《针对SARS-CoV-2（2019-nCoV，COVID-19）冠状病毒的合成疫苗和预防性拟肽拮抗剂设计的初步生物信息学研究》

• 来源专题：新发突发疾病（新型冠状病毒肺炎）
• 编译者： 蒋君
• 发布时间：2020-03-07
• 原文来源：;https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0010482520300627

本文涉及武汉海鲜市场分离株的基因组研究，该分离株被认为代表该疾病COVID-19的病原体。这是为了找到适合于肽合成疫苗和拟肽治疗剂的初步设计方案的病毒蛋白序列的一小段或多段，并探索一些设计可能性。该项目最初是针对Q-UEL语言及其在一种称为BioIngine的医学知识管理和自动标引系统中的实现，但此处的重点仍然是病毒本身。但是，使用Q-UEL系统访问相关和新发表文献，并与Internet上标准的公共可用生物信息学工具进行交互，确实有助于快速识别在许多冠状病毒（包括2019-nCoV）中都高度保守的氨基酸序列。研究发现KRSFIEDLLFNKV序列非常保守，对应于SARS病毒已知切割位点之一周围的区域，据认为该区域是激活病毒进入细胞所必需的。该序列和周围的变异形成可一个基础，这个基础是研究特定的合成疫苗表位和拟肽试剂的基础。尽管如此，该工作可以用传统的生物信息学术语来描述，并且很容易被其他人复制，尽管要注意的是，有关2019-nCoV的新数据和研究正在以爆炸性的速度出现和发展。研究还介绍了使用分子建模和对接的初步研究，以及在这种情况下某些已知草药提取物的潜在价值。