《遗传发育所发现snoRNP在热精胺介导的拟南芥生长发育中的作用》

  • 来源专题:转基因生物新品种培育
  • 编译者: 姜丽华
  • 发布时间:2022-12-07
  •   多胺(polyamines)广泛存在于细菌、酵母、动物和植物中。多胺的主要存在形式为腐胺(Putrescine,Put)、亚精胺(Spermidine,Spd)和精胺(Spermine,Spm)。多胺曾被认为是潜在的植物激素,调控植物生长发育和环境适应的多个方面,但由于内源含量远高于经典的植物激素,且信号转导途径不明确,近年来被认为仅作为生长调节物质发挥功能。1979年,热精胺(Thermospermine,T-Spm)在嗜热菌(Thermus thermophilus)中得到鉴定,是精胺的同分异构体。拟南芥中热精胺合成缺陷突变体的表型与腐胺、亚精胺和精胺缺陷突变体的表型存在显著差异,说明热精胺在植物体内可能存在特异的功能和信号转导途径。

      中国科学院遗传与发育生物学研究所研究员李家洋研究组通过测定拟南芥体内多胺的含量,发现热精胺的内源含量显著低于腐胺、亚精胺和精胺,达到经典植物激素的范围。热精胺合成突变体acl5的株高显著降低,且在靠近根茎连接处的根部出现瘤状结构。为解析热精胺调控植物生长发育的机制,科研团队开展大规模抑制子筛选,获得了50多个acl5瘤状结构的抑制子(Suppressors of acl5 nodule structure,san)。科研人员对其中两个抑制子san1和san2开展深入研究发现,SAN1和SAN2分别编码box H/ACA和box C/D snoRNP复合体的核心蛋白NAP57和NOP56,并分别在保守的TruB N和Nop结构域发生了点突变。细菌、酵母和动物中的过往研究表明,box H/ACA和box C/D snoRNP复合体分别由四个核心蛋白及相应的小分子核仁RNA(snoRNA)组成,分别负责核糖体RNA(rRNA)的假尿嘧啶化修饰和2'-O-甲基化修饰,与核糖体的生物合成、活性以及癌症等疾病的发生密切相关。植物中box H/ACA和C/D snoRNP复合体的核心蛋白与酵母和动物中的核心蛋白高度同源,但目前对snoRNP复合体在植物中的功能研究有限。

      通过rRNA假尿嘧啶化修饰的质谱定量分析,研究发现acl5中假尿嘧啶化修饰水平与野生型相比无明显差异,而acl5 san1中假尿嘧啶化修饰水平显著降低,表明SAN1中的点突变导致box H/ACA snoRNP功能的损伤。科研人员利用高通量测序技术检测了5.8S、18S、25S rRNA中的2'-O-甲基化修饰位点及程度发现,acl5的2'-O-甲基化修饰水平与野生型相比无明显差异,而acl5 san2中rRNA的2'-O-甲基化修饰水平出现全局性降低,表明SAN2在rRNA 2'-O-甲基化修饰中发挥重要功能。

      在拟南芥中,腐胺、亚精胺、精胺和热精胺是主要类型的多胺,它们的内源含量和生物学功能存在差异。该研究发现热精胺的内源水平约为1 μg/g,接近内源植物激素的范围。研究通过遗传筛选鉴定到acl5的抑制子蛋白SAN1/NAP57和SAN2/NOP56,分别是box H/ACA snoRNP和box C/D snoRNP中的核心组分,在rRNA的假尿嘧啶化修饰和2'-O-甲基化修饰中发挥关键作用。因此,热精胺通过调控snoRNP复合物的功能调节拟南芥的株高和瘤状结构的形成,对snoRNP功能的深入解析有望阐明植物中热精胺的信号转导机制。

      该研究将rRNA修饰和热精胺介导的植物生长发育关联起来,为研究热精胺调控植物生长发育的机制提供了重要证据。由于热精胺内源含量较低,可能作为一类新的植物激素发挥功能,未来需开展更多acl5抑制子的分析及snoRNP功能的深入研究,对揭示热精胺在植物中的完整信号转导途径具重要意义。

      11月15日,相关研究成果以SnoRNP is essential for thermospermine-mediated development in Arabidopsis thaliana为题,发表在《中国科学:生命科学》(SCIENCE CHINA Life Sciences)上。研究工作得到国家自然科学基金、中国科学院战略性先导科技专项、国家重点研发计划、中国科学院青年创新促进会和中国科学院关键技术人才计划的支持。


  • 原文来源:https://www.cas.cn/syky/202211/t20221116_4854973.shtml
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    • 编译者:姜丽华
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    •       SE编码C2H2锌指蛋白,是植物中miRNA形成途径中的关键基因。其调控植物的叶片发育、顶端分生组织的活性、花序结构和植物发育阶段的转换。SE的部分功能缺失突变体se-1,表现出胚胎发生异常、叶片发生延迟、叶片锯齿化、发育阶段转换加速、花序异常和花发育等缺陷。同时,SE参与植物响应生物胁迫和非生物胁迫的过程。然而,相对于被广泛报道的SE功能的重要性,关于SE在植物生长发育不同时期及抗病抗逆时的作用方式及调控模式仍然未知。       长非编码RNAs(lncRNAs),是一类长度超过200 nt,且几乎不编码蛋白质的RNA。大量研究表明,lncRNA是许多生物过程中的关键调节因素。目前,植物中已系统的鉴定出数以千计的lncRNAs,但他们具体的功能机制仍知之甚少。此外,lncRNA是否参与SE基因的调控,也有待研究。       孙博教授团队长期从事表观遗传调控植物发育研究。本工作首先从SE的3’端鉴定出一个反义长链非编码RNA SEAIRa,在拟南芥生长发育过程中与SE呈相反的表达模式。超表达SEAIRa会导致SE下调表达,而敲低或者敲除SEAIR会导致SE上调表达。因此SEAIRa是SE的负调控因子。       研究人员通过RNA体内pull down寻找到了SEAIRa的互作蛋白E3连接酶PUB25/26以及类泛素蛋白RUB1。SEAIRa招募PUB25/26以及RUB1引起SE第11个外显子区域H2Aub修饰。此外,PUB25/26会影响SEAIRa 5’端的切割,并释放出5’端片段,游离的5’片段可以与PRC2核心成员EMF2互作,进而招募PRC2复合体引起SE第一个外显子区域H3K27me3修饰。SE基因座不同位点的抑制性H2Aub和H3K27me3修饰协同调节SE染色质状态并抑制SE表达。        综上,该研究揭示了一种由结合在染色质上的lncRNA SEAIRa介导的表观遗传抑制新机制。研究结果一方面拓宽了植物中lncRNA的作用机制,也阐述了在植物生长发育过程中发挥重要作用的SE的调控机制。        近日,该成果在以“An antisense intragenic lncRNA SEAIRa mediates transcriptional and epigenetic repression of SERRATE in Arabidopsis”为题于2023年3月1日在线发表于PNAS杂志,深入解析了长链非编码RNA SEAIR调控SE的分子机制。南京大学博士后陈炜为该论文第一作者兼共通讯,南京农业大学王秀娥教授和南京大学孙博教授为该论文通讯作者。新加坡国立大学袁于人教授(已逝)、南京大学陈迪俊教授和南京农业大学张文利教授等参与了该研究工作。该课题得到了江苏省农业技术体系专项资金和中央高校基本科研业务费专项资金等项目的资助。 原文链接:www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.2216062120
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