《瑞士研究团队发现基因组学在海洋细菌研究方面的应用潜力》

  • 来源专题:生物安全网络监测与评估
  • 编译者: 闫亚飞
  • 发布时间:2022-11-25
  • 据国科农研院公众号8月18日消息,瑞士苏黎世联邦理工学院研究团队借助基因组学技术,发现了多种海洋细菌生物合成基因簇。研究团队通过海水样本的基因测序数据构建了海洋微生物基因组,并创建了数据库。经算法分析,共发现39055个生物合成基因簇,参与约6873种化合物的生物合成过程。该研究通过基因组学方法发现了新型海洋细菌和生物合成基因簇,对海洋生态、生物进化和天然产物等领域的研究具有重要意义。相关研究成果发表于《自然》期刊。
  • 原文来源:https://mp.weixin.qq.com/s/yMG2Zx1yQsuPSzFJoVkKgA
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  • 《利用eDNA技术发现新的海洋细菌物种和天然产物》

    • 来源专题:中国科学院文献情报系统—海洋科技情报网
    • 编译者:liguiju
    • 发布时间:2022-07-01
    • 瑞士苏黎世联邦理工学院微生物研究所研究人员探索如何使用环境DNA(eDNA)技术研究海洋中的微生物多样性。 为了检测由细菌制成的新天然产物,研究团队检测了从世界每个海洋区域不同深度收集的1000个水样中公开的DNA数据。借助环境DNA(eDNA)分析等现代技术,寻找新物种和发现哪些已知的生物体可以在哪里找到变得更加容易,但是,对于海洋微生物提供了哪些特殊的效果等方面还知之甚少,换句话说,它们制造了哪些对生物体之间的相互作用很重要的化学成分。支持这项研究的假设是,海洋微生物组蕴藏着巨大的天然产品潜力,对人类是有益的,例如抗生素。 对从样本中提取的eDNA进行测序,然后在计算机上重建整个基因组,研究人员成功解密了编码信息—蛋白质的蓝图。最后,他们将这些新数据与现有的8 500个海洋微生物基因组数据集整合到一个数据库中。这为他们提供了35 000个基因组来寻找新的微生物物种,特别是寻找有前景的生物合成基因簇(BGC)。BGC是一组为天然产物提供合成途径的基因。 在这些基因组数据中,研究人员不仅检测到许多潜在有用的BGC(总共约 40 000个),而且还检测到以前未发现的属于Eremiobacterota门的菌种,已知这组细菌仅存在于陆地环境中,并没有表现出任何特殊的生物合成多样性。研究团队将这些细菌的一个新家族命名为Eudoremicrobiaceae,并且还能够证明这些细菌是常见且广泛存在的:属于该家族的一个物种,Eudoremicrobium malaspinii,占海洋中所有细菌的6%。 研究人员详细研究了两种Eudoremicrobiaceae BGC,一种是包含酶遗传密码的基因簇,另一种是抑制蛋白水解酶的生物活性天然产物,研究人员通过实验验证了这两种天然产物的结构和功能。由于无法培养E. malaspinii,他们不得不将基因移植到模型细菌中,这样它们就可以作为天然产物的设计图。这种细菌产生相应的产物。最后,研究人员从细胞中分离出分子,确定结构并验证生物活性。(王琳  编译)
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    • 来源专题:中国科学院文献情报系统—海洋科技情报网
    • 编译者:熊萍
    • 发布时间:2025-06-28
    • 近日,中国科学院海洋研究所海藻遗传与发育研究团队在环境微生物学期刊 Applied and Environmental Microbiology 发表题为Effects of Vibrio parahaemolyticus on physiology and metabolism of Thalassiosira weissflogii in the co-culture system的研究论文。该研究基于弧菌与硅藻共培养实验,结合生理指标检测与转录组高通量测序,系统揭示了副溶血性弧菌(Vibrio parahaemolyticus)对硅藻威氏海链藻(Thalassiosira weissflogii)的生理及生化代谢过程的影响及内在机制,为深入理解藻菌互作提供了新视角。 硅藻在海洋初级生产中占据主导地位,约贡献 40% 的海洋初级生产力和 20% 的全球光合固碳量。硅藻通过分泌各种代谢产物与周围微生物互作,形成独特的 “藻际环境”。已有研究表明,藻际细菌通过利用藻际高浓度光合产物、降解硅藻胞外多糖等影响海洋碳循环。然而,在这种海洋微生态环境下,硅藻的生长与代谢活动是如何变化与调控的仍不清晰。副溶血性弧菌是一类广泛存在于海洋环境中且常与硅藻共存于“藻圈”微生态系统中的微生物。本研究通过构建威氏海链藻与副溶血性弧菌的共培养体系,分析硅藻在光合作用、碳氮代谢和几丁质代谢等方面的生理变化及转录响应。 研究发现,与副溶血性弧菌共培养条件下,威氏海链藻可能通过上调细胞周期相关蛋白的表达、利用细菌代谢物(如IAA)来维持正常的生长速率。弧菌显著抑制了藻细胞中叶绿素尤其是叶绿素c的积累,从而影响了硅藻光合作用效率,且藻细胞碳氮代谢平衡被打破,碳固定能力下降。几丁质作为威氏海链藻重要的细胞壁结构多糖,其代谢过程受弧菌影响:威氏海链藻通过上调几丁质合酶的表达量以及降低几丁质酶活性来增加几丁质的合成量,从而提高细胞壁强度以应对弧菌侵扰。此外,弧菌调控了威氏海链藻抗氧化酶系统与信号转导,硅藻表现出多层次的生理响应机制。该研究首次从分子水平系统解析了副溶血性弧菌对硅藻生理代谢的影响机制,拓展了对藻菌互作的理解,为未来在海洋生态和养殖水体健康调控等领域的研究提供了理论支撑。 中国科学院海洋研究所与青岛农业大学联培硕士研究生王佳慧为文章第一作者,副研究员邵展茹为通讯作者。该研究得到国家自然科学基金、中国科学院战略性先导科技专项、中国科学院青年创新促进会等项目的共同资助。 论文信息: Wang, J., Cheng, M., Wang, X., Wang, G., Duan, D., & Shao, Z*. Effects of Vibrio parahaemolyticus on physiology and metabolism of Thalassiosira weissflogii in the co-culture system. Applied and Environmental Microbiology, 2025, 91(5), e0032325. https://doi.org/10.1128/aem.00323-25