《线虫如何警告子代回避有害细菌 小RNA再次解释线虫如何将行为表观遗传给后代》

  • 来源专题:中国科学院病毒学领域知识资源中心
  • 编译者: malili
  • 发布时间:2019-12-17
  • 高等动物能够以“言传身教”等各种方式总结并告诫下一代避开不适宜的食物。那么低等动物呢?亲代获得的经验教训能不能传递给子代?根据本周美国细胞生物学学会会议上提交的报告,假单胞菌中的一种小RNA会引发秀丽隐杆线虫的趋避反应,这种反应还可以传递给下一代至第四代。

    今年六月,普林斯顿大学分子遗传学家Coleen Murphy和同事发表了他们的研究记录,结果表明:线虫在摄取某种病原体后,可以将其信息传递给后代以避免下一代犯同样的错误。但是只有一些病原细菌——例如假单胞菌能触发这种跨代趋避反应。Murphy想知道为什么。(请参阅“小RNA解释线虫如何将行为表观遗传给后代”)

    基于前面的研究结果,她的小组开始将致病性假单胞菌细菌各种组分分离,让C.elegans线虫分别置于各种细菌组分之中——细菌DNA,细菌代谢产物,细菌RNA等等,希望了解到底哪一种细菌组分能够触发线虫跨代的趋避反应?

    令研究人员惊讶的是,接触细菌代谢物并没有引发线虫的趋避反应,细菌DNA也没有。然而,细菌中的小RNA可以。当研究人员在线虫的日常口粮——大肠杆菌中加入假单胞菌小RNA后,线虫后来就学会避免食用假单胞菌——即使它们之前从未遇到过真正的假单胞菌。

    由于在25°C下培养的假单胞菌具有致病性并且会触发“吃错假单胞菌的”秀丽隐杆线虫的趋避反应,而在15°C条件下培养的假单胞菌则不会引发线虫的趋避反应,研究人员分析了这两种不同温度下培养的假单胞菌细菌之间小RNA表达的差异。他们鉴定出在培养温度较高时表达上调的六个细菌小RNA,然后又进一步在大肠杆菌中表达这些小RNA,最终将搜索范围缩小到了一个特定的小RNA——触发了线虫的趋避反应——即使这些线虫实际上并未生病。 “这就像是错误的记忆,”Murphy在12月9日在华盛顿特区举行的美国细胞生物学学会年会上介绍了这一发现,并于今年早些时候在bioRxiv发表了预印本。

    沙雷氏菌属Serratia marcesans是一种不会触发跨代趋避反应的病原体,从Serratia marcesans中分离出的小RNA就没有这种作用。

    进一步研究这种现象,研究人员发现线虫最初躲避假单胞菌的分子途径、与将信息传递给后代的分子途径似乎是同一个途径。在6月发表的研究中,研究小组发现,暴露于致病性假单胞菌后,秀丽隐杆线虫中许多piRNAs( Piwi-interacting RNAs)的表达有所不同。如果在敲除种系的一个编码piRNAs调节子的prg-1基因,则能够阻断这种跨代继承的反应。而在最新的研究结果中,研究人员发现在种系中敲除prg-1也会阻断母体线虫的趋避反应。Murphy说:“跨代遗传所需要的每个元件,也是线虫母体趋避行为所必需的。”

    研究小组用野生型秀丽隐杆线虫和野生型细菌证实了该结果,表明这并非仅是实验室环境的产物。尽管假单胞菌小RNA触发的线虫趋避行为的确切机制仍不太明确——更不用说将该行为传递给下一代了的机制了,但Murphy团队已经确认其不涉及已知参与处理microRNA或病毒RNA途径的组分。她说:“这是全新的东西。它提出了一系列全新的问题。”

