《SARS-CoV-2表面S蛋白第614位氨基酸变异分析》

  • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
  • 编译者: hujm
  • 发布时间:2020-06-15
  • 华中科技大学同济医学院在Genes&Diseases发表论文“Amino acid variation analysis of surface spike glycoprotein at 614 in SARS-CoV-2 strains”。
    识别SARS-CoV-2病毒中氨基酸的变化有助于了解其特征,文章研究了从Nextstrain数据库获取的来自32个国家的489个SARS-CoV-2基因组,并通过对614位点表面刺突蛋白(S蛋白)的分支、国家和基因型进行了系统发育树分析。我们发现中国大陆的病毒株主要分布在系统发育树B支或未明确的分支中,很少分布在A支,而A2(1例)和A2a(112例)主要来自欧洲地区。进一步分析表明,S蛋白在614位点(QHD43416.1:p.614D>G)的变化是A2和A2a分支的特征,这种变异被预测对S蛋白的功能有中性或良性的影响,并且两种S蛋白的全局质量估计数和3D蛋白结构往往不同。

  • 原文来源:https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2352304220300714
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    • 编译者:xuwenwhlib
    • 发布时间:2020-06-03
    • 信息名称:SARS-CoV-2表面S蛋白第614位氨基酸变异分析 1.时间:2020年6月2日 2.机构或团队:华中科技大学同济医学院 3.事件概要: 华中科技大学同济医学院在Genes&Diseases发表论文“Amino acid variation analysis of surface spike glycoprotein at 614 in SARS-CoV-2 strains”。 识别SARS-CoV-2病毒中氨基酸的变化有助于了解其特征,文章研究了从Nextstrain数据库获取的来自32个国家的489个SARS-CoV-2基因组,并通过对614位点表面刺突蛋白(S蛋白)的分支、国家和基因型进行了系统发育树分析。我们发现中国大陆的病毒株主要分布在系统发育树B支或未明确的分支中,很少分布在A支,而A2(1例)和A2a(112例)主要来自欧洲地区。进一步分析表明,S蛋白在614位点(QHD43416.1:p.614D>G)的变化是A2和A2a分支的特征,这种变异被预测对S蛋白的功能有中性或良性的影响,并且两种S蛋白的全局质量估计数和3D蛋白结构往往不同。 4.附件: 原文链接:https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2352304220300714
  • 《康奈尔大学等研究SARS-CoV-2刺突蛋白的蛋白水解切割和新型S1 / S2位点的作用》

    • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2020-06-12
    • Cell Press旗下iScience期刊于5月28日发表了康奈尔大学和巴黎萨克雷大学的研究文章“Proteolytic cleavage of the SARS-CoV-2 spike protein and the role of the novel S1/S2 site”。 文章指出,SARS-CoV-2的起源与蝙蝠中的B族β-冠状病毒SARS-CoV和SARS相关的冠状病毒有关。SARS-CoV-2基因组的早期特征表明,刺突(S)蛋白中存在明显的4个氨基酸插入(SPRRAR↓S),位于S1受体结合亚基和S2融合亚基之间的界面处的S1 / S2位点处。文章表示,值得注意的是,该插入片段似乎是SARS相关序列之间的区别特征,并为蛋白酶弗林蛋白酶引入了潜在的切割位点。在该文章中,研究人员利用生化肽裂解测定法测试了一系列可能参与刺突蛋白加工的蛋白酶,即前蛋白转化酶弗林蛋白酶和PC1、胰蛋白酶和II型跨膜丝氨酸蛋白酶(TTSP)、组织蛋白酶B和L,结果发现,弗林蛋白酶可以切割SARS-CoV-2,但不切割SARS-CoV。然而,除了弗林蛋白酶,其他蛋白酶也比SARS-CoV更容易切割SARS-CoV-2。文章表示,获得4个氨基酸的插入片段可将SARS-CoV-2 S1 / S2裂解位点的活化蛋白酶库显着拓宽至已知可能激活冠状病毒S蛋白的所有主要蛋白水解酶类别。研究人员调查了这种新型的S1 / S2裂解位点的潜在作用,并为各种蛋白酶的蛋白水解过程提供了直接的生化证据。研究人员在SARS-CoV-2的起源、病毒稳定性和传播的背景下讨论了这些发现。研究人员还建议,SARS-CoV-2 S1 / S2切割位点可能是由H9流感病毒的突变/重组引起的,而不是由H7和H5 HPAI中发现的更广泛的多碱基位点的聚合酶滑移引起的。术语“多碱基位点”是针对SARS-CoV-2的误称。文章指出,最近发现的与SARS-CoV-2密切相关的蝙蝠冠状病毒(BatCoV-RmYN02)加强了这一概念,该冠状病毒具有扩展的S1 / S2裂解环,缺少其他基本残基(SPAAR↓S)。BatCoV-RmYN02代表了SARS-CoV-2出现的良好候选者,缺乏弗林蛋白酶切割位点并可能利用独特的受体,但提供了SARS-CoV-2天然来源的证据。 文章百世,需要进一步研究以鉴定导致SARS-CoV-2出现的前体序列,并阐明该病毒获得其独特的S1 / S2位点的进化机制。