《海洋试点国家实验室在蛋白构象变化与抗病毒防御研究领域取得重要突破性进展》

  • 来源专题:中国科学院文献情报系统—海洋科技情报网
  • 编译者: liguiju
  • 发布时间:2020-09-18
  • 2020年8月,国际学术期刊Cell Res(《细胞研究》)在线发表了题为“A virus-induced conformational switch of STAT1-STAT2 dimers boosts antiviral defenses(病毒诱导的STAT1-STAT2二聚体构象转换增强了抗病毒防御能力)”的研究论文。该论文是由海洋试点国家实验室海洋创新药物筛选与评价平台杨金波教授团队与美国克利夫兰医学中心Stark院士团队合作共同完成。

    该研究使用电子显微镜,发现缺乏活化的酪氨酸磷酸化的U-STAT2与U-STAT1形成异源二聚体,呈非活性、反平行构象。T404上新的STAT2磷酸化通过破坏U-STAT1-U-STAT2二聚体,促进STATs 1和2的酪氨酸磷酸化并增强ISGF3的DNA结合能力来促进IFN-1信号传导。被病毒感染激活的IKK-ε直接使T404磷酸化。在相应残基(T403)处具有T-A突变的小鼠对病毒感染高度敏感。总之,T404磷酸化驱动了关键的构象转换,通过增强感染细胞对IFN-I的反应,可以实现快速有效的抗病毒防御。

    新兴的病毒威胁不断挑战医疗保健系统,给全世界的国家和个人造成巨大损失。哺乳动物的先天免疫系统利用I型干扰素(IFN-I)家族作为抵御病毒以及其他类型有害微生物的第一道防线。在几乎所有细胞类型中,IFN-I都驱动IFN-I刺激基因(ISGs)的转录,其产物通过许多不同的机制干扰病毒感染的不同阶段。

    结合电子显微镜(EM)和生化分析,该研究证明了U -STAT1和U-STAT2以反平行构象(U-二聚体)组装,可抑制IFN-I依赖性信号传导。STAT2的T404的新型磷酸化特异性地破坏了U-二聚体,促进了对IFN-1的快速反应,大大增强了ISGs表达。

    研究发现,通过激活IKK-ε,病毒可以提高T404的磷酸化水平。进一步研究发现,磷酸化缺陷的T403A / T403A小鼠(对应于人类中的T404)由于对IFN-1的转录应答不足和延迟而严重损害了抗病毒防御能力。通过驱动U-STAT1-U-STAT2异二聚体的可诱导构象转换,T404磷酸化可实现更有效的抗病毒反应。通过使用这种机制,与未感染的细胞相比,被感染的细胞对IFN-I的反应更强,与未感染的IFN-I处理的细胞相比,在IFN-I处理的感染细胞中促进了更有效的抗病毒反应。

    该成果是海洋试点国家实验室药物平台杨金波团队继2020年6月在Proc Natl Acad Sci USA,PNAS(《美国科学院院刊》)发表“Loss of ZIP facilitates JAK2-STAT3 activation in tamoxifen-resistant breast cancer(ZIP的缺失激活JAK2-STAT3导致他莫昔芬耐药)”、7月在J. Hepatology(《肝病学杂志》)发表“Inhibition of IRAK4 kinase activity improves ethanol induced liver injury in mice(抑制IRAK4激酶活性可改善酒精诱发的小鼠肝损伤)”之后,在国际顶级期刊发表的又一篇重量级研究论文。杨金波教授团队在今年六、七、八月连续三个月各发表一篇国际顶刊研究论文,总影响因子超过50分,对国内外相关领域的研究产生了重要影响。

    通过生物医学基础研究发现疾病靶标及药物作用靶点,并建立相应的药物筛选模型及发现海洋创新药物,是海洋试点国家实验室药物平台的职责与功能定位。依托药物新靶点挖掘与新机制研究与创新能力,并将其应用于海洋创新药物筛选与成药性研究,对于推动“蓝色药库”建设具有重要意义。

