国家水电可持续发展研究中心作为国家能源主管部门的技术服务和咨询机构，通过总结中国水电开发的经验教训和借鉴国际经验，开展水电可持续发展的理论、技术和管理研究，提升中国水电开发的可持续发展水平，为国家能源主管部门和水电开发部门提供技术和管理建议，从而促进我国水电开发与生态环境保护的协调发展，促进水电能源的可持续开发，同时为世界水电可持续发展贡献中国作为发展中国家重要代表的实践经验。
开展水电可持续发展研究的目标是：进行水电可持续发展相关的理论、技术和机制研究，为国家和行业管理部门提供全面的技术支撑，促进我国水电开发技术可行、经济合理、环境友好和社会可接受的综合目标的实现，为缓解我国能源紧张状况作出贡献。
中心主要任务包括：1开展水电可持续发展的理论、技术和管理机制研究；2开展水电工程生态环境问题专项研究；3研究鼓励水电可持续发展的政策；4水电工程移民法规、管理及技术研究与交流；5促进绿色水电认证制度的建立、实施；6组织实施水电可持续发展的培训推广工作；等。
研究中心为设在依托单位中国水利水电科学研究院的事业性质机构，实行事业单位企业化管理模式。依托单位划拨自筹资金、土地、房产、设备、基础设施等提交“中心”使用。国家发改委划拨资金作为“中心”启动资金，主要用于购置科研开发设备和人才引进。“中心”建成后成为自主经营、自负盈亏、充满生存与发展活力的科技型经济实体。在“中心”运行过程中，各成员单位经济利益关系以“经济合同”方式确定。
研究中心设立管理委员会和技术委员会，成员由国家能源管理部门、水电开发行业部门、国内水电企业和相关领导和专家组成。中心管理将充分利用“中心”依托单位的技术和设备优势，发挥“中心”管理委员会和技术委员会的指导作用，建立技术成果资源共享平台。
国家水电可持续发展研究中心将作为我国水电可持续发展的研究平台和对外窗口，全面客观总结我国水电开发对生态、经济和社会的实际影响以及相应的措施，提高我国水电工程生态环境保护的技术和管理水平，从而促进我国水电开发国际影响力的全面提升。
