《PNAS:微生物在动态海洋中的进化策略》

  • 来源专题:中国科学院文献情报系统—海洋科技情报网
  • 编译者: liguiju
  • 发布时间:2020-03-28
  • 3月17日,PNAS发表了一篇题为“Microbial evolutionary strategies in a dynamic ocean”的文章。海洋微生物构成了海洋食物网的基础,推动了海洋生物地球化学循环。然而,对微生物种群的适应能力知之甚少,它们通过不断适应变化的环境而获得进化。本研究使用适应性模型和解决涡流问题的海洋环流气候模型来研究物理和生物时间尺度之间的相互作用。非遗传修正在高度变化的环境中阻碍了遗传适应性,但在更稳定的环境中促进了遗传适应性。研究结果表明,单一水体中生物的选择压力会随着世代时间尺度的不同而不同,从而导致不同的进化策略。此外,在不断变化的海洋中,细胞分裂速度加快是遗传适应性的一个关键因素。理解和量化进化和物理时间尺度之间的关系对未来微生物的稳健预测至关重要。
    海洋中的浮游微生物受海洋环流的影响,其细胞所经历的物理和化学环境发生重大变化。一般海洋环境的长期变化,如全球变暖引起的温度升高,是浮游植物在高度动态的环境波动机制之外所经历的渐进变化。先前的工作表明,和通过大规模的洋流传播相比,微生物通过中性的遗传过程进化更快,从而在没有选择的情况下创造生物地理区域。然而,对海洋环流与微生物种群适应新环境进化的相互作用知之甚少。进化时间表是一个包含多因素的函数,因此限制海洋的适应性进化速度是一项重大挑战。随着海洋对全球变暖作出反应,提高我们对这些相互作用的理解对于准确预测微生物多样性、生态系统动态和生物地球化学循环的未来变化至关重要。
    微生物种群受到自然选择和中性进化过程的影响。对海洋微生物如何在波动的环境中原地进化的理解仍然处于初级阶段。原因之一是,微生物适应模型很少包括常见的非遗传反应,这可能会影响适应性结果。其次,直到最近,还没有能力用足够高的分辨率来观测远洋微生物所经历的动态环境,以捕捉对推动进化至关重要的现实环境动态。在此,文章设定将微生物适应策略描述为物理波动和非遗传性、遗传性生物响应时间尺度的函数。这些标准确定了对不同适应策略和微生物对环境变化的适应速率两方面的限制,这些限制可以适用于极为不同的海洋区域和不同的微生物物种。这种对海洋微生物适应性的深入了解将有助于更好地理解海洋微生物功能群特征分布的一般模式,以及这些分布如何在不断变化的世界中发生变化。
    (冯若燕 编译)

  • 原文来源:https://www.pnas.org/content/early/2020/02/28/1919332117
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    • 珊瑚礁中的海绵对珊瑚礁的整体健康非常重要,它也是地球上最早的动物之一。美国新罕布什尔大学(UNH)一项研究用一种新颖的方法来研究珊瑚礁生态系统,以了解海绵和与其共生微生物的复杂进化过程。有了这个“基因组时间机器”,研究人员可以通过数亿年的巨大进化过程来预测珊瑚礁和海洋生态系统的各个方面。相关研究成果已经发表于《自然生态学与进化》(Nature Ecology & Evolution)上。 UNH博士后研究员、论文的主要作者Sabrina Pankey提到,这项研究显示了微生物组如何在一组超过7亿年的生物体内进化。为了应对气候变化,珊瑚礁上的海绵数量正在增加,它们在水质和营养固定方面发挥着巨大作用。 然而,这项工作的重要性超越了海绵,提供了一种基于基因组学来理解过去的方法。这项研究的共同作者、UNH副教授David Plachetzki也提到,如果能够重建像这种复杂微生物群落的进化历史,我们可以了解很多关于地球过去的事情。这种研究可以揭示地球海洋化学成分的各个方面,可以追溯到现代珊瑚礁存在之前,或者可以帮助了解大约2.52亿年前,有关海洋生态系统在发生历史上最大规模灭绝之后所经历的动荡。 研究人员使用机器学习方法表征了来自加勒比地区近100种海绵物种,以模拟海绵独特微生物组中每个成员的身份和丰度,以及在其中共生的微生物和细菌群落。他们发现了两种不同的微生物组组成,导致海绵用于进食(海绵通过身体泵水来捕获营养)和保护自己免受捕食者侵害的策略,即使是在珊瑚礁上并排生长的物种中也是如此。 文中描述的共生群落类型非常复杂,但可以证明它们多次独立进化。而且这些微生物群落正在做的事情非常具体,海绵已经多次确认这种多样化的微生物排列对它们有用。研究人员利用这种新的基因组方法发现,这些不同的微生物组拥有很高的微生物丰度,每克组织超过十亿个微生物,其中之一的起源发生在地球海洋经历生物地球化学重大变化的时候,与现代珊瑚礁的起源相吻合。 虽然机器学习和基因组测序产生了称之为“微生物编码测序成果”的发现,但这项研究始于远离实验室的加勒比温暖水域。研究人员在2017年和2018年进行了五次探险,潜水收集了1400海绵样本。他们总结了野外工作经验,协助完成海绵收集和分子鉴定等工作。(於维樱 编译)
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    • 3月3日,PNAS期刊发表了题为“Microbial feedbacks optimize ocean iron availability”的文章。由于游离铁在好氧条件下被迅速清除或沉淀,因此铁是大部分表层海洋生物生产的限制因素。溶解铁的现存量是通过与生物过程产生的有机分子(配体)结合来维持的。文章假设铁循环、微生物活性和配体丰度之间存在正反馈:外部铁输入促进微生物生产,产生支持海水中更多铁的有机配体,导致进一步的宏量营养素消耗,直到宏量营养素或光照等其他微生物需求受到限制,而且额外的铁不再增加生产力,生物生产力达到最大化。这种反馈出现在宏量营养素和铁的耦合海洋循环的数值模拟中,解决了微生物动态生产和铁螯合配体的损失。模型仅在限定配体源/汇比的有限范围内与现代营养分布相似,通过微量营养素和宏量营养素推动海洋模型在全球范围内进行整合,使全球产量最大化。本研究认为全球范围的微生物配体循环选择可能已经发生,以维持海洋中“刚好足量”的铁。 (刘思青 编译)