《针对SARS-CoV-2的新型靶向共价抑制剂的AI辅助设计》

  • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
  • 编译者: hujm
  • 发布时间:2020-03-17
  • bioRxiv预印平台于2月8日发布了厦门大学和美国密苏里大学的论文“AI-aided design of novel targeted covalent inhibitors against SARS-CoV-2”。文章称,受关注的的已批准药物(例如洛匹那韦/利托那韦)的老药新用被报道未能治愈SARS-CoV-2感染的患者。迫切需要产生针对该病毒的新化学物质。作为冠状病毒生命周期中的关键酶,类似3C的主要蛋白酶(3CLpro或Mpro)对于抗病毒药物设计最为有吸引力。
    基于最近解析的结构(PDB ID:6LU7),研究人员开发了具有基于片段的药物设计(ADQN-FBDD)的新型高级深度Q学习网络,用于生成靶向SARS-CoV-2 3CLpro的潜在先导化合物。通过基于结构的优化策略(SBOP),我们从这些先导化合物中获得了一系列衍生物。从AI模型中直接获得的47中先导化合物和基于SBOP的相关衍生物中均可在研究人员建立的分子库中获得,网址为https://github.com/tbwxmu/2019-nCov。研究人员称,这些化合物可以被作研究人员用作开发抗SARS-CoV-2药物的潜在候选药物。
    *注,本文为预印本论文手稿,是未经同行评审的初步报告,其观点仅供科研同行交流,并不是结论性内容,请使用者谨慎使用。

  • 原文来源:https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.03.03.972133v1
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  • 《3月8日_针对SARS-CoV-2的新型靶向共价抑制剂的AI辅助设计》

    • 来源专题:COVID-19科研动态监测
    • 编译者:xuwenwhlib
    • 发布时间:2020-03-10
    • 3月8日_针对SARS-CoV-2的新型靶向共价抑制剂的AI辅助设计 1.时间:2020年3月8日 2.机构或团队:厦门大学、美国密苏里大学 3.事件概要: bioRxiv预印平台于2月8日发布了厦门大学和美国密苏里大学的论文“AI-aided design of novel targeted covalent inhibitors against SARS-CoV-2”。文章称,受关注的的已批准药物(例如洛匹那韦/利托那韦)的老药新用被报道未能治愈SARS-CoV-2感染的患者。迫切需要产生针对该病毒的新化学物质。作为冠状病毒生命周期中的关键酶,类似3C的主要蛋白酶(3CLpro或Mpro)对于抗病毒药物设计最为有吸引力。 基于最近解析的结构(PDB ID:6LU7),研究人员开发了具有基于片段的药物设计(ADQN-FBDD)的新型高级深度Q学习网络,用于生成靶向SARS-CoV-2 3CLpro的潜在先导化合物。通过基于结构的优化策略(SBOP),我们从这些先导化合物中获得了一系列衍生物。从AI模型中直接获得的47中先导化合物和基于SBOP的相关衍生物中均可在研究人员建立的分子库中获得,网址为https://github.com/tbwxmu/2019-nCov。研究人员称,这些化合物可以被作研究人员用作开发抗SARS-CoV-2药物的潜在候选药物。 *注,本文为预印本论文手稿,是未经同行评审的初步报告,其观点仅供科研同行交流,并不是结论性内容,请使用者谨慎使用。 4.附件: 原文链接:https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.03.03.972133v1
  • 《针对SARS-CoV-2的强效膜融合抑制剂的设计》

    • 来源专题:新发突发疾病(新型冠状病毒肺炎)
    • 编译者:蒋君
    • 发布时间:2020-06-11
    • 由新出现的SARS-CoV-2引起的冠状病毒疾病COVID-19已对全球公共卫生,经济和社会稳定构成严重威胁,要求迅速开发治疗方法和预防措施。在这项研究中,我们首先验证了SARS-CoV-2使用人ACE2作为细胞受体,其S蛋白具有较高的膜融合活性。与SARS-CoV的序列相比,SARS-CoV-2的S2融合蛋白中的七肽重复序列1(HR1)序列能显着提高的α-螺旋性和热稳定性,以及与相应的七肽重复序列2位点的更高的结合亲和力。然后,我们设计了一种基于HR2序列的脂肽融合抑制剂,称为IPB02,在抑制SARS-CoV-2 S蛋白介导的细胞-细胞融合和假病毒感染中表现出很高的活性。 IPB02还有效抑制了SARS-CoV伪病毒。此外,IPB02的结构和活性关系(SAR)用一组截短的脂肽表征,揭示了对其结合和抗病毒能力至关重要的氨基酸基序。因此,本文的结果为理解SARS-CoV-2的进入途径和靶向膜融合步骤的抗病毒药物设计提供了重要信息。