    在此之前已经有多个研究报告表明,线虫能够将母体获得的某些习性通过小RNA传递给子代以帮助其更好的生存。

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    • 编译者:malili
    • 发布时间:2019-12-17
    • 当C.elegans线虫在腐烂的水果上蜿蜒而行寻找细菌吃的时候,它有时会吃到不该吃的细菌。有些细菌在被摄入后对线虫是致命的,但不幸的是,线虫不能每次都把它们和有营养的种类区分开来——明白的时候,为时已晚。 不过,普林斯顿大学的研究人员最近在实验室观察线虫时发现,虽然为时已晚,它们还是有办法“转告”下一代不要犯同样的错误。在线虫死于病原细菌之前,它们通常会产卵——产生的后代会一直回避摄入这种致命细菌。显然,趋避病原体——亲代在临终前学会的一种“行为”,可以传递给下一代以帮助它们生存。但这种亲代后天学会并传递给下一代的行为,是由小RNA引起的表观遗传机制,并不会成为一个天生的属性,传数代以后就会消失。文章发表在6月的《Cell》杂志上。 已经有多篇文献报道,线虫的跨代遗传可以通过小RNA途径介导,但很少有人将这种机制与行为特征联系起来。 普林斯顿大学的Coleen Murphy团队在研究中惊讶地发现,线虫在接触致病性铜绿假单胞菌后,其后代从一开始就会主动回避这种致病菌株。他们发现线虫能够将这种习性遗传至第四代子代,之后这种习性就消失了。这给了子代生存的优势。当把线虫放在一个病原细菌成碎片状分布的平板里,那些“亲代接触过这种细菌的”线虫子代的存活率,比那些亲代未接触过这种细菌的幼虫要高77%。 为了深入了解其作用机制,研究人员比较了接触病原体的线虫和只接触无害大肠杆菌菌株的线虫的基因表达谱。他们发现,在接触病原体细菌的母体和其子代中,有许多神经相关基因的表达上调,包括与趋避病原体行为有关的daf-7基因。在让线虫接触病原体后,daf-7在特定的神经元亚群中表达增加,并且这种表达水平上调能够维持到第四代子代。 有趣的是,通过RNA干扰抑制daf-7在亲本线虫中的表达,对它们躲避病原菌的能力没有影响,但在其子代中干扰daf-7表达会使子代丧失趋避能力。Murphy认为,这表明该基因是子代维持趋避行为所必需的。 Murphy的研究小组随后研究了daf-7是如何调节的。他们首先寻找小RNA调节因子,这种短非编码序列被认为在秀丽隐杆线虫各种性状的表观遗传中发挥作用。 他们发现了一类Piwi-interacting RNAs(piRNAs)的特殊小RNA,之所以这样命名是因为它们与Piwi蛋白形成复合物,而Piwi蛋白的丰度在线虫接触病原细菌后会发生显著变化。进一步的实验表明,daf-7在后代中的表达也需要一种特定的piRNA相关蛋白。 研究结果表明,小RNA可以调节这种跨代传递的趋避行为,神经元的daf-7水平变化强化了这种趋避行为。但有关该机制的一些细节——如小RNA通路如何将神经元中的基因表达变化转化为生殖系中的信号,以及piRNAs究竟在做什么——仍然有待研究。 特拉维夫大学的遗传学家Oded Rechavi表示:“对病原体的反应是可以遗传的——这很有趣,因为我们不知道哪些环境可以触发可遗传的反应,哪些环境不会。”他好奇的是,这个过程实际上发生在哪里。他表示:“我很想知道,Murphy所看到的对病原体的趋避反应是从神经系统开始的,还是病原体的暴露直接改变了线虫的小RNA库。” 从大脑到性腺再到下一代 除了Murphy团队的研究结果,特拉维夫大学Rechavi的研究小组也报道了线虫行为特征的跨代遗传。这个团队采取了一种不同的方法,展示了一种基于RNA的小机制如何将来自神经系统的信息传递给生殖细胞和后代。虽然已知与免疫和应激有关的性状可以在线虫中跨代遗传,但这两篇论文首次表明复杂行为可以以相同方式传播。 Rechavi的研究正是着眼于这一起源问题;在线虫一生中大脑对环境因素的反应能否传递到生殖系并遗传给子代?神经系统能否控制下一代的行为? Rechavi的实验室先前的工作集中在另一类小RNA调节因子——小干扰RNA(siRNAs),这种序列可以通过与mRNA转录物结合来沉默基因,从而调节基因表达。除基因组外,这些基因还可以通过生殖系遗传,并可以改变各代的基因表达。有研究表明,不同形式的压力,如饥饿,会导致某些siRNAs被遗传到下一代,从而影响营养相关基因和其他基因的表达。