《Science:揭示新冠病毒感染人体细胞新机制,为SARS-CoV-2从动物外溢到人类提供了线索》

  • 来源专题:生物安全知识资源中心—领域情报网
  • 编译者: hujm
  • 发布时间:2022-07-03
  • 在一项新的研究中,来自罗莎琳-富兰克林研究所和牛津大学等研究机构的研究人员发现2020年初出现的原始SARS-CoV-2毒株能够结合在人体细胞表面上发现的称为唾液酸的糖分子,不过后来出现的SARS-CoV-2毒株没有保留这种能力。这种结合是通过磁共振和极其精确的高分辨率成像发现的。相关研究结果于2022年6月23日在线发表在Science期刊上,论文标题为“Pathogen-sugar interactions revealed by universal saturation transfer analysis”。

    早期SARS-CoV-2毒株的这种独特能力也提出了一种可能性,即这是这种病毒首次从动物外溢到人类的方式。随后引起关注的SARS-CoV-2变体,如Delta和Omicron,不具备这种结合唾液酸的能力,而是依靠它们冠状刺突上的受体来附着在位于人类细胞表面上的称为ACE2的蛋白上。

    这些作者利用磁共振和复杂的成像技术进行了进一步调查。利用一种叫做饱和转移差(saturation transfer difference)的核磁共振(NMR)光谱技术,他们开发了一种新的、复杂的分析方法来解决这个复杂的问题。他们将该技术称为通用饱和转移分析(universal saturation transfer analysis, uSTA)。

    论文共同通讯作者、罗莎琳-富兰克林研究所和牛津大学的Benjamin G. Davis教授说,“SARS-CoV-2大流行的两个持续的谜团是这种病毒传播背后的机制和人畜共患外溢的起源。有证据表明,一些流感病毒可以结合人类宿主细胞表面上的唾液酸,这在中东呼吸综合征冠状病毒(MERS-CoV)中已经看到了。尽管令人关注的SARS-CoV-2变体没有显示出这种机制,但是我们的研究发现,2020年初出现的SARS-CoV-2毒株可以利用这一点作为进入人体细胞的方式。”

    这种结合机制是在SARS-CoV-2刺突蛋白N端结构域(N-terminal domain, NTD)的末端发现的,这是这种病毒进化更快的部分。该结构域以前被认为与唾液酸结合有关,但在这些作者进行高分辨率精确成像和分析之前,这一点还没有得到证实。

    至于为什么这种病毒在进化成新的变体时抛弃了这种糖结合功能,Davis教授假设,它可能是最初从动物外溢到人类的必要条件,但随后它可以被隐藏起来,直到再次需要它---特别是如果该功能广泛地不利于这种病毒在人类体内的复制和感染任务。

    这一发现与意大利的第一波证据相关。意大利基因组学协会观察到了COVID-19疾病的严重程度与遗传学之间的关联,因为携带一种特定基因突变---影响细胞表面上的唾液酸类型的突变---的患者在重症监护室中的比例很低。这表明与其他基因型相比,这种病毒更容易感染某些基因型。

    论文共同通讯作者、罗莎琳-富兰克林研究所所长James Naismith教授说,“通过我们的超高精度成像和新的分析方法,我们可以在SARS-CoV-2刺突蛋白的最末端观察到一种以前未知的结构。令人惊奇的是,我们的发现与意大利科学家们在第一波疫情期间注意到的情况相关,表明这在早期感染中起着关键作用。这种新技术可以被其他人用来揭示其他病毒结构,并回答极其详细的问题。”

    参考资料:

    Charles J. Buchanan et al. Pathogen-sugar interactions revealed by universal saturation transfer analysis. Science, 2022, doi:10.1126/science.abm3125.

  • 原文来源:https://news.bioon.com/article/a323e3087398.html
相关报告
  • 《Science:首次在分子水平上揭示SARS-CoV-2变体奥密克戎感染人体细胞机制》

