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《2020年夏季SARS-CoV-2 变异体在欧洲传播与旅行有关》

  • 来源专题：新发突发疾病（新型冠状病毒肺炎）
  • 编译者： 蒋君
  • 发布时间：2021-06-17

  • 瑞士和美国的学者研究了2020年夏季SARS-CoV-2变异体在欧洲的传播情况并发表在2021年6月7日的Nature期刊上[2]。通过病毒基因组序列的系统发育分析可以对严重急性呼吸系统综合症冠状病毒 2 (SARS-CoV-2)的传播进行详细跟踪。2020年初边境关闭之前，该病毒在在全球传播，此后洲际旅行大为减少。然而2020年夏天欧洲境内的旅行恢复。研究人员报告了一种新型 SARS-CoV-2 变体 20E (EU1)，这种变体在初夏的西班牙出现，随后传播到整个欧洲。没有证据表明该病毒的传播性增加，然而研究发现旅行恢复以及缺乏有效筛查可能是变异成功的原因，并导致西班牙发病率上升。尽管旅行受到限制，但研究人员估计夏季旅行者将 20E (EU1) 带入欧洲国家数百次，这可能会破坏当地新冠疫情的状况。基因学监测对于了解旅行如何影响 SARS-CoV-2 传播至关重要，从而在旅行恢复时为未来的抑制疫情的策略提供信息。

  • 原文来源：;https://www.nature.com/articles/s41586-021-03677-y
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相关报告

