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《Cell｜肿瘤免疫的泛癌蛋白质组学研究》

  • 来源专题：战略生物资源
  • 编译者： 李康音
  • 发布时间：2024-02-20

  • 2024年2月14日，纽约西奈山伊坎医学院的Pei Wang团队在Cell杂志发表题为Pan-cancer proteogenomics characterization of tumor immunity的文章。

    癌症生态学的一个关键组成部分是肿瘤微环境（TME）。肿瘤内的免疫细胞和基质细胞可以以上下文相关的方式促进和限制恶性状态。了解癌症免疫微环境可以揭示如何利用患者的免疫系统进行抗癌治疗。

    为了更广泛地探索 TME，研究人员使用 NCI 支持的临床蛋白质组肿瘤分析联盟 (CPTAC) 的泛癌蛋白质组数据集检查了来自 10 种癌症的 1,056 个肿瘤样本。这个多组学数据集包括基因组、转录组、表观基因组和蛋白质组数据。还包括基于质谱的相对蛋白质丰度和翻译后修饰的定量。虽然已经探索了使用高维多组学数据关注癌症免疫的多种泛癌分析，这项工作通过整合从深度蛋白质组样本表征中获得的新颖见解，推动了该领域的发展。

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  • 《用于全球蛋白质功能及免疫原性研究的结核分枝杆菌全蛋白质组芯片研制》
    • 来源专题：结核病防治
    • 编译者：李阳
    • 发布时间：2015-03-20
    • 就在几年前，人们普遍认为结核病这一古老而又新发的传染病即将成为继天花之后第二种被彻底消灭的疾病。然而，数年过去了，结核病却重新成为了我们的心腹大患，持续性地危害着人类的健康，原因主要有三点：一是疫苗使用近百年，保护率和保护期受到质疑；二是现有主要药物使用历史已约半世纪，耐药性日趋严重；三是诊断缺乏标识物，检出率低。因此，如何能够迅速检测诊断结核病病原体已经成为摆在科研工作者面前的一个重大问题。 基于此，来自中国科学院生物物理所、上海交通大学、中国科学院武汉病毒所、广东省结核病控制中心、中国科学院武汉水生生物所、上海市疾病预防控制中心和广东体必康生物科技有限公司等机构的学者和临床专家们合作构建了首张结核分枝杆菌全蛋白质组芯片，其相关成果于2014年12月11日在线发表于Cell Reports杂志上。 该项研究构建的蛋白质组芯含有4262个结核分枝杆菌基因组阅读框架编码产物，覆盖其基因组编码蛋白质的95%，可用于全局性蛋白-蛋白相互作用分析，以研究人免疫细胞-结核杆菌的互作机制；小分子与蛋白相互作用分析，以进行药物靶标的全局性发现；高通量血清分析，以系统性地进行结核病诊断生物标识物的发现。 此外，文章基于该芯片分析了蛋白激酶PknG及小分子C-di-GMP的相互作用蛋白，发现结核杆菌的鼠李糖通路可能会受到以上两个分子的同步调控，并且还利用芯片发现了14个可以区分结核病人和治愈者的标识蛋白。 　　结核分枝杆菌蛋白质组芯片为结核病研究打开了新的窗口，可以系统性发现新的免疫原和标识物，从而发展新型高效疫苗、新药和新的检测技术，是结核病基础研究强有力的新方法学平台。 　　该项研究历时五年完成，得到了国家“十二五”传染病重大专项、中国科学院重点项目、国家863项目以及国家自然科学基金项目等的支持。
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  • 《Cell | RNA聚集体强化肿瘤免疫疗法》
    • 编译者：李康音
    • 发布时间：2024-05-09
    • 2024年5月1日，佛罗里达大学Elias J. Sayour通讯在Cell发表题为RNA aggregates harness the danger response for potent cancer immunotherapy的文章，开发了一种使用RNA脂质颗粒聚集体（RNA lipid particle aggregate, RNA-LPA）进行癌症免疫治疗的新方法。这些“洋葱样（onion-like）”多层结构模仿了栓塞结构以引发强烈的危机反应（danger response），从而利用身体的天然免疫系统来对抗癌症。 与依赖纳米颗粒核心和Toll样受体参与的传统mRNA疫苗不同，RNA-LPA利用其独特的结构激活基质细胞中的细胞内模式识别受体如RIG-I。这种激活触发了一系列事件，包括细胞因子和趋化因子的释放、外周血单核细胞（PBMC）的募集和肿瘤微环境（TME）的重新编程。RNA-LPA的显著特征之一是它们能够包装多种有效载荷，包括全肿瘤mRNA、肿瘤相关抗原和免疫调节剂。这种灵活性允许协同免疫疗法的共同递送，如同时递送检查点抑制剂和嵌合抗原受体（CAR）T细胞，增强其对实体瘤的疗效。 有趣的是，RNA LPA定位于淋巴网状基质（lymphoreticular stroma），在那里它们转染成纤维网状细胞（fibroblastic reticular cell, FRC）。这些被转染的FRC释放翻译的蛋白质和危险信号，吸引和启动抗原呈递细胞（APC）以诱导针对癌症抗原的适应性免疫。RNA-LPA的效力在各种肿瘤类型的临床前模型中得到了证明，包括骨肉瘤、黑色素瘤和神经胶质瘤。在持有的（client-owned）患有晚期胶质瘤的犬类动物模型中，RNA LPA提高了生存率，并重新编程了TME，在一次输注几天内将“冷”肿瘤变成“热”肿瘤。 在一项针对胶质母细胞瘤患者的首次人体试验中，RNA-LPA引发细胞因子/趋化因子的快速释放、免疫激活和运输，导致组织证实的假进展（pseudoprogression）——这是有效免疫疗法的标志。值得注意的是，RNA-LPA诱导抗原特异性T细胞扩增对抗神经胶质瘤相关抗原，如pp65、生存素（survivin）和TERT，而不损害器官功能。 这项工作挑战了mRNA疫苗设计和递送的现有范式，为克服肿瘤介导的免疫抑制和引发有效、持久的抗肿瘤免疫提供了一种新的方法。通过利用身体的危险反应和TME的重新编程，RNA-LPA有可能彻底改变癌症免疫疗法，尤其是对传统治疗具有耐药性的免疫“冷”肿瘤。
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