《北京生科院等发现调控神经管发育新基因》

  • 来源专题:转基因生物新品种培育
  • 编译者: 姜丽华
  • 发布时间:2022-12-24
  • 12月12日,中国科学院北京生科院孙中生团队、温州医科大学、首都儿科研究所合作,在Advanced Science上,在线发表了题为Loss-of-Function of p21-Activated Kinase 2 Links BMP Signaling to Neural Tube Patterning Defects的研究论文。该研究聚焦神经管畸形的致病机制,综合运用神经生物学、人类遗传学、多组学等技术手段,在多种模式生物中揭示了PAK2调节背外侧铰链点形成和神经管发育及其功能异常所致神经管畸形的致病机理,为探究神经管畸形的病理机制提供了崭新视角。  神经管是中枢神经系统发育的基础,在胚胎后期发育成脑和脊柱。在脊椎动物中,神经管闭合是高度复杂的动态调控过程,涉及许多由遗传和表观遗传因素精确控制的细胞事件。神经管闭合异常会导致神经管畸形。神经管畸形致死率和致畸率较高,给患者家庭带来沉重的经济与精神负担。神经管畸形是胎儿和新生儿中最严重的出生缺陷类疾病之一。   PAK家族是一类可以调控细胞骨架的蛋白激酶。该团队的前期研究确定了PAK2在脑发育中的重要功能,并阐明了PAK2在自闭症发病中的分子机制(Wang et al., 2018)。本研究发现Pak2纯和缺失小鼠在胚胎期9.5天时发育迟缓,表现出颅脊柱裂的表型。进一步研究发现,在胚胎期9.5天时,Pak2纯和缺失小鼠未能在后脑和脊柱部位抬起双侧神经板,导致背外侧铰链点形成失败。这提示PAK2基因对于整个头尾胚轴的背外侧弯曲是必要的。研究通过分析胚胎期9.5天的转录组发现,Pak2纯和缺失小鼠的差异表达基因显著富集到初级神经管形成、前脑、中脑、后脑发育、模式特化过程和脊柱发育过程。这些差异表达基因还显著地富集于BMP信号通路。BMP信号通路的多个配体,如BMP4/5和下游Smad9的磷酸化水平,均在Pak2纯和缺失小鼠中显著增加。科研团队进一步将Smad9蛋白417位点丝氨酸突变后可减弱PAK2和Smad9蛋白的相互作用,并解除PAK2对Smad9蛋白465位点丝氨酸磷酸化的抑制。上述工作提示PAK2可通过调控Smad9蛋白的磷酸化水平,从而抑制BMP信号通路,促使双侧神经板的抬起和神经管背外侧铰链点形成。

    单细胞测序技术进一步显示,Pak2纯和缺失后可影响中胚层细胞向神经管及前脑和脊柱的分化轨迹,使得与神经管和神经管发育而成的前脑、后脑、脊柱等相关的细胞类型显著下降。与野生型胚胎相比,Pak2纯和缺失胚胎的神经管发育分数及前脑(尤其是间脑部分)发育分数降低。同时,BMP信号通路及该信号通路中的基因表达在Pak2纯和缺失胚胎中增加。这提示Pak2纯和缺失胚胎中异常的分化时序与异常的转录状态相关。

    该团队在流产的神经管畸形胎儿中检测到5个位于PAK2基因的点突变。研究运用NanoString检测方法,发现携带PAK2突变的胎儿脑组织中PAK2的水平降低而BMP信号通路中多个基因的水平增加。同时,研究发现PAK2突变点可影响PAK2蛋白的稳定性,抑制ATP转化ADP的水平,显著降低PAK2的活性形式pPAK2的水平,提示该突变位点影响PAK2激酶活性。

    研究在斑马鱼中用CRISPR-Cas9系统构建了pak2a的特异敲除模型。该模型在出生后48小时后在头部背前侧区域出现了一个明显的空腔,提示其神经管发育异常。研究在敲除pak2a的斑马鱼中过表达神经管畸形患者携带的PAK2突变位点,发现不能改善斑马鱼神经管畸形的表型。

