《化亲和力为武器 假体蛋白能抑制新冠病毒及其突变株》

  • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
  • 编译者: hujm
  • 发布时间:2020-12-01
  • 新冠疫情发生以来,科学家一直致力于了解病毒入侵机理,研究破解之道。疫苗以及抗体作为预防和治疗新冠肺炎的重要手段,目前已经取得相关进展。除了这些手段之外,是否还有其他方法能有效遏制新冠病毒?

      11月12日,西湖大学党波波团队、周强团队与复旦大学基础医学院陆路团队在《细胞研究》联合发表最新成果。他们基于对新冠病毒受体ACE2的设计与改造,构建了多种ACE2三聚体蛋白。联合研究团队制造了一个ACE2假体蛋白“迷惑”病毒,其对病毒的“吸引力”比ACE2本身要高1000倍以上,极大提高了病毒抑制能力。

      让病毒优先与假体蛋白结合

      ACE2的中文名叫“血管紧张素转化酶2”,是人体内一种参与血压调节的蛋白。其主要生理作用是促进血管紧张素的成熟,在肺、心脏、肾脏和肠道广泛存在。

      此前研究发现,新冠病毒感染人体细胞的关键在于冠状病毒的刺突蛋白“劫持”了原本控制血压的ACE2,通过与它的结合入侵人体。

      “既然ACE2蛋白是病毒入侵人体的闸门,是否能设计出一个ACE2假体蛋白,用诱敌战术达到抑制病毒的效果?”党波波介绍说,研究表明,新冠病毒刺突蛋白以三聚体形态存在,就像三根手指被胶水黏在一起。“因此我们设想构建一个ACE2三聚体蛋白实现3对3或者至少2对2的结合,使两者的结合更加牢靠。”

      为此,研究人员首先详细分析了新冠病毒刺突蛋白本身的结构,根据刺突蛋白的结构来假设其与ACE2三聚体蛋白结合的方式,从而建立两者结合的模型。随后他们根据模型选取了将ACE2单体构建成三聚体的不同链接模块以及三聚化模块,以此构建多种不同的ACE2三聚体蛋白。

      经过一系列设计改造尝试,研究人员得到了一个三聚体蛋白T-ACE2。实验结果显示,这一T-ACE2蛋白与新冠病毒刺突蛋白的亲和力,比ACE2单体与刺突蛋白的亲和力提高了1000多倍。

      “亲和力高了,病毒就会优先结合T-ACE2,从而失去结合细胞表面ACE2的能力,因此T-ACE2具有了非常强的病毒抑制活性。”党波波补充道,在设计之初,团队并不确定ACE2三聚体蛋白能否达到理想的效果。“诱敌战术奏效,这对于理解刺突蛋白与受体蛋白ACE2的相互作用应该有着重要的启示。”

      还能抑制其他冠状病毒

      随着疫情发展常态化、病毒变异的积累,已有的蛋白抑制剂(例如抗体)对于新冠病毒及其潜在突变株的作用面临考验。开发能够广谱抑制新冠病毒及其突变株的抑制剂,将成为应对新冠病毒变异及疫情常态化的有效手段。

      “所谓抗体,指一类特定的蛋白。团队改造后的ACE2和抗体是一个平行的概念,他们都从属于蛋白抑制剂。”党波波介绍说,二者相当于在完成同项工作的不同工种。

      记者了解到,设计改造假体蛋白“迷惑”病毒的做法,在病毒研究里面以前有提出过,比如非典暴发时期,已有科学家提出直接用受体ACE2去抑制病毒,但是因为ACE2本身对病毒亲和力较低,抑制效果比较一般。

      “在ACE2三聚体蛋白设计改造过程中,我们尝试了很多种方案后才找出最优解。”党波波说,为了最大程度保留改造后蛋白对于病毒及其突变株的广谱适用性,研究人员选择完全保留天然ACE2的序列,因为基于天然ACE2序列的改造可以适应多种突变病毒。在本研究中,研究人员也证实T-ACE2对新冠病毒、8种不同天然新冠突变株、非典病毒以及两种新冠类似病毒均有很强的抑制活性。

      由于新冠病毒侵染人体细胞需要通过受体蛋白ACE2这一“通用渠道”实现,基于受体蛋白ACE2设计的抑制剂,相比抗体对新冠病毒突变株有着更广谱的抑制能力。此外,基于受体ACE2设计改造的蛋白,也将很有可能用于抑制新发或者再次出现的其他新冠类似病毒。

      “不过T-ACE2作为病毒抑制蛋白的临床应用前景尚待以后更深入的实验验证。”党波波说,T-ACE2因为和病毒刺突蛋白有非常强的亲和力,还有望被用于病毒检测方法的开发。