  • 《欧洲新冠病毒变异体传播与旅行有关》
    • 来源专题：新发突发疾病（新型冠状病毒肺炎）
    • 编译者：蒋君
    • 发布时间：2021-06-11
    • 英国《自然》杂志8日在线发表一项流行病学研究，瑞士科学家称，从2020年6月开始欧洲旅行的恢复促成了新冠病毒的一个新变异体在夏季快速传播。这项研究指出，这个被认为出现在西班牙的新变异体20E（EU1），被夏季旅行者数百次引入欧洲各国。尽管该变异体并未显示出传播性增加，但这些发现表明旅行如何促进变异频率，并强调了恢复旅行时基因组监测和防控策略的重要性。 基因组测序包括读取病毒的完整遗传密码，通过研究新冠肺炎确诊病患的整个病毒基因组，科学家可以更好更快地了解病毒的传播方式、变化情况及是否有不同毒株出现，因此自新冠肺炎疫情暴发以来，基因组测序技术发挥了不可替代的作用。目前，新冠病毒几乎都在通过病毒基因组测序被实时追踪，同时该方法还能监测到新变异体的出现。 瑞士伯尔尼大学流行病学研究人员艾玛·霍德克罗夫特及其同事此次报告称，2020年初夏西班牙检测到一个新变异体，后来在欧洲传播开来。这一变异体名为20E（EU1），在病毒突刺蛋白区域（介导病毒进入宿主细胞的结构）有一处突变。但这一突变对传播性似乎没有明显影响。 为了确定该变异体如何成为2020年秋季欧洲新冠疫情的主要来源，研究团队此次追踪了它的演化历史（系统发育）。他们的分析表明20E（EU1）7、8月间在西班牙最为流行，但到了8月底，许多欧洲国家都发现了该变异体。 研究人员分析的“系统发育树”表明，该变异体从西班牙多次输出，进入其他国家的模式与旅行数据预测一致。许多欧盟国家在6月中恢复了旅行，在7、8月份达到高峰，与西班牙20E（EU1）流行高峰吻合。鉴于此，科学家们提出，许多欧洲国家重新出现病例，部分缘于国际旅行和防控检疫不足。 科学家们总结并强调，随着旅行的恢复，需改进防控策略、降低变异株传播风险，才能帮助各国保持低水平的新冠病毒传播。
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  • 《Science：揭示SARS-CoV-2在欧洲和北美的传播》
    • 来源专题：生物安全知识资源中心 | 领域情报网
    • 编译者：hujm
    • 发布时间：2020-09-21
    • 在一项新的研究中，来自美国、英国、加拿大和比利时的研究人员将来自冠状病毒样本的进化基因组学数据与计算机模拟的流行病学数据和详细的旅行记录相结合，以前所未有的细节重建冠状病毒SARS-CoV-2在世界各地的传播。相关研究结果于2020年9月10日在线发表在Science期刊上，论文标题为“The emergence of SARS-CoV-2 in Europe and North America”。这些研究结果表明，在加强检测和接触者追踪可能阻止SARS-CoV-2在北美和欧洲建立的过程中，一个长时间的机会期错过了。 这篇论文还挑战了将今年1月份各大洲最早的已知COVID-19病例与数周后检测到的疫情爆发联系起来的建议，并提供了有价值的见解，可以为公共卫生响应提供信息，并有助于预测和预防未来COVID-19和其他人畜共患病的爆发。 论文共同通讯作者、亚利桑那大学研究员Michael Worobey说，“我们的愿望是开发和应用强大的新技术，在全球范围内对疫情如何在空间和时间上传播进行明确的分析。在此之前，科学、社交媒体和数量空前的等着同行评审的预印本文章的大杂烩中充斥着各种各样的可能性。” 这些研究人员的分析基于病毒基因组测序工作的结果，测序工作是在这种冠状病毒被识别后立即开始的。这些工作迅速发展成为规模和速度都前所未有的世界性努力，并产生了数以万计的基因组序列，并在数据库中公开。 这些研究人员发现，与广泛流传的说法相反，第一批记录在案的从中国到美国和欧洲旅行的感染者并没有滚雪球般地变成整个大陆范围内的疫情爆发。相反，旨在追踪和遏制这些病毒最初入侵的迅速和果断的措施是成功的，并应作为指导政府和公共卫生机构未来行动和政策的示范反应。 今年1月15日，一名从中国武汉飞抵西雅图的中国公民成为美国第一个被证明感染新型冠状病毒的患者，也是第一个进行SARS-CoV-2基因组测序的患者。这名患者被命名为“WA1”。直到六周后，美国华盛顿州又发现了几例。 Worobey说，“当所有这些时间过去的时候，每个人都不知道发生了什么事。我们希望我们没事，我们希望没有其他病例，但是从西雅图一个引人注目的社区病毒取样项目中，我们可以清楚地看到，华盛顿的病例更多，而且它们在基因上与WA1携带的病毒非常相似。” Worobey和他的合作者测试了一个流行的假设，即WA1患者已引发了一个在6周内没有被发现的聚集性传播。他们认为，尽管在2月和3月采样的病毒基因组与WA1携带的病毒有相似之处，但它们的不同之处足以使得WA1引发随后的疫情的想法是非常不可能的。 这些研究人员说，密集的干预措施，包括检测、接触者追踪、隔离措施和感染者的高度依从性，帮助德国和美国西雅图地区在1月份控制了这些疫情，其中这些感染者及时向卫生当局报告了自己的症状并进行了自我隔离。 Worobey说，“我们认为，这些措施造成了一种局面，使最初的火花能够被成功地扑灭，防止进一步扩散到社区。这告诉我们，在这些情况下采取的措施是非常有效的，应该成为未来应对有可能升级为世界性大流行病的新兴疾病的蓝本。” 为了重建这次大流行的传播，这些研究人员运行了计算机程序，仔细模拟了SARS-CoV-2的流行病学和进化，换句话说，这种病毒如何随着时间的推移进行传播和突变。 Worobey说，“这让我们可以一遍又一遍地重复播放疫情如何蔓延的录像，然后把模拟中出现的情景与我们在现实中看到的模式进行对比。” 他说，“就华盛顿病例而言，我们可以问，‘如果1月15日到达美国的WA1患者真地引发了疫情，该如何呢？’好吧，如果他真地如此，你一遍又一遍地复盘那次疫情，然后从那次流行病期间受感染的患者中获得病毒样品并以这种方式让这种病毒进化，你会得到了一个我们在现实中看到的模式吗? 答案是否定的。” 他说，“如果你把意大利早期的疫情与德国的疫情结合起来，你看到进化数据中的模式了吗?答案还是否定的。” 论文共同通讯作者、加州大学圣地亚哥分校的Joel Wertheim说，“通过模拟重新运行SARS-CoV-2引入美国和欧洲的过程，我们发现，首次记录的病毒引入这些地区导致高效的聚集性传播的可能性很小。分子流行病学分析对于揭示SARS-CoV-2的传播模式是非常强大的。” 随后，其他方法与虚拟流行病的数据相结合，产生了极其详细的结果。论文共同通讯作者、加州大学洛杉矶分校的Marc Suchard说，“这项研究的关键在于，我们的新工具结合了详细的旅行史信息和系统发育学，系统发育学产生一种‘家族树’，可显示从感染者身上取样的不同病毒基因组是如何相互关联的。” Worobey说，“我们的研究发现当你做好早期干预和检测时，它可以产生巨大的影响，无论是对预防流行病还是对控制流行病的进展。虽然疫情最终得以蔓延，但早期的胜利为我们指明了前进的道路：全面检测和病例识别是强有力的武器。”
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