《成都生物所己酸生物合成研究获进展》

  • 来源专题:再生医学与健康研发动态监测
  • 编译者: malili
  • 发布时间:2017-11-02
  • 己酸(含有六个碳的中链脂肪酸)是一种新兴的平台化合物,可作为香料用于食品、酿酒行业;也可用于合成生物燃料。例如,己酸可通过简单的催化作用合成燃料己醇,其燃烧热值(39.1MJ/Kg),高于丁醇(33.1MJ/Kg),接近柴油(42.5MJ/Kg)。   上世纪40年代以来,国内外一直认为己酸的生物合成来源于底物乙醇。2015年,中国科学院成都生物研究所李大平课题组首次提出己酸的生物合成可以来源于底物乳酸,并将己酸的合成效价提高了85.3%,该研究目前已得到国内外认可。

      为进一步揭示这一新颖的代谢过程,研究团组从一个产己酸反应器底泥中分离到了一株利用乳酸高效合成己酸的纯菌株CPB6(GenBank No.KM454167)。在分类学上,该菌属于瘤胃菌科(Ruminococcaceae)梭菌第四簇(Clostridium IV)的一个新种;从酶水平上,提出了乳酸合成己酸的代谢途径,即乳酸氧化合成乙酰辅酶A,并释放出能量NADH,微生物通过碳链延长过程,在丁酰辅酶转移酶等一系列酶的催化下,将乙酰辅酶A与乙酸进行缩合,合成丁酸,再经己酰辅酶A转移酶等的催化作用,将乙酰辅酶A与丁酸缩合而合成己酸;将该菌株被应用于含乳酸废水的资源化处理,批式试验表明,己酸的最大产率可达到5.29g/L/d,比之前的报道提高了78.1%。该研究在废弃物资源化合成己酸的研究领域具有重要的学术意义和实用价值。

      相关研究成果近日发表在Biotechnology for Biofuels上。研究工作获得了国家自然科学基金、中国科学院青促会人才项目和中国科学院环境与应用微生物重点实验室开放课题的资助。