    综上,该研究以神经管特定发育事件(背外侧铰链点形成)为出发点、从细胞动态时序发育过程(单细胞测序技术)、分子机制(磷酸化激酶活性)和信号通路(BMP通路)等多水平,在多种脊椎类生物中阐明了PAK2在神经管发育的作用机制。

    研究工作得到国家自然科学基金和广东省重点领域研发计划等的支持。

  • 原文来源:https://www.cas.cn/syky/202212/t20221221_4858553.shtml
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    •   12月12日,中国科学院北京生科院孙中生团队、温州医科大学、首都儿科研究所合作,在Advanced Science上,在线发表了题为Loss-of-Function of p21-Activated Kinase 2 Links BMP Signaling to Neural Tube Patterning Defects的研究论文。该研究聚焦神经管畸形的致病机制,综合运用神经生物学、人类遗传学、多组学等技术手段,在多种模式生物中揭示了PAK2调节背外侧铰链点形成和神经管发育及其功能异常所致神经管畸形的致病机理,为探究神经管畸形的病理机制提供了崭新视角。   神经管是中枢神经系统发育的基础,在胚胎后期发育成脑和脊柱。在脊椎动物中,神经管闭合是高度复杂的动态调控过程,涉及许多由遗传和表观遗传因素精确控制的细胞事件。神经管闭合异常会导致神经管畸形。神经管畸形致死率和致畸率较高,给患者家庭带来沉重的经济与精神负担。神经管畸形是胎儿和新生儿中最严重的出生缺陷类疾病之一。   PAK家族是一类可以调控细胞骨架的蛋白激酶。该团队的前期研究确定了PAK2在脑发育中的重要功能,并阐明了PAK2在自闭症发病中的分子机制(Wang et al., 2018)。本研究发现Pak2纯和缺失小鼠在胚胎期9.5天时发育迟缓,表现出颅脊柱裂的表型。进一步研究发现,在胚胎期9.5天时,Pak2纯和缺失小鼠未能在后脑和脊柱部位抬起双侧神经板,导致背外侧铰链点形成失败。这提示PAK2基因对于整个头尾胚轴的背外侧弯曲是必要的。研究通过分析胚胎期9.5天的转录组发现,Pak2纯和缺失小鼠的差异表达基因显著富集到初级神经管形成、前脑、中脑、后脑发育、模式特化过程和脊柱发育过程。这些差异表达基因还显著地富集于BMP信号通路。BMP信号通路的多个配体,如BMP4/5和下游Smad9的磷酸化水平,均在Pak2纯和缺失小鼠中显著增加。科研团队进一步将Smad9蛋白417位点丝氨酸突变后可减弱PAK2和Smad9蛋白的相互作用,并解除PAK2对Smad9蛋白465位点丝氨酸磷酸化的抑制。上述工作提示PAK2可通过调控Smad9蛋白的磷酸化水平,从而抑制BMP信号通路,促使双侧神经板的抬起和神经管背外侧铰链点形成。   单细胞测序技术进一步显示,Pak2纯和缺失后可影响中胚层细胞向神经管及前脑和脊柱的分化轨迹,使得与神经管和神经管发育而成的前脑、后脑、脊柱等相关的细胞类型显著下降。与野生型胚胎相比,Pak2纯和缺失胚胎的神经管发育分数及前脑(尤其是间脑部分)发育分数降低。同时,BMP信号通路及该信号通路中的基因表达在Pak2纯和缺失胚胎中增加。这提示Pak2纯和缺失胚胎中异常的分化时序与异常的转录状态相关。   该团队在流产的神经管畸形胎儿中检测到5个位于PAK2基因的点突变。研究运用NanoString检测方法,发现携带PAK2突变的胎儿脑组织中PAK2的水平降低而BMP信号通路中多个基因的水平增加。同时,研究发现PAK2突变点可影响PAK2蛋白的稳定性,抑制ATP转化ADP的水平,显著降低PAK2的活性形式pPAK2的水平,提示该突变位点影响PAK2激酶活性。   研究在斑马鱼中用CRISPR-Cas9系统构建了pak2a的特异敲除模型。该模型在出生后48小时后在头部背前侧区域出现了一个明显的空腔,提示其神经管发育异常。研究在敲除pak2a的斑马鱼中过表达神经管畸形患者携带的PAK2突变位点,发现不能改善斑马鱼神经管畸形的表型。   综上,该研究以神经管特定发育事件(背外侧铰链点形成)为出发点、从细胞动态时序发育过程(单细胞测序技术)、分子机制(磷酸化激酶活性)和信号通路(BMP通路)等多水平,在多种脊椎类生物中阐明了PAK2在神经管发育的作用机制。   研究工作得到国家自然科学基金和广东省重点领域研发计划等的支持。  
  • 《生科院孙博课题组发现植物发育的表观遗传调控新机制》

