《城市棕色大鼠种群基因组学研究》

  • 来源专题:外来生物入侵
  • 编译者: 王成卓
  • 发布时间:2018-06-29
  • 城市化通常会对动物运动和基因流动产生重大影响。然而迄今为止很少有研究在多个城市中检测同一物种的基因流动。在这项研究中,我们研究了褐鼠(褐家鼠),以测试关于中性进化在四个城市的重复性的假设:巴西萨尔瓦多;美国新奥尔良;加拿大温哥华;还有美国纽约。每个城市至少取150只大鼠,进行基因分型为至少15000个全基因组的单核苷酸多态性。全基因组多样性的水平在城市中是相似的,但在城市内不同的社区中是不同的。由于分散性有限,这四个种群在最短的距离等级(小于500米)上都表现出高度的空间自相关。共祖率和进化聚类分析发现,每个城市的基因不连续性都与纽约市的资源沙漠、新奥尔良的主要水道、萨尔瓦多和温哥华的道路相吻合。这些重复的研究对于评估城市进化预测的普遍性至关重要,并且在害虫管理和公共卫生方面有实际的应用。未来的研究应该包括不同生物群落中的一系列全球城市和包括多种物种,并检查建筑环境的特定特征和人类社会经济学对基因流的影响。

相关报告
  • 《采用基因组学研究酸面团发酵过程》

    • 来源专题:食物与营养
    • 编译者:mj
    • 发布时间:2018-07-13
    • 组学方法学的应用有助于进一步解开酵母发酵过程。在应用的所有方法中,基因组学是最常用于分析酸面团的方法,允许阐明它们的微生物结构,尽管它是基于整个群落DNA的一小部分的测序。虽然猎枪宏基因组学,元转录组学,元蛋白质组学和元代谢组学非常有希望分析酵母发酵,并且术语常常以令人困惑的方式使用,但它们还没有被充分利用。例如,到目前为止,微生物宏基因组学仅限于使用功能基因微阵列用于乳酸菌。此外,元代谢组学通常涉及酵母发酵样品的代谢物靶分析,以确定产生的残留底物和代谢物的实际浓度,以及仅列出它们的挥发物。相比之下,基因组学已经应用了好几次,尽管只有一种酵母菌株和最初从酸面团中分离出的41种乳酸菌菌株的全基因组序列是可用的。然而,由于自动注释管道的基因注释不准确,因此公共数据库中可访问的基因组学数据应该谨慎考虑,从而可能推翻原始的,高质量的,精心策划的基因注释。
  • 《Nature | 后冰期西部欧亚大陆的种群基因组学》

    • 来源专题:战略生物资源
    • 编译者:李康音
    • 发布时间:2024-01-15
    • 2024年1月10日,哥本哈根大学等机构的研究人员在Nature上发表了题为Population genomics of post-glacial western Eurasia的文章。 欧亚大陆西部在全新世期间见证了几次大规模的人类迁徙。在这里,为了研究这些迁徙的跨大陆影响,研究人员对来自欧亚大陆北部和西部的317个基因组进行了测序,这些基因组主要来自中石器时代和新石器时代。这些与已发表的数据一起估算,以获得 1,600 多名古代人类的二倍体基因型。 该研究的分析揭示了从黑海延伸到波罗的海的“大鸿沟”基因组边界。中石器时代的狩猎采集者在该区域的东部和西部具有高度的遗传差异,新石器化的影响同样不同。随着农业的引入,西部发生了大规模的祖先转移,包括许多地区几乎完全取代了狩猎采集者,而在同一时期,该地区以东没有发生实质性的祖先转移。同样,从新石器时代开始,西部的亲缘关系有所下降,而乌拉尔以东的亲缘关系一直很高,直到公元前 4,000 年左右,这与局部狩猎采集群体的持续存在相一致。当与亚姆纳亚有关的祖先在大约5000 BP左右传播到欧亚大陆西部时,边界就消失了,导致了在1000年内到达欧洲大部分地区的第二次重大更替。 亚姆纳亚人的基因起源和命运仍然难以捉摸,但研究人员表明,来自中顿河地区的狩猎采集者为他们贡献了祖先。Yamnaya 群体后来与与球状双耳瓶文化相关的个人混合在一起,然后扩展到欧洲。类似的更替发生在西西伯利亚,该研究报告了从西伯利亚森林草原到贝加尔湖的“新石器时代草原”斜坡的新基因组数据。这些史前迁徙对欧亚种群的遗传多样性产生了深远而持久的影响。