() Rechavi团队现在研究的问题具体来说就是:线虫一生中学习到的神经、行为反应是否也会同样被遗传到下一代?在这种情况下,已知在秀丽线虫神经系统中存在的siRNA是否可能影响生殖系中的基因表达?为了验证这一想法,他们对线虫进行基因改造,使其仅能在神经系统中表达RDE-4蛋白—— 一种合成某些siRNAs所需的蛋白质,这意味着这些线虫模型只能在神经系统产生siRNA。 令人惊讶的是,当研究人员观察这些线虫模型的性腺时,他们发现:与完全缺失RDE-4的对照突变体相比,超过1000个siRNA的丰度发生了变化。进一步的实验表明,其中近200个siRNA实际上是可遗传到第三代子代的。由于RDE-4在这些线虫的性腺中不表达,这一结果表明,神经组织中的RDE-4蛋白的产生和siRNA的产生,显然与生殖系有关联。 Rechavi团队的研究结果还指出,如果线虫完全缺乏RDE-4,它们在温暖的条件下显示出某些缺陷;与正常线虫相比,它们通过趋化性寻找食物的能力下降。然而,如果RDE-4缺陷线虫与神经元中具有RDE-4的线虫模型杂交,它们的后代具有正常的趋化行为。“只要“曾祖父辈”神经系统有RDE-4,就已经足够让好几代的子代表现得几乎和野生动物一样好。所以亲代的神经系统能控制到“曾孙”一代。 进一步的实验表明,saeg-2是一个明显受siRNAs调控的基因,它与线虫的觅食行为有关。在应激状态下,saeg-2的沉默是正常趋化的必要条件。Rechavi推测,某些环境条件会触发控制神经组织行为的特定基因的表达,线虫可以通过提高RDE-4的水平将其传递给下一代,RDE-4又会在神经组织中生成siRNAs。这在某种程度上导致了生殖系中siRNA的提高并进入下一代,在后代中下调saeg-2,以确保适当的趋化行为。 这种siRNAs的产生以某种方式被传递到生殖系,但还不清楚这是如何发生的,Rechavi推测神经元中的小核糖核酸可以通过组织进入生殖细胞。已知外源siRNAs,比如通过喂食或注射的人工siRNA可以通过组织进入生殖细胞,但内源的小RNA(通过组织进入生殖细胞)此前还没有报道过。 突破魏斯曼壁垒(Weismann barrier) 这一结果提供了证据,否定了19世纪魏斯曼(August Weismann)提出的一个的理论——即在个体生命周期内发生的体细胞变化,如神经元反应,是不能遗传的。“神经系统可以跨代传递神经反应,突破魏斯曼屏障,”Rechavi说。 Miska说,这一发现为近10年前发表的一项研究提供了证据——那个研究首次表明,在某种情况下,对嗅觉线索的适应行为特征可以在秀丽隐杆线虫的后代中遗传。这一发现最初在科学界遭到质疑。如今,新的研究结果“支持了第一篇论文中提出的原创概念,此外,它们还为这一现象的发生提供了潜在的机制性见解。”虽然已知线虫的跨代遗传可以通过小RNA途径介导,但很少有人将这种机制与行为特征联系起来。他希望看到更多的机制研究。“在这两种情况下,具体如何运作的机制都不清楚。”例如,参考Rechavi的论文,虽然我们知道来自神经系统的小RNA可以通过生殖系遗传,但还不清楚它们是如何影响体细胞组织中的基因表达的。至于Murphy的研究,他对piRNA通路的参与感到惊讶,因为这对于调节“非自我”DNA的表达,如转座子的表达是最好的理解。 Murphy认为Rechavi的研究很好地补充了她的研究。“很多时候,人们只考虑在生殖系中起遗传作用的成分,Rechavi的研究表明和我们的一些结果也表明,在神经系统中也必然有重要的成分。。” 然而,让她感到困惑的是,为什么仅短暂地在几代时间里表达一种有益的行为,而不是简单地将其写入到遗传密码中?不过,考虑到其他团队的一些研究结果时,这是有意义的:当线虫学会避开高致病性假单胞菌菌株时,它们也倾向于避开同一类细菌的低致病性菌株。“对所有的假单胞菌进行“天生的遗传性”趋避是一个不好的选择,因为有很多假单胞菌种类对蠕虫有益,可以吃,是一个很好的营养来源。” Rechavi指出,另一个原因是线虫的世代时间短。“离下一代只有三天的时间,父母的环境很可能与后代的环境相似。。。让后代做好准备,提高应对同样困难的机会是有意义的。” 小RNA通路中涉及的基因、蛋白质和复合物的许多成分在包括人类在内的许多动物中都是保守的。但是,这种跨代遗传机制是否也得到广泛保守,是一个“十亿美元”的问题,Rechavi说。“如果这是保守的,那么它真的可以改变我们对遗传的看法。”
  • 《肠道细菌可能改变蠕虫的行为,影响饮食习惯》