    相关论文信息:https://www.nature.com/articles/s41422-020-0386-6

    相关引用信息:iNature: https://mp.weixin.qq.com/s/sUqWYlSi7z20PRB5xtT0Gg

  • 原文来源:http://www.qnlm.ac/page?a=5&b=2&c=247&d=1&p=detail
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    • 补体是宿主非特异性免疫的重要组成部分,在清除入侵病原菌中起到关键作用。然而,许多病原菌可抵抗补体的杀菌作用,称为血清抗性,为一种极其重要的病原性。血清抗性菌往往具有耐药性,故可同时逃避宿主血清补体和抗生素的双重杀菌作用,引起难以控制的感染。虽然血清抗性发现已有100余年的历史,但如何有效控制血清抗性病原菌尚不知道。 海洋试点国家实验室海洋生物学与生物技术功能实验室彭博教授课题组与中山大学彭宣宪和李惠课题组合作,开展血清抗性细菌代谢组学及其重编的研究,相关研究结果新近发表于Nature Communications。 基于前期在逆转细菌耐药性的研究中所创建的重编代谢组学理论和应用(Cell Metabolism,2015,21,249–261;Proc Natl Acad Sci USA,2018,115,E1578-E1587),课题组发现血清抗性菌最重要的代谢特征为甘氨酸-丝氨酸-苏氨酸代谢通路显著下调,采用外源甘氨酸、丝氨酸或苏氨酸重编细菌代谢组,可以大大提高对血清补体的敏感性,同时也可以提高对抗生素的敏感性。其主要机制为外源甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸促进三羧酸循环中α-酮戊二酸的积累,以抑制ATP合酶;同时高浓度甘氨酸抑制嘌呤通路合成ATP;使ATP合成的两条主要途径同时受到抑制,导致ATP生成下降;进而下调cAMP/CRP复合物,上调细菌外膜补体结合蛋白HtrE,NfrA和YhcD表达。高浓度的甘氨酸还可以增加质子动力势,促进血清补体与补体结合蛋白的结合,逆转血清抗性,实现血清补体高效杀菌(图1)。甘氨酸促进补体杀菌在人血清、小鼠血清、猪血清、鱼血浆和对虾血浆均获得相似结果,在BALB/c小鼠和Rag1-/-(无T-和B-细胞免疫)细胞缺陷小鼠体内也得到证实。该研究以模式大肠杆菌BW25113 K12为对象进行相关机制研究,对水产养殖重要病原菌弧菌、畜禽病原菌性大肠杆菌和人类病原菌大肠杆菌、铜绿假单胞菌、肺炎克雷伯菌和超级耐药菌耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)均具有相似效果。这些发现为控制人类和动物养殖病原菌感染提供了新的思路。 该研究不仅对解决百年难题取得突破性进展,而且在机制上有2个新发现:1)发现一条新的能量代谢调节通路:甘氨酸依次转化为α-酮戊二酸后,与ATP合酶结合,抑制该酶活性,证明代谢物反馈调节是稳定ATP和膜电位的重要机制。2)发现代谢物可以优于基因调控来主导物质代谢流向:甘氨酸通过GlyA和Kbl转化进入三羧酸循环和通过PurR转化进入嘌呤代谢;尽管此前研究表明purR负调控glyA,但高浓度的甘氨酸可以促进GlyA和Kbl的表达,使甘氨酸代谢流进入中心碳代谢而不进入嘌呤代谢。此外,PurR调节kbl以及glyA调节crp/CRP以及HtrE,NfrA,和YhcD是补体结合蛋白均未曾报道。 这一研究主要在蓝色粮仓科技创新重点专项(2018YFD0900501/4),基金委(U1701235,31822058,31770045,41276145)和“蓝色生命”重大成果培育支持计划的资助下完成。上述研究结果新近发表于Nat Commun2019;10:3325 https://doi.org/10.1038/s41467-019-11129-5。
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    • 来源专题:中国科学院文献情报系统—海洋科技情报网
    • 编译者:liguiju
