《Science:揭示病毒的一种新的进化之路》

  • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
  • 编译者: hujm
  • 发布时间:2018-04-01
  • 病毒通过将它们自身结合到细胞表面上的分子受体而感染细胞。这些受体是病毒入侵细胞必须要打开的“锁”。针对这些锁的“钥匙”是被称作宿主识别蛋白的病毒蛋白。在这个领域开展研究的研究人员专注于突变如何改变这些蛋白钥匙以及哪些改变让它们能够打开新的锁。多年来科学家们已知道病毒能够相对较少的突变获得新钥匙,但是他们尚未解决这些突变首次出现的奥秘。这个问题导致与美国加州大学圣地亚哥分校、耶鲁大学和日本东京工业大学的研究人员合作开展研究。

    在一项新的研究中,在加州大学圣地亚哥分校生物科学助理教授Justin Meyer和Meyer实验室的Katherine Petri的领导下,这些研究人员利用λ噬菌体开展一系列实验,其中λ噬菌体是一种感染细菌但不感染人体的病毒,从而允许在实验室测试中具有广泛的灵活性。这些研究人员发现λ噬菌体能够像预期的那样感染“正常的”细菌宿主,但是通过一种之前在进化中未观察到的过程获得感染新的宿主靶标的能力。他们说,他们的发现解决了长期存在的关于基因如何获得新功能和突变如何产生从而使得更容易在宿主间传播的秘密,而且可能适用于对寨卡(由寨卡病毒感染导致的)、埃博拉(由埃博拉病毒感染导致的)和禽流感(由禽流感病毒感染导致的)等病毒性疾病的研究。相关研究结果发表在2018年3月30日的Science期刊上,论文标题为“Destabilizing mutations encode nongenetic variation that drives evolutionary innovation”。

    Meyer 说,“这项研究表明病毒具有的适应性比之前预期的更强。通过了解病毒如何实现进化灵活性,我们对如何阻止新疾病出现有了新的认识。”

    这些研究人员发现通过违反公认的将遗传信息转化为蛋白的分子生物学规则,λ噬菌体克服了使用新受体的挑战。他们发现单一基因(即λ噬菌体宿主识别基因J)有时会产生多种不同的蛋白。这种病毒进化出一种易于出现结构不稳定性的蛋白序列(即宿主识别蛋白J),从而导致至少两种不同的宿主识别蛋白产生。对这种病毒而不是宿主幸运的是,这些不同类型的蛋白能够利用不同的锁。

    Petrie说,“我们能够捕获到这个进化过程发挥作用。我们发现这种蛋白存在的‘错误’使得这种病毒感染它的正常宿主和不同的宿主细胞。这种蛋白存在的这种非遗传性变异(nongenetic variation)是一种让单个DNA基因序列获得多种功能的方法。对这种蛋白而言,这就像买一送一。”

    这些研究人员如今正在寻找他们新发现的进化现象的更多例子,并寻找它有多普遍的证据。 他们也在降低研究规模,探究这种新进化过程的细节,以便关注单个分子的进化过程。

  • 原文来源:http://science.sciencemag.org/content/359/6383/1542
相关报告
  • 《PLoS Comput Biol: 遗传条码揭示新冠病毒进化路线》

    • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2020-10-09
    • 在最近一项研究中,Drexel大学的研究人员报告了一种方法,可以快速识别和标记COVID-19的病毒的突变情况。他们使用从冠状病毒测试收集的全球遗传信息数据库中的信息进行的分析表明,在美国至少有8至14种不同的病毒突变株,其中一些与之前相同,而其它的则来自于欧洲。 该遗传分析工具最初是作为一种分析遗传样本以获取细菌混合物快照的方法而开发的,它可以从大量的遗传信息中找出模式,并可以识别病毒是否已遗传改变。然后,他们可以使用这种模式通过称为信息性亚型标记(ISM)的标签对遗传差异小的病毒进行分类。 该研究最近发表在《PLoS Computational Biology》杂志上,使用相同的方法处理病毒遗传数据可以快速检测和分类SARS-CoV-2中的细微遗传变异。该工具是由Drexel大学研究员Zhengzhen Zhao设计的,并在GitHub上公开提供。 Drexel工程学院教授Gail Rosen博士说:“我们在测试中看到的来自亚洲与欧洲的SARS-CoV-2病毒的类型与在美国发现的类型不同。 “识别变异使我们能够看到病毒在不同人群之间传播的方式。它还可以向我们展示通过社会隔离成功隔离COVID-19的领域。” 这一名为ISM的工具特别有用,因为它不需要分析病毒的完整基因序列即可识别其突变。对于SARS-CoV-2,这意味着将病毒的30,000个碱基长的遗传密码减少为20个碱基长的标签。 ISM工具还确定了病毒遗传序列中的某些位置,这些位置随着病毒的传播而一起改变。研究人员发现,从4月初到夏季末,SARS-CoV-2序列中的三个位置同时发生突变。这些位置在遗传序列的不同部位。一部分被认为与细胞信号传导和复制有关。另一部分与刺突蛋白的形成有关。 研究人员说,尽管需要更多有关这些同时突变如何影响病毒传播和严重程度的研究,但可以使用一起改变的位点将亚型标签整合为11个碱基,这可以使下游分析更加有效。 除了帮助科学家了解病毒如何变化和传播外,这种方法还可以揭示其遗传密码中似乎仍然对突变具有抗性的部分,这一发现有助于开发抗击病毒的疗法。
  • 《Science:揭示宿主免疫力驱动登革热病毒进化》