    • 来源专题:转基因生物新品种培育
    • 编译者:姜丽华
    • 发布时间:2023-03-11
    •       SE编码C2H2锌指蛋白,是植物中miRNA形成途径中的关键基因。其调控植物的叶片发育、顶端分生组织的活性、花序结构和植物发育阶段的转换。SE的部分功能缺失突变体se-1,表现出胚胎发生异常、叶片发生延迟、叶片锯齿化、发育阶段转换加速、花序异常和花发育等缺陷。同时,SE参与植物响应生物胁迫和非生物胁迫的过程。然而,相对于被广泛报道的SE功能的重要性,关于SE在植物生长发育不同时期及抗病抗逆时的作用方式及调控模式仍然未知。       长非编码RNAs(lncRNAs),是一类长度超过200 nt,且几乎不编码蛋白质的RNA。大量研究表明,lncRNA是许多生物过程中的关键调节因素。目前,植物中已系统的鉴定出数以千计的lncRNAs,但他们具体的功能机制仍知之甚少。此外,lncRNA是否参与SE基因的调控,也有待研究。       孙博教授团队长期从事表观遗传调控植物发育研究。本工作首先从SE的3’端鉴定出一个反义长链非编码RNA SEAIRa,在拟南芥生长发育过程中与SE呈相反的表达模式。超表达SEAIRa会导致SE下调表达,而敲低或者敲除SEAIR会导致SE上调表达。因此SEAIRa是SE的负调控因子。       研究人员通过RNA体内pull down寻找到了SEAIRa的互作蛋白E3连接酶PUB25/26以及类泛素蛋白RUB1。SEAIRa招募PUB25/26以及RUB1引起SE第11个外显子区域H2Aub修饰。此外,PUB25/26会影响SEAIRa 5’端的切割,并释放出5’端片段,游离的5’片段可以与PRC2核心成员EMF2互作,进而招募PRC2复合体引起SE第一个外显子区域H3K27me3修饰。SE基因座不同位点的抑制性H2Aub和H3K27me3修饰协同调节SE染色质状态并抑制SE表达。        综上,该研究揭示了一种由结合在染色质上的lncRNA SEAIRa介导的表观遗传抑制新机制。研究结果一方面拓宽了植物中lncRNA的作用机制,也阐述了在植物生长发育过程中发挥重要作用的SE的调控机制。        近日,该成果在以“An antisense intragenic lncRNA SEAIRa mediates transcriptional and epigenetic repression of SERRATE in Arabidopsis”为题于2023年3月1日在线发表于PNAS杂志,深入解析了长链非编码RNA SEAIR调控SE的分子机制。南京大学博士后陈炜为该论文第一作者兼共通讯,南京农业大学王秀娥教授和南京大学孙博教授为该论文通讯作者。新加坡国立大学袁于人教授(已逝)、南京大学陈迪俊教授和南京农业大学张文利教授等参与了该研究工作。该课题得到了江苏省农业技术体系专项资金和中央高校基本科研业务费专项资金等项目的资助。 原文链接:www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.2216062120