新冠病毒（SARS-CoV-2）和几种密切相关的蝙蝠冠状病毒的完整基因组表明，它们在几十年前拥有共同的祖先，但这些冠状病毒之间会交换RNA片段，这个过程被称为重组，所以每一部分都有自己的进化历史。
2022年11月8日，英国格拉斯哥大学的进化病毒学家Spyros Lytras在新加坡举行的第七届世界卫生大会（World One Health Congress）上所做的一项报告显示，2016年蝙蝠冠状病毒的某些部分和SARS-CoV-2有一个共同的祖先，仅仅3年之后的2019年，新冠病毒出现在了人类社会中。
这一发现缩小了起源于蝙蝠的SARS-CoV-2的祖先和SARS-CoV-2传染给人类之间的时间间隔。然而，这无法解释SARS-CoV-2最接近的祖先是如何实现从蝙蝠到人类的跨越的，这也是新冠大流行以来的一个持久谜团，许多科学家认为其中可能涉及一种作为中间宿主的动物。
新冠病毒（SARS-CoV-2）与蝙蝠冠状病毒的共同祖先出现的时间比科学家们想象的要晚。但其他病毒学家认为，找到SARS-CoV-2的直系祖先的可能性几乎为零。
考虑到冠状病毒重组的频率和已经过去的时间，在蝙蝠中找到SARS-CoV-2的直接祖先将异常困难。澳大利亚悉尼大学的进化病毒学家 Edward Holmes 表示，找到SARS-CoV-2直系祖先的机会“几乎为零”。
加州大学圣地亚哥分校的分子流行病学家 Joel Wertheim 表示，SARS-CoV-2的直系祖先可能是由几种病毒形成的，自那以后一直在蝙蝠中重组和变异。对蝙蝠进行冠状病毒采样可能会识别出比迄今为止在已知冠状病毒中发现的更密切的病毒片段，但可能不会揭示出一个直系祖先。
自大流行开始以来，许多研究人员，特别是东南亚的研究人员，一直在对蝙蝠和其他哺乳动物中发现的冠状病毒进行测序。他们还对储存在冰柜中的之前的组织样本中的冠状病毒进行了测序，希望能找到导致这场大流行的病毒起源。但科学家们一直没有找到SARS-CoV-2的前体病毒，这甚至导致有人猜测新冠大流行是由于实验室病毒泄露所致。
到目前为止，科学家们已经从蝙蝠和穿山甲中分离出十多种与SARS-CoV-2密切相关的病毒。为了确定它们与SARS-CoV-2的关系，研究人员经常比较它们的整个基因组（大约有3万个核苷酸长度）。通过这种方法，他们发现SARS-CoV-2的已知近亲是在老挝发现的一种名为BANAL-52的蝙蝠冠状病毒，其基因组与SARS-CoV-2基因组有96.8%相同，以及在云南发现的一种名为RaTG13的蝙蝠冠状病毒，其基因组与SARS-CoV-2基因组有96.1%相同。
这两种蝙蝠冠状病毒的基因组与SARS-CoV-2基因组之间有3-4%的差异，这表明这些病毒拥有共同的祖先以来，已有经过了大约40-70年的进化。然而，这种比较实际上忽略了重组在病毒进化中的作用。
英国格拉斯哥大学的进化病毒学家Spyros Lytras在大会上介绍了他的一项研究，他们比较了18种与SARS-CoV-2密切相关的蝙蝠和穿山甲病毒，并将它们拼接成27段。每个片段从几百到几千个核苷酸序列，都有不同的进化历史。对于每个片段，使用了167个相关病毒的更大子集，以估计SARS-CoV-2与蝙蝠或动物病毒共享共同祖先的时间。
他们的分析显示，就在几年前，其中一些片段与SARS-CoV-2有共同的祖先。大多数片段在2007年前后共享一个共同的祖先，但一个约250个核苷酸长的小片段可能在2016年共享一个共同的祖先，另一个550个核苷酸长的片段可能在2015年共享一个共同的祖先，这仅仅是SARS-CoV-2在人类社会中出现的3-4年之前。这两个最晚拥有共同祖先的片段来自云南和老挝的蝙蝠样本。考虑到这些病毒可以与蝙蝠宿主移动的距离，说明云南和东南亚是SARS-CoV-2祖先的热点地区。
这是一个聪明的方法，”福尔摩斯说。“它给了你进化时间最纯粹的信号。”然而，他指出，有些片段相当短，这使得这些估计不太可靠，因为可供比较的RNA核苷酸数量有限。
这些分析表明，新冠病毒（SARS-CoV-2）与蝙蝠冠状病毒的共同祖先出现的时间比科学家们想象的要晚。
澳大利亚悉尼大学的进化病毒学家 Edward Holmes 表示，这是一个聪明的方法，给出了SARS-CoV-2进化时间的最纯粹的信号，但其中有些片段很短，使得这些评估不太可靠，凭这些数据找到SARS-CoV-2的直系祖先的可能性几乎为零。