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    • 编译者:changjiang
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    • 野外生态调查费时费力,一次甚至若干次的野外调查几乎不可能彻底把研究地区里面所有的角落进行无间隙覆盖。而且很多时候,能进行野外调查的样点常常需要考虑研究物种的生境偏好与周围环境条件的限制。 样线调查法可能是比较经济的生物多样性调查手段,经常用在植物、两栖爬行动物、鸟类兽类等几乎所有高等生物类群的调查当中。但是样线设计如上所述需要考虑环境的限制性和物种的生境特异性,往往实际的调查取样过程呈现非随机性,这在生态调查中是希望能尽量避免的。如何评估样线调查的非随机性,并利用带时间先后顺序的样线调查结果来评估群落水平上的物种共存式样,目前还没有解决方案。 中国科学院成都生物研究所陈有华研究员联合江建平研究员、台湾中兴大学沈宗荏教授、美国著名生态学家Richard Condit和Stephen P. Hubbell(群落生物多样性中性理论的奠基人), 首次提出利用一种马尔科夫转移矩阵模型来刻画带有时间先后次序的样线调查生态数据,该模型的参数可以用在走样线的过程中先后遇到同样一个物种的个体的概率(称之为同种个体相遇指数)进行很好地估计。同时,该同种个体相遇指数可以非常好地评估区域水平上群落水平多物种的共存分布式样。该指数计算简单,甚至可以直接手算,不需要用到计算机,其相关统计属性亦被较彻底地研究。利用该指数分析巴拿马热带森林大样地数据、西南山地和越南两栖动物调查数据,结果显示,热带森林中的物种共存并没有呈现想象中的高聚集程度(与团队在Ecology的先期工作相吻合)。而与之相反,两栖动物在空间上呈现高聚集的分布式样。 该研究成果以Inferring multi-species distributional aggregation level from limited line transect-derived biodiversity data为题,在生态学与进化生物学方法论国际知名期刊、英国生态学学会期刊Methods in Ecology and Evolution (2年IF:6.363;5年IF:9.881)正式接受刊出。研究得到了院B类战略性先导科技专项(XDB31000000)、国家重点研发计划(2017YFC0505202)与院相关人才计划项目的联合支持,博士研究生黄文忠与石胜超参与了部分的研究工作。
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    • 来源专题:生物育种
    • 编译者:姜丽华
    • 发布时间:2023-04-21
    • 灵芝是具有2000多年药用历史的传统中药。各大中药典籍将其奉为上品,称其具有“久食轻身不老、延年”的功效。而对于现代天然药物研究来说,活性物质的挖掘无疑是最重要的方法。灵芝杂萜(Ganoderma meroterpenoids, GMs)是灵芝中一类具有混合生源的天然产物,其结构是由来源于莽草酸途径的1,2,4-三取代苯基和来源于甲戊二羟酸途径的萜类片段构成。萜类片段的进一步氧化、环化、重排、偶合和二聚形成了结构丰富的灵芝杂萜,从而引起了药理学家和合成化学家的广泛关注。   中国科学院昆明植物研究所邱明华研究团队长期进行灵芝新颖功能成分的结构及其活性的研究,在灵芝萜类化合物及调控脂质生成、抗炎、抗阿尔兹海默症等方面取得了系列进展(Bioorganic Chemistry, 2020, 104: 104263;Organic Chemistry Frontiers, 2021, 8; 3381; Bioorganic Chemistry, 2021, 116: 105338; Bioorganic Chemistry, 2021, 112: 104977; Chinese Journal of Chemistry, 2022, 40: 2633; Bioorganic Chemistry, 2023, 132: 106375)。   最近从树舌灵芝中获得一对含有复杂6/5/5/6/5/6-稠合多环骨架的新颖灵芝杂萜(±)-spiroganoapplanin A,通过变温实验、X-单晶衍射和计算ECD的方法确定了其复杂的立体结构。活性实验证明该化合物能够通过抑制BACE1,CDK5和GSK3β所调节的通路减少Aβ淀粉样蛋白的产生和抑制Tau蛋白的磷酸化,显示出抗阿尔兹海默症的潜力。该研究结果发表在天然药化主流期刊Organic Chemistry Frontiers上。   另外,基于灵芝杂萜的HPLC-UV-MS特征,定向从树舌灵芝(G. applanatum)中获得五对结构新颖的杂萜二聚体,(±)-applanmerotic acid A和(±)-applandimeric acids A-D,以及结构中含有复杂的2-酮-螺[呋喃[3,2-b]苯并呋喃-3,2′-萘]核心片段的applanmerotic acid B。其生源的推导发现多环片段的构建与特征的Diels-Alder反应有关。体外细胞实验证明了(±)-applandimeric acid D具有抑制FPR2受体的活性,并通过分子对接阐明了该化合物的作用位点。同时,(±)-applandimeric acid D可激活AMPK信号通路抑制PPAR-γ、C/EBP-β、FABP4和FAS的表达,从而抑制脂质的生成。该系列研究发表在国际期刊Organic Chemistry Frontiers和Bioorganic Chemistry上。   该研究团队于2018年在Natural Products Bioprospecting上首次发表了关于灵芝杂萜的综述,从结构特点、来源、药理活性等方面系统综述了2013-2018年间发表的135个灵芝杂萜。近5年来,灵芝杂萜研究取得了快速发展,200多个新颖结构及其药理活性被陆续报道,部分结构新颖的灵芝杂萜被全合成或半合成。因此更新灵芝杂萜的研究进展,为杂萜研究提供新视角十分必要。基于此,该研究团队近期在天然产物研究领域国际顶级期刊Natural Product Reports上在线发表了题为Structural diversity, hypothetical biosynthesis, chemical synthesis, and biological activity of Ganoderma meroterpenoid的综述论文。   该综述总结了2018-2022年间报道的200多个新灵芝杂萜中142个代表性的结构。同时,根据这些杂萜的结构特征和生物合成关系将其分为六种类型。考虑到目前尚无关于灵芝杂萜生物合成的报道,研究人员提出了灵芝杂萜可行的生物合成途径,以期为生物合成研究提供新的思路。另外,一些有趣的灵芝杂萜的化学合成,如具有旋转门式骨架的lingzhiol,含有独特的刚性methanobenzo[c]oxocino[2,3,4-ij]isochromene的cochlearoid B,具有罕见的二氧环戊二烯基片段的applanatumol B,具有顺式6/6环的cochlearoid A,具有4/5/6/6/6-稠合五环结构的cochlearol B,以及含有6/6/5-稠合三环骨架的applantuumols X和Y被全面总结。这些新型骨架的构建包括[3 + 2]环加成反应、环氧-芳烃环化和内酯生成、串联重排/还原/内酯化、Friedel-Crafts环化、Michael加成、Suzuki-Miyaura交叉偶联和酸促Prins环化级联等,为复杂结构以及类似结构的合成奠定基础。进一步对灵芝杂萜在抗糖尿病、保护肝脏、抗心血管疾病、抗脂肪生成、保护肾脏、抗阿尔茨海默症、抗炎等方面的研究进展进行总结,指出灵芝杂萜在治疗代谢性疾病方面具有重要潜力。最后,研究人员通过深度分析灵芝在药物研究中的现状,提出了灵芝杂萜在生物合成研究方面的必要性和存在的难点。        昆明植物研究所彭惺蓉副研究员为论文第一作者和通讯作者,邱明华研究员为通讯作者,德国马普化学生态所Sybille B. Uniscker教授和Jonathan Gershenzon教授参与了该综述工作。该研究得到了云南省科技厅基础研究面上项目(No. 202001AT070070, 202301AT070332)和中国科学院“青年创新促进会”项目(No.2019383)的资助。