《PNAS发文揭示细菌复杂鞭毛马达结构的新组分》

  • 来源专题:中国科学院文献情报系统—海洋科技情报网
  • 编译者: 熊萍
  • 发布时间:2025-02-07
  • 中国科学院南海海洋研究所热带海洋生物资源与生态重点实验室高贝乐研究员团队联合耶鲁大学医学院Jun Liu团队,揭示了细菌复杂鞭毛马达结构的新组分,丰富了对定子-转子相互作用复杂性的理解。相关成果以“Tetrameric PilZ protein stabilizes stator ring in complex flagellar motor and is required for motility in Campylobacter jejuni”为题,发表于国际著名综合性期刊PNAS。中国科学院南海海洋研究所2020级博士生陈园园和耶鲁大学医学院Shoichi Tachiyama为共同第一作者,研究员高贝乐为通讯作者。

    细菌鞭毛马达是首个被发现的生物旋转机器,其驱动力由定子单元MotAB通过消耗离子动力势提供。MotAB的同源蛋白参与多种重要的细胞生命过程,研究鞭毛马达有助于加深我们对这类旋转复合体的理解。在鞭毛马达“齿轮传动”模型中,定子作为小型的主动齿轮驱动大型被动齿轮转子的旋转。近期多项研究发现,在模式物种E. coli和S. enterica以外的许多物种中存在额外的周质支架蛋白,这些蛋白能稳定并形成更宽的定子环以产生更大的扭矩。然而,迄今尚无报道表明胞质侧存在能与定子形成稳定复合物的支架蛋白。

    研究团队揭示,位于胞质侧的FlgX蛋白构成空肠弯曲杆菌复杂鞭毛马达结构的新组分,能够与MotA的胞质部分相互作用并稳定马达中的定子环。结构分析表明,FlgX属于四聚体PilZ家族,但与其他作为c-di-GMP受体的PilZ家族蛋白不同,研究显示FlgX不具备c-di-GMP结合能力,表明其在空肠弯曲杆菌中独立于c-di-GMP调控发挥功能。此外,胞质侧还发现了新的球形密度结构,将两个FlgX连接在一起,而蛋白组分尚不清晰。FlgX或定子单元的缺失均会导致周质空间中FliL环和笼状结构的不完整,这表明FlgX-定子复合体的组装可能早于FliL环和笼状结构的形成。对弯曲菌门的进化分析显示,FlgX与该门祖先的F3趋化系统绑定出现,表明FlgX极有可能是从该门的共同祖先中进化而来。

    FlgX四聚体在鞭毛马达中的特殊位置增加了我们对定子-转子相互作用复杂性的理解。其作为鞭毛马达结构组分,独立于c-di-GMP的调控发挥功能,也代表了PilZ超家族一种新的功能分化。此外,对复杂马达结构、功能和进化的深入分析为大分子机器的理性设计提供了重要的理论依据。

    本研究得到了南沙群岛珊瑚礁生态系统国家野外科学观测研究站开放基金、国家重点研发计划、国家自然科学基金、广东省科技计划项目、南方海洋科学与工程引进人才团队重点专项广东省实验室(广州),以及中国科学院南海生态环境工程创新研究院的资助。

    相关论文信息:https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.2412594121

  • 原文来源:https://scsio.cas.cn/news/kydt/202501/t20250117_7519538.html
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  • 《放线菌鞭毛起源和退化研究获得新进展》

