《向日葵基因组解开“对称花”的多重起源》

  • 编译者: 季雪婧
  • 向日葵的特点和魅力无处不在。首先,向日葵的形态美观,花朵大而艳丽,花盘追随太阳转动,呈现出强烈的对称性。其次,向日葵的实用价值不容忽视。除了能作为观赏植物外,向日葵的籽粒可以被用来制作美味的食品,如烤瓜子、炒瓜子等。此外,向日葵籽粒中还含有大量的蛋白质、脂肪和维生素,对人体健康大有裨益。

    人们对向日葵的研究由来已久。早在19世纪,达尔文就对向日葵的向光性进行了深入研究。他发现,向日葵的祖先并没有追随太阳的习性,但为了更好地生长和繁殖,它们逐渐演化出了这种奇妙的特性。科学家们也对向日葵的花盘进行了研究,发现它们是由上千朵小花组成的。这些小花的花序排列成一个明显的螺旋形状,这种排列方式有助于吸引昆虫传播花粉。

    一项新的向日葵家谱揭示了花的对称性是多次独立进化的。向日葵科两侧花分对称或不对称。菊花和黄花蒿是来自同一部落的近缘种,前者有两侧对称的花(射线),后者没有。来自向日葵部落的Rudbeckia hirta有两侧对称的花朵,而来自Eupatorieae部落的Eupatorium chinense没有,这两个部落是密切相关的群体。根据一项新的分析,向日葵家族树揭示了花的对称性在这个大型植物家族成员之间多次独立进化,这一过程被称为趋同进化。由宾夕法尼亚州立大学生物学家领导的研究小组解决了更多的家庭树的精细分支,为向日葵家族-包括紫菀,雏菊和生菜和洋蓟等粮食作物-如何进化提供了见解。一篇描述分析和发现的论文发表在《Plant Communication》杂志的网站上,研究人员说,这可能有助于确定有用的性状,以选择性地培育具有更理想特征的植物。“趋同进化描述的是不同物种似乎具有相同特征的独立进化,比如鸟类和蝙蝠的翅膀,”宾夕法尼亚州立大学埃伯利科学学院生物学教授、研究小组负责人、植物生殖发育和进化哈克主席Hong Ma说。“这可能会使通过比较它们的特征来确定两个物种的亲缘关系有多密切变得困难,因此基于DNA序列的详细家谱对于理解这些特征是如何以及何时进化的至关重要。”向日葵宗谱研究进展例如,向日葵的花头实际上是由多个小得多的花组成的综合体。虽然花朵的头部通常呈放射状对称——它可以像海星或馅饼一样在多个方向上分成相等的两半——但单个花朵可以有不同的对称形式。根据这项新的研究,在向日葵的进化史上,两侧对称——只有一条线将花分成相等的两半——已经进化并独立地失去了多次。研究人员发现,这种趋同进化可能与花调节基因CYC2的拷贝数和表达模式的变化有关。

    研究人员解释说,近年来,通过广泛使用转录组来建立一组相关物种的许多家谱,转录组是一个物种表达的基本上所有基因的基因序列。转录组比高质量的物种全基因组序列更容易获得,但制备仍然困难且昂贵,并且需要新鲜的植物样本。为了增加可用于比较的物种数量,研究小组转向了低覆盖率的基因组序列,这是通过一种称为基因组撇脂的过程产生的,相对便宜且易于制备,即使是从干燥的植物样本中制备。“为了获得一个物种准确的全基因组序列,它的DNA字母表的每个字母必须被读取或覆盖多次,以尽量减少错误,”Ma说。“为了建立家谱,我们在这篇论文中表明,我们可以使用较低覆盖率的基因组序列。这使我们能够增加我们分析中的物种数量,这反过来又使我们能够解决向日葵家族树上更多的细分支。”