    • 来源专题:生物安全知识资源中心—领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2022-02-10
    • 在一项新的研究中,来自加拿大英属哥伦比亚大学的研究人员对SARS-CoV-2变体奥密克戎(Omicron)的刺突蛋白进行了世界上首次分子水平的结构分析。这种分析是通过使用低温电镜在近原子分辨率下进行的,揭示了发生大量突变的奥密克戎如何附着和感染人体细胞。相关研究结构于2022年1月20日在线发表在Science期刊上,论文标题为“SARS-CoV-2 Omicron variant: Antibody evasion and cryo-EM structure of spike protein–ACE2 complex”。 论文通讯作者、英属哥伦比亚大学生物化学与分子生物学系教授Sriram Subramaniam博士说,“了解这种病毒刺突蛋白的分子结构非常重要,因为它将使我们在未来开发出针对奥密克戎和相关变体的更有效的治疗方法。通过分析这种病毒感染人体细胞的机制,我们可以开发出更好的治疗方法来破坏这一过程并中和这种病毒。” 位于冠状病毒外表面的刺突蛋白使SARS-CoV-2能够进入人类细胞。奥密克戎在它的刺突蛋白上发生了史无前例的37个突变,比以前的SARS-CoV-2变体多三到五倍。 对奥密克戎刺突蛋白的结构分析显示几个突变(R493、S496和R498)在这种刺突蛋白和称为ACE2的人类细胞受体之间产生了新的盐桥和氢键。这些作者得出结论:这些新的氢键似乎增加了结合亲和力---这种病毒如何强烈地附着在人体细胞上,而其他的突变(K417N)减少了这种氢键的强度。 Subramaniam博士说,“总的来说,这些研究结果表明奥密克戎比原始的SARS-CoV-2具有更大的结合亲和力,其水平与我们在Delta变体中观察到的更相近。尽管发生了如此广泛的突变,奥密克戎仍能保持它与人类细胞结合的能力,这一点非常值得关注。” 这些作者进行了进一步的实验,显示奥密克戎的刺突蛋白表现出更多的抗体逃避。与以前的变体相比,奥密克戎显示出对所有六种测试的单克隆抗体的可测量的逃避,而且完全逃避其中的5种抗体。该变体还显示出对从接种过疫苗的人和未接种过疫苗的COVID-19患者身上收集的抗体的逃避能力增强。 Subramaniam博士说,“值得注意的是,与未接种疫苗的患者自然感染产生的免疫相比,奥密克戎较难逃避因疫苗接种产生的免疫。这表明接种疫苗仍然是我们最好的防御手段。”基于观察到的结合亲和力和抗体逃避的增加,这些作者说刺突蛋白突变可能是导致奥密克戎传播性增加的因素。 接下来,Subramaniam博士说,他的研究团队将利用这一知识来支持开发更有效的治疗方法。“我们团队的一个重要的关注焦点是更好地了解中和抗体和治疗方法的组合使用,这种组合使用将对所有的SARS-CoV-2变体有效。” 参考资料: Dhiraj Mannar et al. SARS-CoV-2 Omicron variant: Antibody evasion and cryo-EM structure of spike protein–ACE2 complex. Science, 2022, doi:10.1126/science.abn7760.
  • 《Science:揭示基因CIITA诱导人细胞抵抗埃博拉病毒和SARS样冠状病毒感染机制》

    • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2020-08-28
    • 在一项新的研究中,来自美国弗吉尼亚梅森大学贝纳罗亚研究所、凯斯西储大学、波士顿大学医学院和MRIGlobal公司的研究人员发现了一种新的细胞保护途径,该途径靶向几种不同大流行病毒中的共同弱点。他们发现这种途径可以保护细胞免受埃博拉病毒和诸如SARS-CoV-2之类的冠状病毒感染。这些新发现使得人们更好地理解参与抵抗病毒感染的细胞机制,从而为治疗未来病毒性传染病提供参考。相关研究结果于2020年8月27日在线发表在Science期刊上,论文标题为“MHC class II transactivator CIITA induces cell resistance to Ebola virus and SARS-like coronaviruses”。 这项研究阐明了所发现的两个基因的全新作用,以及抑制病毒融合和进入人体细胞的独特方法,这使得我们离下一代抗病毒疗法更近了一步。这些研究人员利用转座子介导的基因激活筛选方法,寻找可以阻止埃博拉病毒感染的新基因。 这种新的筛选策略可作为发现针对其他危险病原体的抵抗机制的蓝本。利用这种策略,这些研究人员发现了基因CIITA(MHC class II transactivator,MHCII类反式激活蛋白)通过激活第二个基因CD74的表达,诱导人细胞系产生抵抗力。作为CD74的一种形式,p41破坏了称为组织蛋白酶(Cathepsin)的细胞蛋白酶对埃博拉病毒蛋白外壳上的蛋白的加工。这可以阻止这种病毒进入细胞和感染。p41还会阻断包括SARS-CoV-2在内的冠状病毒的组织蛋白酶依赖性进入途径。 论文通讯作者、弗吉尼亚梅森大学贝纳罗亚研究所首席研究员Adam Lacy-Hulbert博士说,“发现这些新的细胞保护途径对于理解我们如何破坏或改变病毒感染周期以触发更好地抵抗诸如埃博拉病毒和SARS-CoV-2之类的病毒是非常重要的。我们的新策略有助于我们找到传统基因筛查所忽略的机制。” 这些发现说明了以前被认为参与更传统的T细胞和B细胞介导的免疫反应的基因的新作用。比如,CIITA被理解为对免疫细胞之间的沟通非常重要,但之前并没有将它视为细胞抵御病毒感染的一种方式。 论文共同第一作者、凯斯西储大学病理学讲师Anna Bruchez博士说,“作为一名病毒学家,我感到兴奋的不仅是这对埃博拉病毒的意义,还有对其他病毒更广泛的影响。包括冠状病毒在内的许多病毒都使用组织蛋白酶来帮助它们感染细胞。幸运的是,当SARS-CoV-2出现时,我最近搬到了凯斯西储大学,并能够利用它的专业BSL3实验室来证明CD74途径也阻止了这种病毒的内体进入。因此,这种抗病毒机制可以对抗许多不同的病毒。” 论文共同作者、弗吉尼亚梅森大学贝纳罗亚研究所研究员Lynda M. Stuart博士说,“我们真地不了解阻断病毒感染的细胞机制,这限制了我们有效应对流行病的能力,包括今年的新冠冠状病毒疫情。我们真地需要能够阻断所有病毒的疗法,包括未知的未来病原体。要做到这一点,我们需要找到病毒攻击的共同途径,然后开发阻止这些漏洞的方法。我们的研究展示了一种可以通过改造细胞来实现这一点的方法,我们希望我们的新见解将为科学家门开发治疗方法和干预措施开辟新的途径,以治疗影响全世界数百万人生活的病毒性传染病。”