近日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所（岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心）张兴坦团队发布了首个榕属植物对叶榕端粒到端粒完整基因组，修正了原有基因组中存在的大量的间隙和组装错误，大幅提升了对叶榕基因组的连续性、完整性和准确性。相关研究成果发表在《园艺研究（Horticulture research）》上。
榕树是桑科榕属800多种植物的统称，广泛分布于热带和亚热带地区，榕属植物包含6个亚属，分别是白肉榕亚属、榕亚属、无花果亚属、糙叶榕亚属、聚果榕亚属和薜荔榕亚属，其中对叶榕（Ficus hispida）属于聚果榕亚属，是典型的功能雌雄异株植物，解析对叶榕基因组对生物学性状解析和基因功能的研究至关重要，然而，原有基因组中存在大量的信息缺失和组装错误，阻碍了进一步研究。
因此，研究团队综合利用Pacbio HiFi、Oxford Nanopore ultra-long和Hi-C等多种测序技术，在原有基因组基础上重新组装、完善，发布了首个榕属植物对叶榕端粒到端粒（T2T）完整基因组，该基因组大小371.8Mb，N50为23.1Mb，所有序列均挂载到14条染色体上，成功注释了26642个编码蛋白基因，经评估，基因组完整度达98.7%，对叶榕T2T基因组的连续性、完整性和准确性均得到了大幅提升。
在此基础上，研究基于不同性别的重测序数据reads覆盖度、Fst和Pi分析，将之前报道的 2Mb 雄性特异性区域扩展为 7.2 Mb区域（图2B和2C），该区域包含96.39%的重复序列。基因注释显示，该区域包含53个编码蛋白基因，除了之前报道的性别决定候选MADS-box基因AG2和AG3外，新预测了51个基因。基因拷贝数研究显示在常染色体区域还存在一个MADS-box蛋白基因AG1。转录组数据分析发现，AG2和AG3在雄花不同发育时期高表达，雄性特异区域的基因表达极低，而AG1在不同性别不同组织中均有表达（图2D），说明AG2和AG3是控制雄花发育的关键基因；进一步的甲基化分析发现，雄性特异区域基因的基因体和启动子区域均呈现高甲基化状态（图2E），表明甲基化可能影响了该区域基因的表达。基于基因表达谱，通过mutual ranking算法构建了雄性和雌性花不同发育时期的基因调控网络；调控网络揭示AG2和AG3调控雄蕊发育，AG1基因主要负责调控雌花的防御反应和次生代谢过程。本研究首次完成了榕属对叶榕完整的T2T基因组和性别决定区域，进一步确定了性别候选基因，为研究榕属植物重要特征和性别决定提供了重要资源。