  • 原文来源:http://digitalpaper.stdaily.com/http_www.kjrb.com/kjrb/html/2020-12/01/content_458660.htm?div=-1
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    • 编译者:malili
    • 发布时间:2020-12-02
    • 新冠疫情发生以来,科学家一直致力于了解病毒入侵机理,研究破解之道。疫苗以及抗体作为预防和治疗新冠肺炎的重要手段,目前已经取得相关进展。除了这些手段之外,是否还有其他方法能有效遏制新冠病毒? 11月12日,西湖大学党波波团队、周强团队与复旦大学基础医学院陆路团队在《细胞研究》联合发表最新成果。他们基于对新冠病毒受体ACE2的设计与改造,构建了多种ACE2三聚体蛋白。联合研究团队制造了一个ACE2假体蛋白“迷惑”病毒,其对病毒的“吸引力”比ACE2本身要高1000倍以上,极大提高了病毒抑制能力。 让病毒优先与假体蛋白结合 ACE2的中文名叫“血管紧张素转化酶2”,是人体内一种参与血压调节的蛋白。其主要生理作用是促进血管紧张素的成熟,在肺、心脏、肾脏和肠道广泛存在。 此前研究发现,新冠病毒感染人体细胞的关键在于冠状病毒的刺突蛋白“劫持”了原本控制血压的ACE2,通过与它的结合入侵人体。 “既然ACE2蛋白是病毒入侵人体的闸门,是否能设计出一个ACE2假体蛋白,用诱敌战术达到抑制病毒的效果?”党波波介绍说,研究表明,新冠病毒刺突蛋白以三聚体形态存在,就像三根手指被胶水黏在一起。“因此我们设想构建一个ACE2三聚体蛋白实现3对3或者至少2对2的结合,使两者的结合更加牢靠。” 为此,研究人员首先详细分析了新冠病毒刺突蛋白本身的结构,根据刺突蛋白的结构来假设其与ACE2三聚体蛋白结合的方式,从而建立两者结合的模型。随后他们根据模型选取了将ACE2单体构建成三聚体的不同链接模块以及三聚化模块,以此构建多种不同的ACE2三聚体蛋白。 经过一系列设计改造尝试,研究人员得到了一个三聚体蛋白T-ACE2。实验结果显示,这一T-ACE2蛋白与新冠病毒刺突蛋白的亲和力,比ACE2单体与刺突蛋白的亲和力提高了1000多倍。 “亲和力高了,病毒就会优先结合T-ACE2,从而失去结合细胞表面ACE2的能力,因此T-ACE2具有了非常强的病毒抑制活性。”党波波补充道,在设计之初,团队并不确定ACE2三聚体蛋白能否达到理想的效果。“诱敌战术奏效,这对于理解刺突蛋白与受体蛋白ACE2的相互作用应该有着重要的启示。” 还能抑制其他冠状病毒 随着疫情发展常态化、病毒变异的积累,已有的蛋白抑制剂(例如抗体)对于新冠病毒及其潜在突变株的作用面临考验。开发能够广谱抑制新冠病毒及其突变株的抑制剂,将成为应对新冠病毒变异及疫情常态化的有效手段。 “所谓抗体,指一类特定的蛋白。团队改造后的ACE2和抗体是一个平行的概念,他们都从属于蛋白抑制剂。”党波波介绍说,二者相当于在完成同项工作的不同工种。 记者了解到,设计改造假体蛋白“迷惑”病毒的做法,在病毒研究里面以前有提出过,比如非典暴发时期,已有科学家提出直接用受体ACE2去抑制病毒,但是因为ACE2本身对病毒亲和力较低,抑制效果比较一般。 “在ACE2三聚体蛋白设计改造过程中,我们尝试了很多种方案后才找出最优解。”党波波说,为了最大程度保留改造后蛋白对于病毒及其突变株的广谱适用性,研究人员选择完全保留天然ACE2的序列,因为基于天然ACE2序列的改造可以适应多种突变病毒。在本研究中,研究人员也证实T-ACE2对新冠病毒、8种不同天然新冠突变株、非典病毒以及两种新冠类似病毒均有很强的抑制活性。 由于新冠病毒侵染人体细胞需要通过受体蛋白ACE2这一“通用渠道”实现,基于受体蛋白ACE2设计的抑制剂,相比抗体对新冠病毒突变株有着更广谱的抑制能力。此外,基于受体ACE2设计改造的蛋白,也将很有可能用于抑制新发或者再次出现的其他新冠类似病毒。 “不过T-ACE2作为病毒抑制蛋白的临床应用前景尚待以后更深入的实验验证。”党波波说,T-ACE2因为和病毒刺突蛋白有非常强的亲和力,还有望被用于病毒检测方法的开发。
  • 《Cell Rep: 新冠病毒家族ORF6蛋白抑制抗病毒干扰素信号活性》

    • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2021-04-02
    • ORF6基因是sarbecoviruses病毒家族(例如SARS-CoV和SARS-CoV-2)与其他beta属冠状病毒最重要的区别。根据最近发表在《Cell Reports》杂志上的一项研究,来自日本东京大学的Kei Sato教授及其同事揭示了ORF6编码蛋白抑制先天免疫信号的活性,例如能够抑制病毒感染后I型与 III型IFN信号的上调。此外,研究发现SARS-CoV-2来源的ORF6蛋白比其来自SARS-CoV的同源蛋白能够更加有效地抑制宿主细胞先天免疫活性。突变分析表明,E46和Q56是SARS-CoV-2 ORF6拮抗活性的重要决定因素。研究表明,ORF6的抗先天免疫活性取决于其C末端区域,该区域能够抑制IRF3的核转运活性。最后,研究揭示自然条件下发生的移码/无义突变,这些突变导致约0.2%的SARS-CoV-2毒株中的ORF6失活。 首先,作者评估了β冠状病毒的系统发育关系,包括SARS-CoV,SARS-CoV-2,MERS-CoV,OC43和HKU1。根据全长病毒基因组的系统树以及编码ORF1ab,刺突蛋白(S),包膜蛋白(E),膜蛋白的五个病毒核心基因的亲缘关系,对病毒株进行分类。分析显示, sarbecoviruses亚属内的不同病毒基因的系统发育存在拓扑差异特征,这与此前的研究一致。然而,某些病毒基因,例如E(在SARS-CoV-2中由 75个氨基酸组成)相对较短,因此难以可靠地推断出它们的系统发育关系。E基因的系统树中分离出了两种属于Sarbecovirus的病毒BtKY72和BM48。相比之下,其他六种系统发育树在beta冠状病毒的五个亚属之间显示出几乎相同的关系。这些结果表明,尽管重组事件可以在sarbecoviruses之间发生,但在所分析的β-冠状病毒之间并未发生病毒重组现象。 然后,作者比较了不同亚属的基因组组织结构。结果显示,核心基因(ORF1ab-S-E-M-N)的排列是保守的。 在Hibecovirus和Embecovirus成员中检测到ORF1ab和S之间存在可变开放阅读框(ORF),而在所有β冠状病毒中,S和E之间均检测到可变ORF。 然而,仅在Sarbecovirus和Hibecovirus亚属的成员中观察到M和N之间的ORF插入现象。 当比较这些ORF的序列时,Sarbecovirus中的基因与Hibecovirus中的基因不匹配,表明这些ORF在这些亚属分化之后独立出现。 值得注意的是,ORF6在包括SARS-CoV和SARS-CoV-2在内的sarbecovirus病毒中高度保守,但在其他beta冠状病毒中却并非如此。 由于先前的报道表明SARS-CoV 的ORF6蛋白具有抑制IFN-I激活以及抑制ISG活性的能力,因此作者比较了代表性的Sarbecovirus ORF6蛋白的表型特性。 结果表明,Sarbecovirus ORF6基因的系统发育拓扑特征与全长病毒基因组相似,这表明在Sarbecovirus病毒中未发生涉及ORF6基因的重组事件。为了进行表型分析,作者从SARS-CoV-2(Wuhan-Hu-1)中克隆得到了ORF6的表达质粒,以及从蝙蝠(RmYN02,RaTG13和ZXC21)和穿山甲(P4L)产生的SARS-CoV-2中得到了相关病毒基因。WesternBlot结果显示,SARS-CoV-2谱系的ORF6蛋白的表达水平低于SARS-CoV谱系和两种外群病毒的表达水平。荧光素酶报告检测结果显示,ORF6能够抑制一系列IFN相关基因的表达,包括IFN-B1,IFN-L1,IFI-44L,等等。这些结果表明Sarbecovirus 来源的ORF6具有抑制IFN天然免疫信号的能力。 为了研究ORF6抑制IFN信号活性的内在机制,作者进行了片段缺失突变与点突变分析。结果显示,C末端的肽段对于ORF6的活性具有关键影响。进一步,作者发现其中两个氨基酸残基E46 与Q56对于该活性至关重要。 最后,作者对目前流行的SARS-CoV-2中的ORF6蛋白进化特征进行了分析。结果表明,0.2% (124 /66741)的致病毒株在演化过程中由于移码突变或无义突变失去了C末端的活性,这暗示了这些变异后的毒株感染人体后或许会导致更强的IFN信号产生。