旋酶自身结构发生改变,从而激活其活性的过程提供了结构证据。与此同时,研究解析的晶体结构是同类型NS3解旋酶中分辨率最高的,因此为治疗寨卡病毒感染的药物设计提供了精细的结构信息。 此外,该研究工作揭示的机制不只局限于寨卡病毒解旋酶,还适用于其他黄热病毒家族的解旋酶。据研究人员介绍,包括该研究在内的国内外各项对寨卡病毒基础生物学的研究,大大促进了人类对这一突发重要病源微生物的认识。(来源:中国科学报 曾皓).