新疆水利学会现有专业委员会21个（水法、环境水利、水利经济、洪旱灾害防治、水工建筑、勘测、水文、水电、农水、施工、地下水、泥沙、岩土力学、灌溉、水利志史、水利规划、科技情报、水利管理、牧区水利）。有分会17个（头屯河管理处、厅玛河管理处、新疆水利水电学校、水利水电科研院、水文水资源局、水利水电建设工程局、新疆农业大学水利分院、新疆大学地理系、新疆水利水电勘测设计研究院、兵团水利局、喀什盖孜河管理处、喀什葛尔河管理处、新疆风能公司、水磨河管理处、塔里木河管理处、金钩河管理处、汇通水利电力工程建设有限公司、喀什水校、额河建管局、乌鲁瓦提建管局）。各地州（市）水利学会有16个。
近20年来，新疆水利学会积极开展学术活动。与中国水利学会共同召开的学术讨论会议主要有：全国渠道防渗学术讨论会、全国低水头引水防沙枢纽学术讨论会、全国水工建筑物抗冻技术学术会、西北水文会议、西北片水管科技情报会暨灌溉技术学术座谈会、西北五省第七次水资源合理开发利用学术研讨会等。
参与组织或与相关学会共同组织主办了一系列学术会议：如《塔里木河流域水资源环境与管理》学术研讨会、《干旱区生态农业建设与可持续发展》学术研讨会、《发挥新疆资源优势，坚持高效持续发展科学论坛》，新疆大学分会与塔管局分会在乌市召开了《新疆水资源开发利用与环境问题》国际学术论坛会。