    • 发布时间:2020-10-17
    • 近日,由海洋试点国家实验室“卓越科学家”、中国海洋大学 “筑峰人才工程”第一层次教授、海洋动力过程与气候功能实验室张绍晴教授首席领导和海洋试点国家实验室多位专家学者主导参与的高分辨率地球系统模式发展取得突破性进展,高分辨率(10公里海洋+25公里大气)通用地球系统模式(CESM)成功实现在国产众核“神威·太湖之光”机器上的算法改造和优化,这也标志着我国新型国产众核超算已完全具备与传统“多核同构”相同的大规模科学计算能力。 气候变化是当今全球发展面临的最复杂、最具挑战性的问题之一。通过对地球表面多圈层流体运动方程在超级计算机上进行离散编程形成的地球系统模式,可以对地球表面的气候状态进行数值模拟;用人类观测系统初始化后地球系统模式可以预报预测未来气候状态的演变。地球系统模式是地球气候科学研究的重要工具。地球系统模式中离散流体单元的大小,即分辨率,直接决定了它对现实世界的模拟能力和代表性;高分辨率地球系统模式的研发又直接受超级计算机(简称“超算”)能力的制约。传统计算机核芯架构的高能耗限制了超算性能的提升,用于大规模科学计算的超算发展已到了一个瓶颈阶段。我国自主设计生产的“神威·太湖之光”超算系统采用“众核异构”设计理念,芯片内部包含主核和从核两种核心架构,在大规模提升运算能力的同时,能合理控制系统能耗,符合当今节能减排科技发展的世界潮流。但主从核融合的异构芯片,给以包含数据依赖循环体为基本特征的科学计算带来极大的算法设计挑战。由海洋试点国家实验室国际高分辨率地球系统预测实验室(iHESP)、中国海洋大学、国家超级计算无锡中心、国家超级计算济南中心等多家单位的联合研究团队历经三年的努力,完成了高分辨率(10公里海洋+25公里大气)通用地球系统模式(CESM)(注:CESM是目前世界上最先进、使用最广泛的地球系统模式之一)在“神威·太湖之光”机器上的算法改造和优化,以及近千年的稳定积分和结果科学验证。这标志着新型的国产众核超算已完全具备与传统“多核同构”相同的大规模科学计算能力。 10公里海洋+25公里大气的高分辨率通用地球系统模式由大气、陆地表面、海洋、海冰和河流径流等诸多模块组成,能够直接模拟热带气旋、海洋涡及锋面等中小尺度大气海洋极端现象,从而提高对全球气候变化更加精细化的理解,进而提升我们对未来气候变暖背景中这些现象变异的预测能力。与低分辨率模式相比,高分辨率地球系统模式模拟出的年均热带气旋数量大幅度地提升了与观测数据的匹配度;在1950-2018年期间,全球平均每年观测到的热带气旋约为82个,目前广为使用的低分辨率模式仅模拟出平均每年23个,而我们的高分辨率模拟结果是每年85个。此外,模式在“神威·太湖之光”机器上模拟的热带气旋与厄尔尼诺-南方涛动等低频气候现象的相关关系,以及在全球变暖背景下热带气旋的地域变化性等,比低分变率模式模拟更符合理论预期,与客观世界中的观测表现更为一致。 地球系统科学正在实现从纯基础研究到基础研究与社会保障服务紧密结合的转变,为打造宜居地球作强有力的科学支撑和环境服务保障。这要求无论基础研究,还是环境保障的预警服务平台,都必须更关注高影响的中小尺度极端海洋大气现象,从机理揭示到过程再现都向更加精细化方向发展,模式的分辨率在这个过程中起着决定性的作用。高分辨率地球系统模式在国产众核“神威·太湖之光”机器上的算法改造和优化成功,是一个具有突破性意义的工作,为我国地球科学研究走高精度自主发展的道路进一步扫清了障碍。 上述突破进展近期由地学领域国际权威学术期刊Geoscientific Model Development(地球科学模式研发)以“Optimizing High-Resolution Community Earth System Model on a Heterogeneous Many-Core Supercomputing Platform”/“高分辨率通用地球系统模式在众核异构超级计算平台(神威·太湖之光)上的优化”为题在线报道,该成果由张绍晴教授领衔,清华大学付昊桓教授等来自国内多家合作单位的近50位研究者共同完成。 报道链接:https://gmd.copernicus.org/preprints/gmd-2020-18/