    该团队使用了公开可用的转录组和新生成的转录组,以及大量新获得的skimmed基因组,总共706个物种,来自向日葵家族的16个亚科,41个部落和144个亚部落水平群体的代表。亚科是科的主要分支,而部落和亚部落可以包含一个或多个属,这是仅次于种的分类水平。Ma说:“以前的向日葵家谱已经建立了大多数亚科和许多部落之间的关系,这相当于一棵树的主要分支。随着样本量的增加,我们能够在亚部落和属水平上解决更多较小的分支和细枝。这个更高分辨率的树使我们能够重建像花对称这样的特征是在何时何地进化的,这表明两侧对称一定是独立进化了很多次。”分子的见解和未来的方向研究小组还研究了与向日葵花朵发育有关的基因的分子进化。他们发现,其中一个基因CYC2在每个物种的基因组中都有多个拷贝,在花朵两侧对称的物种中被激活,这表明它可能是这种特征趋同进化的分子基础的一部分。为了进一步验证这一点,研究小组进行了实验,量化了CYC2基因在不同对称性物种花中的表达。Ma教授说:“我们的分析表明,CYC2的表达和花的对称性之间存在明确的关系,这表明这些基因在不同向日葵物种中使用的变化可能与该家族中观察到的趋同进化有关。向日葵科是最大的两个开花植物科之一,有超过28,000种,包括许多具有重要经济意义的农业和园艺物种。了解这些物种是如何相互关联的,可以让我们确定它们的特征是如何以及何时进化的。这些知识也可以用来识别有用的特征,这些特征可以从密切相关的野生物种繁殖成驯化物种。”

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    • 编译者:潘淑春
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    • 据法国国家农业科学院报道,2016年6月,在法国投资的未来计划(Future Programme)中的“日出”项目(SUNRISE project)框架下,由法国国家农业科学院(French National Institute for Agricultural Research, INRA)的科学家和国际向日葵基因组联盟(International Sunflower Genome Consortium)合作进行了向日葵全基因解码研究。2015年,INRA奥克西塔尼-图卢兹的研究院团队在奥克西塔尼—比利牛斯地区—地中海地区的企业合作伙伴Sofiprotéol和Libragen公司的支持下,利用图卢兹Génopole的GeT-PlaGe平台,使用PacBio RS II 测序仪,成功解码了向日葵基因组。 向日葵基因组解码不到一年,针对基因组的深入分析就揭示了上百个共同作用于向日葵开花的基因,及与产油相关的基因。这些初步的研究结果将有利于日后开发向日葵改良品种,能够在面对新的环境挑战,特别是气候变化挑战中,更好地适应农业领域不可避免的变化。该项研究成果于2017年5月22日发表在《自然》(Nature)网络版期刊上。 一、新型改良葵花油 历史上,培植的向日葵有两种:一种是北美土著民族对野生向日葵品种的本地化培植,另一种是将最高产的品种进行杂交选育。目的是改善向日葵品种的有关农艺性状,例如抗病性和产油量。向日葵的相关基因解码后,科学家们能够更准确地定位其农艺性状,定位速度比之前提高了三倍。 科学家们选取了80种向日葵品种的DNA进行了对比,重点是分析他们的含油率和食用葵花籽的生产能力。通过差异性对比分析和基础数据比对,研究人员构建了一个与产油量相关的完整基因网络全景图,同时在农艺性状方面也可辨认出潜力最大的基因品种。该研究成果不仅能满足消费者对葵花油营养质量的需求,还能满足农业食品产业的需求,在技术潜力开发方面也有利于建立更加可持续、更高效的产业链。 二、开花期是作物适应不同气候环境的关键 INRA的科学家发现向日葵基因组与其他同属菊科的作物如生菜和洋蓟的基因组不同,向日葵基因组的数量在约3亿年前就翻了一倍。该“近期的”翻倍现象可说明为何现在的向日葵基因数量(52,000多个)如此庞大。尽管如此,研究人员还是成功确认出了哪些基因主要与花的器官相关,并决定花期。了解这些基因在基因组内部如何进行组织才能加速向日葵品种改良的进程。这样,农民也可获得更多早期开花的品种,使更多地区能够种植向日葵。 三、基因组是作物适应气候变化、对抗疾病的工具 在主要的作物中,向日葵是投入最少、需水量最少的作物。在全球变暖、侵蚀性害虫越来越多的情况下,为了利用向日葵的上述优势,研究人员要研究可抗严重干旱的野生向日葵品种基因,并能抵御向日葵生长区域的寄生虫,进而利用这些基因改良培育新品种。 在面对新的环境挑战尤其是气候变化中,这些通过基因组解码得到的初步结果将有利于向日葵品种改良,更好地适应农业领域不可避免的变化。这些新品种将满足食物和产业需求,同时也可应对农业所面临的经济挑战。 (编译 潘淑春)
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