病毒感染是全球和欧洲肠胃炎的主要原因，也可能导致从人类肠道转移到其他器官后的肠道传播肝炎和疾病。各种病毒都与食源性疾病有关，诺瓦克病毒和甲型肝炎这两种病毒是食源性疾病和暴发的最严重负担，因为它们具有高度传染性。轮状病毒是儿童腹泻和戊型肝炎的主要原因之一，虽然主要与水传播感染有关，与食源性疾病的爆发也有关联。除了人际接触和环境传播之外，食物传播在这四种病毒的流行病学中也很重要。腺病毒、星形病毒、沙盘病毒、蜱传脑炎和H5N1禽流感也可在以食物为媒介的地方引起病毒感染。
食源性病毒起源于人类肠道，在粪便中或通过呕吐大量排出。低感染剂量和在食物和各种环境中的强劲生存促进了病毒感染的传播。食品可能在初级生产过程中受到内在污染，或在由受感染的食品加工者制备或处理时受到污染。症状通常是恶心、呕吐、腹泻和腹痛。
病毒不同细菌传染性、持久性和流行病学和这一个问题,因为当前的食品安全方针通常要么没有被验证为食源性病毒,因此没有对控制病毒的功效的理解,或控制措施没有有效地控制这些病毒和生物病毒目前没有可靠的指标。为了避免在原材料和食品处理环境中引入病毒，以及在制定HACCP过程中考虑病毒，有必要采取良好的农业和生产实践。肠道病毒往往症状较轻，不易培养，全球病原性病毒监测系统有限，因此，随着诊断方法和监测系统的完善，有望出现更多的病原性疾病作为食源性传播疾病。