    • 来源专题:中国科学院文献情报系统—海洋科技情报网
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    • 发布时间:2023-12-11
    • 近日,中国科学院南海海洋研究所热带海洋生物资源与生态重点实验室研究员高贝乐团队在放线菌鞭毛起源和退化研究中取得新进展,相关成果以“The common origin and degenerative evolution of flagella in Actinobacteria”为题,在线发表于mBio。中国科学院南海海洋研究所助理研究员朱思琦、科研助理孙贤为该论文的共同第一作者,高贝乐为论文通讯作者。 细菌鞭毛是最复杂的纳米机器之一,鞭毛介导的运动在细菌环境适应过程中发挥着重要作用,并对其形态、生理和发育具有直接影响。鞭毛和鞭毛介导的运动可能在细菌进化过程中发挥了重要作用。然而,鞭毛的获得和丢失对细菌谱系演化的影响缺乏系统的研究,尤其是在高级分类水平。放线菌门是细菌域中最大的细菌门之一,在生态分布、形态特征、生理和生命周期等方面都展现出巨大的生物多样性。放线菌门中最具代表的分枝杆菌和链霉菌都没有鞭毛,而少数放线菌能在其生命周期的早期短暂形成带有鞭毛的游动孢子,以极高的速度运动,但相关的功能研究十分匮乏。早期的细菌域基因组分析表明,极少数放线菌具有“不完整”的鞭毛基因,而这些鞭毛基因的进化来源和演变过程并不明确,鞭毛马达的组成和结构有待揭示,鞭毛运动与放线菌丰富的生物多样性之间的关系尚不清楚。 本研究对目前已知的放线菌门下的所有谱系的鞭毛基因分布和组成,结合生理、生态等特征进行了全面分析。研究结果表明,放线菌的祖先具有完整的鞭毛基因,主要通过垂直传递的方式遗传给子代。放线菌门早期进化的谱系主要分布在水生环境中,这些单细胞物种普遍保留了鞭毛基因;随后进化的谱系(放线菌纲)大多与宿主相关或分离自土壤环境,并且能够形成菌丝体并具备复杂的细胞周期,这些谱系经历了多次鞭毛基因的丢失事件。能够形成游动孢子的放线菌只在单细胞的孢子形成阶段利用鞭毛运动,一旦孢子萌发就开始丢失鞭毛并丧失运动性。为了保留鞭毛基因,我们发现这些基因组中具备更多的c-di-GMP合成酶和趋化类型,可能用以协调鞭毛基因的表达和细胞周期。 放线菌门随后进化的谱系除了鞭毛基因的大量丢失外,保留鞭毛的物种在其结构上也经历了退化。早期出现的谱系具有与模式生物相似的鞭毛组分,而后期进化的谱系丢失了部分鞭毛基因,其中最显著的是鞭毛的远端杆组分FlgFG,形成了目前已知的最简单的鞭毛杆结构。FlgFG是鞭毛杆-鞭毛钩连接的分子基础,这说明目前基于沙门氏菌的组装模型并不适用于这些物种。由于鞭毛杆内嵌于细胞壁之中,必须与周围结构协同进化,我们推测这些没有FlgFG的放线菌在细胞壁结构上也发生了改变。此外,随着鞭毛结构的改变,后期进化的放线菌的趋化类型也从F1型变成了F5型。 综上所述,研究团队通过深度的基因组学分析,揭示了放线菌鞭毛基因的起源和零星分布之谜,为放线菌物种演化与鞭毛丢失之间的联系提供了独特见解。作为放线菌鞭毛退化的产物,最简单的鞭毛杆有望成为合成生物学中重构纳米机器的模型。 本研究得到了中国科学院战略性先导专项、国家重点研发计划项目、南方海洋科学与工程引进人才团队重点专项广东实验室(广州)、广东省科技计划项目、中国科学院南海生态与环境工程创新研究院的资助。 相关论文信息:https://journals.asm.org/doi/10.1128/mbio.02526-23
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    • 编译者:liguiju
    • 发布时间:2022-12-13
