《Nature | 家族水平基因组揭示了鸟类演化的复杂性》

  • 来源专题:战略生物资源
  • 编译者: 李康音
  • 发布时间:2024-04-10
  • 2024年4月2日,浙江大学生命演化研究中心张国捷教授组织的国际万种鸟类基因组研究计划在在Nature 在线发表题为Complexity of avian evolution revealed by family-level genomes的研究论文。

    该研究覆盖了92%的现生鸟科代表物种,利用全基因组数据重新构建了现生鸟类系统发育树,建立了一套新的鸟类分类划分方案,改变了过去对鸟类演化历史的认识。

    该研究利用基因间区数据集重构鸟类系统发育关系,将包含了约95%现生鸟类物种的新鸟类被重新梳理为四个主要的演化分支,分别是奇迹鸟类(火烈鸟总目)、鸽鸨类、陆鸟类和元素鸟类。其中 “元素鸟类”是本研究中新确定的类群,包含了麝雉目、夜鹰目、鹤形目等类群。新的鸟类生命之树解决了主要代表鸟类类群一直悬而未决的演化地位问题。研究对鸟类系统发育树进行了更精准的推断,也为新鸟类在白垩纪末大灭绝事件之后发生物种大爆发的假说提供证据支持。

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    • 玉米是阐明转录网络的重要遗传模型。mRNA转录的完整结构的不确定性限制了对该系统的研究进展。本研究利用单分子测序技术,在6个组织中产生111151个转录,这些组织能获取约70%的玉米RefGen_v3基因组注释基因。很大比例的转录(57%)代表新型的,有时组织特异性,已知基因的亚型和3%对应于新基因位点。在其他情况下,确定的转录会改进现有的基因模型。平均在六个组织中,90%的剪接点由匹配组织的短读取维持。此外,我们确定了大量新型的长非编码RNA和融合转录,并发现DNA甲基化对产生不同亚型起重要作用。研究结果表明,玉米B73转录组的特性描述研究还远远没有完成,玉米的基因表达远比以前认为的更复杂。
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    • 编译者:李康音
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