背景：免疫受损的人群中长期的SARS-CoV-2感染可能会预示或导致高度突变的变种的出现。对于使患者长期感染风险最高的免疫抑制类型尚未得到系统调查。旨在评估导致SARS-CoV-2感染持续时间延长及相关宿主内进化的风险因素。
方法：在这项多中心前瞻性分析中，参与者在美国的五家医疗中心进行了招募。符合条件的患者年龄在18岁及以上，过去14天内为SARS-CoV-2阳性，并且存在中度或严重的免疫受损情况或正在接受治疗。鼻腔标本每2-4周进行一次实时RT-PCR检测，直到连续标本呈阴性。阳性标本进行病毒培养和全基因组测序。使用Cox比例风险模型评估与感染持续时间相关的因素。
结果：从2022年4月11日至2022年10月1日，共有156名患者开始了招募过程，其中150名被纳入分析。参与者患有B细胞恶性肿瘤或抗B细胞疗法（n=18）、固体器官移植或造血干细胞移植（HSCT; n=59）、艾滋病（n=5）、非B细胞恶性肿瘤（n=23）以及自身免疫或自身炎症性疾病（n=45）。38（25%）名参与者在最初SARS-CoV-2检测或发病后21天或更长时间内仍为实时RT-PCR阳性，12（8%）名参与者在此时仍为培养阳性。与自身免疫或自身炎症性疾病组相比，患有B细胞功能障碍（调整后的风险比0.32 [95% CI 0.15–0.64]）、固体器官移植或HSCT（0.60 [0.38–0.94]）和艾滋病（0.28 [0.08–1.00]）的患者感染持续时间更长，定义为最后一次实时RT-PCR检测呈阳性的时间。而非B细胞恶性肿瘤组没有显著差异（0.58 [0.31–1.09]）。在实时RT-PCR阳性持续时间超过56天的五名个体中鉴定出共识de novo尖刺突变；其中23名中的14名（61%）位于受体结合域。在全球传播中，多名个体共享的突变很少（<5%）。
解释：在这个队列中，长期复制能力强的奥密克戎SARS-CoV-2感染并不常见。在宿主内进化速率在患者之间相似，但感染持续时间超过56天的个体积累了尖刺突变，这些突变与全球所见不同。高风险人群应接受定期检测和治疗，并监测抗病毒药物抵抗的出现。
