重庆研究院大气环境研究中心在三峡库区的氮素、多环芳烃以及重金属沉降研究中初步取得进展。目前相关成果发表学术期刊论文9篇，其中7篇发表在SCI收录期刊，包括《Environmental Pollution》、《Science of the Total Environment》、《Chemosphere》等环境领域的知名刊物上。
研究初步明晰了澎溪河-小江流域不同形态氮素浓度时空分布特征及干湿沉降规律，获得了活性氮的总沉降量，在2014年和2015年分别为23.1 和14.9 kg N ha-1 yr-1。通过来源解析，明确氮素主要来自于本地排放，且工业排放是城区氮素的主要来源。通过氮同位素分析，发现万州城区降水中铵态氮、硝态氮的来源与乡镇地区存在明显的差异。此外，研究表明降水中的无机氮对水域和森林生态系统有潜在的负面影响。
具有致癌、致畸、致基因突变等效应的大气多环芳烃（PAHs）类物质主要来自各种不完全燃烧过程。母体PAHs（PPAHs）、含氧PAHs（OPAHs）及甲基PAHs（MPAHs）沉降通量在重庆城区分别为：536±216、221±118和131±41.9 ng m-2d-1，农村地区分别为：347±185、160±112和85.2±32.0 ng m-2 d-1。其在重庆城区的沉降受颗粒物沉降控制，而PAHs中含氧、含硝类衍生物则受光化学反应等二次过程影响；在库区的农村地区，PAHs类物质的沉降与颗粒物沉降无明显相关，可能主要受二次过程的影响。相关的研究有助于科学理解库区内PAHs类物质的来源、归趋及其大气沉降对水体环境的影响。
大气干湿沉降是库区水体重金属的重要来源，库区典型城区的沉降能量为0.18–10.22 mg m？2yr？1。镉在库区大气沉降中显著富集，其余重金属（锌、铜、砷、镍、铬、铅、锰、铁、钒）的沉降通量在全国处于中等水平。这些重金属主要来自于本地工业区、电厂、水泥厂和交通等排放源。初步解析了大气重金属沉降对库区表层水体的贡献，其中铅的贡献率最大，平均为9.25%；镉的贡献率为1.12%；其余重金属贡献率均小于0.10%。
上述研究在三峡库区经济快速发展、空气污染较严重的背景下探究了营养元素（氮素）和有毒有害物质（多环芳烃、重金属）的沉降特征和规律，为科学认识人类活动对三峡库区的水域、土壤和生态系统的影响打下了良好基础。
自2013年开始，依托中国科学院“西部行动计划”、国家自然科学基金、重庆市基础与前沿研究计划，以及重庆研究院协同创新联合学者等项目的支持，大气环境研究中心在三峡库区典型流域建立了大气环境观测站，开展综合研究。
