《环境工程学报》是由中国科学院主管，中国科学院生态环境研究中心主办的学术性期刊（月刊）。本刊始创于1980年，原名《环境科学丛刊》，为适应学科发展的需要，曾于1993年和2000年先后更名为《环境科学进展》和《环境污染治理技术与设备》。为了进一步提升刊物的学术水平，经国家新闻出版总署批准，本刊自2007年1月起正式更改为现名。 《环境工程学报》的前身均属“全国中文核心期刊”和“中国科技核心期刊”，是国内环境科学与环境工程学领域的重要期刊，在国内环境学术界和环保界具有较大的影响力。多年来，一直被国内外一些重要检索系统收录，如美国的《CA》、《中国科学引文数据库》、《中国学术期刊综合评价数据库》、《环境科学文摘》、《中国期刊网》和《中国学术期刊（光盘版）》等。

环境工程设计研究所成立于2006年11月。汪诚文副教授任所长。本研究所有教研人员7名，合同制工作人员1名。 环境工程设计研究所是环境科学与工程系中环境工程领域的重要发展方向，该方向在系内有很长的历史和大量的积累。环境工程设计研究所整合了系内原有的水污染控制和水质科学与工程两个研究方向，以环境工程技术研究为基础，技术应用为向导，致力于环境工程领域的技术研究与工程实践，研究重点集中在水污染控制工程、给排水工程、市政工程经济、环境及市政工程设计和施工管理、市政工程建筑给水排水工程、废水深度处理技术和膜生物反应器设计应用等领域。承担国家863、科技专项、科技攻关，以及省部级和地方等多项研究，与环境工程领域的设计院、研究所、著名企业有广泛的联系。环境工程设计研究所与环境系直属的“北京国环清华环境工程设计研究院”协同管理，主要承担环境工程技术研究及工程设计应用研究，通过教学、科研及实践环节培养具有环境工程研究及设计应用能力的实践型人才。