福建省水产研究所1957年成立于厦门鼓浪屿，其前身为福建省水产实验所，它是该省历史上第一个水产科研机构，建所40多年来，主要从事海洋与渔业应用基础研究和为社会提供公共技术服务。目前已拥有了一支较强从事海洋与渔业研究的科研技术队伍。
内设研究机构：海水增养殖研究室、水产病害防治与生物技术研究室、水产品加工与利用研究室、渔业资源保护与利用研究室、渔业环境研究室、渔业工程技术研究室、信息研究室。
中心与检测站4个：
目前已建有：福建省水产养殖生物病害防治中心（农业部和世界银行贷款）、福建省渔业环境监测站（获农业部首批《渔业污染事故调查鉴定资格证书》）、福建省水产品质量监督检验站（以上两站均通过福建省技术监督局计量评审与认证）、东海区渔业资源动态监测网福建省监测站。并拥有一批较为先进的仪器设备，为社会提供公共技术服务。
中试基地2个：
福建省海水鱼类苗种繁育科研中试基地和鼓浪屿水产试验场。
其中：1996年省科技厅立项建立的“福建省海水鱼类苗种繁育科研中试基地”，成为“九五”期间我省十大科研中试基地之一。2002年又成为该省三大海水鱼类优良品种场之一。
主要科研成果：
作为福建省水产业发展科技支撑力量的主力军，自建所以来，紧紧围绕着渔业生产中出现的重大技术难题，开展应用基础研究和为社会提供公共技术服务，为推动我省渔业技术进步、加强渔业科技支撑做了大量的工作，并在技术研究和社会服务实践中形成了自己的学科特色与优势。
在改革开放前20年（1957～1978年）中，共承担或参与承担并完成国家、省部级下达的各类研究课题（项目）270余项，绝大部分研究成果达到国内先进或领先水平，并在渔业生产上推广应用，为该省渔业生产增值10多亿元。
改革开放25年以来，该所的水产科研进入了新的发展时期，累计承担或为主承担并完成国家、省部级下达的课题（项目）达297项，绝大部分都取得突破性成果，达到国内或国际先进水平。其中获省部级科技进步一、二等奖的有21项，三等奖的有37项。综合科研能力已达到一个新的水平，并在深入开展应用基础研究和社会公益性服务，推动渔业科技进步方面，积累了丰富的经验。