    • 来源专题:生物安全网络监测与评估
    • 编译者:yanyf@mail.las.ac.cn
    • 发布时间:2020-06-22
    • 肠道细菌很小,但可能不仅对宿主动物的消化健康,而且对它们的整体健康发挥着巨大的作用。根据《自然》杂志的一项新研究,蛔虫体内的特定肠道细菌可能会改变这种动物的行为,指导它的进食决定。这项研究部分由美国国立卫生研究院资助。 美国国家卫生研究院神经紊乱和中风研究所(NINDS)的项目主管罗伯特·里德尔博士说:“我们不断发现肠道细菌在胃之外发挥着令人惊讶的作用。”“在这里,肠道细菌影响着动物感知环境的方式,并导致它向具有相同细菌的外部来源移动。肠道细菌确实让它们的物种对动物来说更美味。” 马萨诸塞州沃尔瑟姆市的布兰代斯大学的研究人员,在博士后研究员和论文第一作者Michael O'Donnell博士和生物学教授Piali Sengupta博士的带领下,对肠道细菌是否可能控制宿主动物的行为很感兴趣。该小组研究了肠道细菌对蠕虫(秀丽隐杆线虫)如何嗅出并选择它们的下一餐的影响。 细菌是蠕虫的主要食物。在这项研究中,研究人员测量了蠕虫是如何喂养对辛醇有反应的不同菌株的。辛醇是一些细菌分泌的一种大型酒精分子,当辛醇浓度很高时,蠕虫通常会避开辛醇。 奥唐奈博士和他的同事们发现,与生长在其他细菌上的动物相比,生长在JUb39上的蠕虫不太可能避免辛醇。奇怪的是,他们发现在向辛醇移动的蠕虫肠道中存在JUb39活菌,这表明这种行为可能部分是由这些细菌产生的一种物质决定的。 接下来,研究人员想知道细菌是如何控制蠕虫的。 奥唐奈博士说:“我们能够把从微生物到行为的各个方面联系起来,并确定参与这一过程的整个途径。” 大脑中的化学物质酪胺可能在这种反应中发挥重要作用。在蠕虫体内,酪胺被转化为化学物质章鱼胺,它针对控制回避行为的感觉神经元上的受体。这项研究的结果表明,细菌产生的酪胺增加了章鱼胺的水平,而章鱼胺通过抑制这些神经元对辛醇的排斥,使蠕虫对辛醇更有耐受力。 通过其他行为测试,研究人员发现,对蠕虫进行基因改造使其不产生酪氨酸,并不会影响它们在JUb39上生长时对辛醇的抑制。这表明细菌产生的酪胺可以弥补这些动物体内缺失的内源性酪胺。 另外的实验表明,在JUb39上生长的蠕虫更喜欢吃这种细菌,而不是其他的细菌食物来源。由细菌产生的酪胺也被发现是这个决定所必需的。 “通过这种方式,细菌可以控制宿主动物的感官决策过程,从而影响它们对气味的反应,并可能影响它们对食物的选择,”森古普塔博士说。 未来的研究将发现细菌产生的其他大脑化学物质可能与改变其他蠕虫的行为有关。此外,肠道中存在的特定菌株组合是否会导致对环境线索的不同反应尚不清楚。尽管蠕虫和哺乳动物有许多相同的基因和生化过程,但我们不知道在高级动物中是否存在类似的途径和结果。