最新的ECDC工作计划强化了ECDC作为欧盟成员国和欧盟委员会的强大和值得信赖的合作伙伴的作用，是的欧盟委员会能够公平地保护欧盟每个人免受传染病的侵害。
作为优先事项，ECDC强调了抗菌素耐药性，疫苗覆盖率，联合国在艾滋病、结核病和肝炎领域的可持续发展目标，对跨境健康威胁的准备，协同伙伴关系以及监测其自身的绩效。工作计划列出了中心运作区域的目标、关键产出和预期结果。它致力于实现八个战略目标：（1）提供科学建议和权威信息，使欧盟成员国和欧洲委员会能够做出有效决策；（2）通过分享证据和专业知识，支持有效的决策；（3）支持加强公共卫生基础设施和流程；（4）支持加强公共卫生人力资源和能力；（5）及时发现严重的跨境健康威胁；（6）协调并支持快速评估风险并确定应对方案；（7）支持该领域的国家和国际反应；（8）通过评估和分析技术与科学进步带来的潜在影响和益处，为未来做好准备。
