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《SARS-CoV-2表面S蛋白第614位氨基酸变异分析》

  • 来源专题：生物安全知识资源中心 | 领域情报网
  • 编译者： hujm
  • 发布时间：2020-06-15

  • 华中科技大学同济医学院在Genes&Diseases发表论文“Amino acid variation analysis of surface spike glycoprotein at 614 in SARS-CoV-2 strains”。
    识别SARS-CoV-2病毒中氨基酸的变化有助于了解其特征，文章研究了从Nextstrain数据库获取的来自32个国家的489个SARS-CoV-2基因组，并通过对614位点表面刺突蛋白(S蛋白)的分支、国家和基因型进行了系统发育树分析。我们发现中国大陆的病毒株主要分布在系统发育树B支或未明确的分支中，很少分布在A支，而A2（1例）和A2a（112例）主要来自欧洲地区。进一步分析表明，S蛋白在614位点（QHD43416.1:p.614D>G）的变化是A2和A2a分支的特征，这种变异被预测对S蛋白的功能有中性或良性的影响，并且两种S蛋白的全局质量估计数和3D蛋白结构往往不同。

  • 原文来源：https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2352304220300714
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  • 《6月2日_SARS-CoV-2表面S蛋白第614位氨基酸变异分析》
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    • 编译者：xuwenwhlib
    • 发布时间：2020-06-03
    • 信息名称：SARS-CoV-2表面S蛋白第614位氨基酸变异分析 1.时间：2020年6月2日 2.机构或团队：华中科技大学同济医学院 3.事件概要： 华中科技大学同济医学院在Genes&Diseases发表论文“Amino acid variation analysis of surface spike glycoprotein at 614 in SARS-CoV-2 strains”。 识别SARS-CoV-2病毒中氨基酸的变化有助于了解其特征，文章研究了从Nextstrain数据库获取的来自32个国家的489个SARS-CoV-2基因组，并通过对614位点表面刺突蛋白(S蛋白)的分支、国家和基因型进行了系统发育树分析。我们发现中国大陆的病毒株主要分布在系统发育树B支或未明确的分支中，很少分布在A支，而A2（1例）和A2a（112例）主要来自欧洲地区。进一步分析表明，S蛋白在614位点（QHD43416.1:p.614D>G）的变化是A2和A2a分支的特征，这种变异被预测对S蛋白的功能有中性或良性的影响，并且两种S蛋白的全局质量估计数和3D蛋白结构往往不同。 4.附件： 原文链接：https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2352304220300714
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  • 《Cell：对SARS-CoV-2刺突蛋白变体D614G的结构和功能分析》
    • 来源专题：生物安全知识资源中心 | 领域情报网
    • 编译者：hujm
    • 发布时间：2020-09-25
    • 自2019年12月8日以来，中国湖北省武汉市报告了几例病因不明的肺炎。大多数患者在当地的华南海鲜批发市场工作或附近居住。在这种肺炎的早期阶段，严重的急性呼吸道感染症状出现了，一些患者迅速发展为急性呼吸窘迫综合征 （acute respiratory distress syndrome, ARDS）、急性呼吸衰竭和其他的严重并发症。2020年1月7日，中国疾病预防控制中心（China CDC）从患者的咽拭子样本中鉴定出一种新型冠状病毒，最初被世界卫生组织（WHO）命名为2019-nCoV。大多数2019-nCoV肺炎患者的 症状较轻，预后良好。到目前为止，一些患者已经出现严重的肺炎，肺水肿，ARDS或多器官功能衰竭和死亡。 新型冠状病毒SARS-CoV-2导致2019年冠状病毒病（COVID-19），如今正在全球肆虐。疫苗是控制大流行迫切需要的必要对策。目前还没有针对SARS-CoV-2的人类疫苗，但大约有120种候选疫苗正在研发中。 SARS-CoV-2与另外两种密切相关的高致病性病毒SARS-CoV和 MERS-CoV同属冠状病毒科β冠状病毒属。SARS-CoV-2有一个大小为30kb的正义、单链RNA基因组。它的核衣壳蛋白（N）和由膜蛋白（M）、包膜蛋白（E）以及刺突蛋白（S）组成的外膜包覆着它的基因组。 与SARS-CoV一样，SARS-CoV-2的S蛋白通过受体结合结构域（RBD）与它们共同的受体血管紧张素转换酶2（ACE2）结合，介导病毒进入宿主细胞。在此之前，科学家们已经证实，SARS-CoV和MERS-CoV的RBD包含主要的构象依赖性中和表位，并能够在免疫动物中引起强效的中和抗体，因而是有希望的疫苗开发靶标。 SARS-CoV-2刺突蛋白（S蛋白）变体D614G在全球范围内取代了祖先病毒，并且在几个月内达到了接近固定化的程度。 在一项新的研究中，来自美国马萨诸塞大学医学院、哈佛大学、赛默飞世尔科技公司和再生元制药公司的研究人员发现D614G在人类肺细胞、结肠细胞以及在通过异位表达人类ACE2或来自各种哺乳动物（包括中华菊头蝠和马来亚穿山甲）的ACE2同源物而允许被病毒感染的细胞上，比它的祖先病毒更具感染力。相关研究结果于2020年9月15日在线发表在Cell期刊上，论文标题为“Structural and Functional Analysis of the D614G SARS-CoV-2 Spike Protein Variant”。 D614G没有改变S蛋白的合成、加工或整合到SARS-CoV-2病毒颗粒中，但由于较快的解离速度，D614G对ACE2的亲和力降低。 通过低温电子显微镜对S蛋白三聚体的评估表明，D614G破坏了S蛋白的原聚体（protomer）之间的接触，使得S蛋白的构象转向能够结合ACE2的状态，这被认为是病毒颗粒与靶细胞膜融合的途径。与这种更开放的构象相一致的是，靶向S蛋白受体结合结构域（RBD）的抗体的中和效力并没有减弱。
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