    • 中国科学院南海海洋研究所热带海洋生物资源与生态重点实验室研究员高贝乐团队在细菌趋化系统与鞭毛的共进化机制研究中取得新进展,相关成果近日以“The evolutionary path of chemosensory and flagellar macromolecular machines in Campylobacterota”为题,在线发表于PLOS Genetics(《公共科学图书馆:遗传学》)。 大分子复合体的进化是一个基本的生物学问题,关系到生命的起源,也指导着合成生物学的理性设计。在单细胞微生物的所有大分子机器中,趋化系统是可以通过电子显微镜直接观察到的高度组织化的超结构之一。几乎所有的运动细菌和古菌都利用趋化系统来指导菌体运动或调节其它生理过程如细胞分裂、生命周期和毒性等。该系统在不同物种中的组成和阵列结构方面表现出巨大的多样性和复杂性。目前已有大规模的比较基因组学研究根据趋化基因排布和趋化蛋白的组成,将细菌域的趋化系统分为19个F类别。趋化系统的重要信号输出端之一是另一个具有高度组织化的超分子结构——鞭毛马达,鞭毛马达的转动能驱动鞭毛丝甩动,从而改变菌体的运动模式。细菌鞭毛由几十种蛋白构成,不同物种的鞭毛组分同样具有高度多样性和复杂性。趋化系统和鞭毛的进化是重要的生物学问题,其多样性背后的进化机制目前仍不清晰。 本研究团队近期发表在mBio的研究结果表明,在弯曲菌门(Campylobacterota)“生态-进化”框架下,F3趋化类别垂直遗传自该门的祖先,而其它趋化类别如F7、F8和F9则是在谱系生态位扩张期间通过水平基因转移获得,随后在宿主相关谱系中丢失。弯曲菌门的两个重要病原菌幽门螺杆菌和空肠弯曲菌只含有一个F3趋化类别,已有大量研究证实这套趋化系统控制着鞭毛运动。因此,本研究团队通过追踪弯曲菌门趋化系统和鞭毛的进化过程,进一步探讨了这两个大分子蛋白复合体的多样性是如何进化的。研究结果表明,弯曲菌门中大量鞭毛基因的变化导致了趋化类别的替换或融合。其中,Nitratiruptor属通过水平基因转移从Aquificota门获得了F14趋化基因簇和一个完整的鞭毛基因簇,彻底丢失了弯曲菌门的F3趋化类别和鞭毛基因。Arcobacter属的趋化蛋白CheYZ和鞭毛基因均来自于弯曲菌门的祖先,CheYZ属于F3型趋化类别,水平基因转移获得的F7型趋化蛋白阵列招募了F3的CheYZ以控制来自于弯曲菌门祖先的鞭毛。 此外,多项研究发现空肠弯曲菌和幽门螺杆菌的马达中心杆附近具有多层复杂的周质盘状结构为负载更多的马达定子结构提供支撑,匹配上直径更宽的C环能够产生更大的力矩,便于这类病原菌在高粘性的肠道粘液和组织中定殖。之前的研究认为这类复杂的马达结构是通过简单结构逐步获得额外组分进化而来。然而,我们发现空肠弯曲菌和幽门螺杆菌的可产生高扭矩的复杂鞭毛马达结构很可能是从弯曲菌门的最后共同祖先进化而来的,而经历了显著的鞭毛基因变化的谱系则失去了这个复杂鞭毛马达结构的一些关键成分,从而衍生出比它们的祖先更简单的鞭毛马达结构。弯曲菌门的最后共同祖先已经具备了复杂的马达结构和严谨的层级调控。 综上所述,研究团队利用比较基因组学,功能基因组学的分析方法,细致解构了弯曲菌门中趋化类别和鞭毛结构的进化路径,为这两个大分子蛋白复合体的协同进化提供了详细的证据,并强调了鞭毛超分子结构的复杂度分析需要立足于细菌物种的系统发育框架,然后对其变化过程进行分析。 南海海洋研究所2022届博士莫然、2018级博士生朱思琦为共同第一作者,高贝乐研究员为该论文的通讯作者。本研究得到了国家自然科学基金、南方海洋科学与工程引进人才团队重点专项广东实验室(广州)、中国科学院战略性先导专项、中国科学院南海生态与环境工程创新研究院的资助。 相关论文信息:https:// doi.org/10.1371/journal.pgen.1010316