1月16日，The Conversation网站发布一份报告指出，美国联邦政府关门时间已打破史上最长纪录，在短期内影响相对较小，但研究自然灾害规划的研究人员认为随着政府停摆的持续，联邦政府工作人员重返工作岗位后很长时间内，政府保护美国民众的能力将大大削弱。由于许多影响不涉及特定的个体，所以在很大程度上是不可见的。政府停摆不仅对自然灾害和疾病暴发等未来紧急情况的准备工作构成了非常现实的威胁，它还将影响政府招募和留住在公共卫生前沿工作的专家。
削弱备灾和响应能力
许多用于灾后恢复的资金已经在运作中，这些资金并不来自那些为关闭的政府部门提供资金的拨款。然而，2018年12月26日，美国联邦应急管理局（FEMA）下令其承包商停止一些项目。即使是有资金的项目，由于缺少数千名工作人员，也难以取得进展。
当特朗普总统向参议院表示，他不会签署通过众议院的拨款法案，进而导致政府关门，随即两党支持灾后恢复的资金也随之流失。这妨碍了过去两年遭遇灾难的各州的救灾工作。
停摆还削弱了政府预测、预防和应对即将发生的自然灾害的能力。例如，主要负责风暴预报的美国国家海洋和大气管理局（NOAA）的飓风建模人员被暂时停职。
加利福尼亚州最近发生了该州历史上最严重的森林大火，造成数十人死亡，一万多所房屋被毁。这些森林火灾之所以如此严重，部分原因在于森林的管理方式。然而，加州一半以上的森林是由联邦政府管理的。在政府停摆期间，这些森林根本没有得到管理。
一般来说，一线响应人员和突发事件专家利用淡季为下一个灾难季节做准备，但报告显示，长时间停摆阻碍了这种准备，比如对重要工作人员和预报员的培训。
更可怕的是广泛传播的疾病的可能性。资金的减少还导致《（流感）大流行和全方位灾害准备法》（Pandemic and All-Hazards Preparedness Act）没有按预期更新。该法案允许联邦政府在未来疫情暴发前为紧急药物以及新药物的开发提供资金，并为许多其他备灾工作提供资金。2018年流感季节，几个关键的供应链出现了问题，阻碍了盐水等基本医疗产品的运送。停摆严重削弱了联邦政府应对新威胁的能力。
公共卫生专职公务员的流失
停摆结束后，美国可能难以留住一些对公共卫生事业至关重要的员工。美国卫生部大约一半的工作人员被认为是必不可少的，这些人员在政府关门期间仍在继续工作，另一半人员暂时停止工作，但都没有得到报酬。
在持续数周的政府停摆期间，数十万家庭难以支付房租、学费、医疗费用和其他对他们自身安全和福祉至关重要的开支。这将使得未来成为联邦工作人员的吸引力大大降低，对于公共卫生工作者来说尤其如此。尽管联邦政府的工作薪酬通常与私营部门持平，甚至更高，但在公共卫生领域，情况并非如此。此外，总统还表示2019年的联邦工资将被削减。总的来说，减薪和政府关门可能会促使政府雇员加入私营部门，从而降低联邦政府在未来应对公共卫生挑战和灾难的能力。