    • 来源专题:生物安全知识资源中心—领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2021-11-22
    • 在一项新的研究中,来自美国国家过敏与传染病研究所和佛罗里达大学等研究机构的研究人员提供了证据,表明宿主免疫力驱动了登革热病毒的进化。他们回顾性地分析了泰国二十年来的登革热病毒基因变异,以及人口层面的感染和免疫措施。相关研究结果发表在2021年11月19日的Science期刊上,论文标题为“Antigenic evolution of dengue viruses over 20 years”。 有四种类型的登革热病毒。自20世纪60年代初以来,所有四种登革热病毒都在泰国共同流行。这提供了一个研究这些登革热病毒如何相互竞争人类宿主的机会。论文第一作者、佛罗里达大学前博士后研究员Leah Katzelnick说,“我们想了解长期在一个地方流通的登革热病毒的生态和进化情况。” 登革热病毒的类型是根据其表面蛋白或抗原与人类血液中抗感染抗体的相互作用方式来划分的。这四种类型,也称为血清型,被称为DENV1、DENV2、DENV3和DENV4。尽管每种登革热病毒类型之间存在遗传变异,但每种登革热病毒类型内部也存在变异。 论文共同通讯作者、佛罗里达大学生物学教授Derek Cummings说,“我们想了解宿主免疫力是否或如何推动在这一个地方流通的登革热病毒的特定谱系的灭绝或持续存在。为了做到这一点,我们描述了长期以来在曼谷分离的登革热病毒的免疫特征。” 这项新的研究使用了来自曼谷的1944份归档血液样本。这些样本是从已知的登革热患者身上保存下来的,它们代表了1994年至2014年间每年的所有四种登革热病毒毒株。该团队对2000多份登革热病毒样本进行了基因测序。 这些作者随后对代表每种毒株时间序列的一个较小的样本亚集进行了测试。由此,他们描述了这些毒株在不同时期相互之间的抗原关系(antigenic relationship)。抗原关系表征了对一种病毒的免疫反应对其他病毒的保护程度。 Cummings说,“我们发现有一种像流感一样的模式,就流感而言,我们每年都会感染不同的流感病毒,它们是由逃避人类免疫反应的流感病毒的自然选择所进化出来的。我们发现,这种情况也适用于登革热病毒。” 绘制抗原变化图 这些作者使用了一种称为抗原制图(antigenic cartography)的过程,这种抗原制图可以可视化观察病毒的亲缘关系。Katzelnick说,“当两种病毒在抗原变化图上很接近时,那么这意味着免疫反应可‘看到’相似的病毒。例如,如果你感染了一种病毒,那么对这种病毒的免疫反应将保护你免受抗原变化图上附近的另一种病毒的感染。” 这些作者发现,在20年的研究时间范围内,登革热病毒毒株的整体进化模式是相互远离的。虽然血清型有时振荡得更近,但总的来说,它们的距离越来越远。但是这些研究结果也显示,在特定年份的抗原多样性水平与流行病水平之间存在明显的反比关系。当泰国经历大规模的流行病爆发时,抗原多样性很低。但是在流行病水平低于平均水平的年份,抗原多样性就比较高。 Cummings说,“一般来说,人们认为如果你感染了一种血清型的DENV,那么你在你的余生中对该血清型是免疫的。但根据观察,这似乎并不完全正确。” 对再次感染的一种解释是,登革热病毒可能受到自然选择力的影响,以躲避先前感染者的免疫系统。从本质上讲,它们必须做出足够的改变,以避免在已受到另一种血清型感染的宿主身上被免疫系统检测到。 论文共同通讯作者、剑桥大学助理教授Henrik Salje博士说,“我们的发现提示着,登革热病毒正在远离过去在人群中产生免疫力的病毒毒株。这有点像流感病毒的故事,登革热病毒正在进化,以逃避任何特定时期人群中的免疫力。但是与流感病毒相比,登革热病毒发生的速度似乎要慢一些。” 研究意义 科学家们已经知道,免疫力和登革热病毒之间存在着复杂的相互作用。当某人接触到登革热病毒的一种血清型时,他们通常会经历一次轻微的感染,导致部分免疫力。但是当他们再次接触时,部分免疫力会引发过度反应,从而导致严重后果。在这种情况下,登革热病毒似乎不仅逃避了免疫反应,而且利用它的优势潜在地增加它的生长速度。 Cummings说,“在曼谷的医院里,有90%到95%的登革热患者是第二次感染。大多数在曼谷生活了一辈子的人都会被多次感染。” 这种增强的感染现象也可能有助于这种病原体的进化,选择足够相似的病毒来利用免疫反应。Katzelnick说,“总的来说,随着时间的推移,登革热病毒之间的差异越来越大,但我们也观察到,在某些时期,特别是在时间序列的早期,它们之间的相似性比较高。这表明在逃避宿主免疫力和利用部分宿主免疫力之间存在着一种权衡。” Cummings说,这项新的研究为登革热病毒的生态学提供了线索,也与疫苗设计和正在进行的监测工作有关。 Cummings解释说,“这项研究的意义与我们在COVID-19疫情中看到的并不一样,我们需要更新病毒监测,关注人群免疫力和正在流通的病毒。这篇论文表明,登革热病毒正在发生变化,我们需要更新我们的监测方式,以更好地了解人群的免疫力,并最终减少患病人数。” 参考资料: Leah Katzelnick et al. Antigenic evolution of dengue viruses over 20 years. Science, 2021, doi:10.1126/science.abk0058.