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《NSR，3月3日，On the origin and continuing evolution of SARS-CoV-2》

  • 来源专题：COVID-19科研动态监测
  • 编译者： zhangmin
  • 发布时间：2020-03-05

  • On the origin and continuing evolution of SARS-CoV-2

    Xiaolu Tang, Changcheng Wu, Xiang Li, Yuhe Song, Xinmin Yao, Xinkai Wu, Yuange Duan, Hong Zhang, Yirong Wang, Zhaohui Qian ... Show moreAuthor Notes

    National Science Review, nwaa036, https://doi.org/10.1093/nsr/nwaa036

    Published: 03 March 2020

    ABSTRACT

    The SARS-CoV-2 epidemic started in late December 2019 in Wuhan, China, and has since impacted a large portion of China and raised major global concern. Herein, we investigated the extent of molecular divergence between SARS-CoV-2 and other related coronaviruses. Although we found only 4% variability in genomic nucleotides between SARS-CoV-2 and a bat SARS-related coronavirus (SARSr-CoV; RaTG13), the difference at neutral sites was 17%, suggesting the divergence between the two viruses is much larger than previously estimated.

  • 原文来源：https://academic.oup.com/nsr/advance-article/doi/10.1093/nsr/nwaa036/5775463?searchresult=1
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    • 编译者：zhangmin
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    • 1.时间：2020年3月3日 2.机构或团队：北京大学、中国科学院上海巴斯德研究所、中国科学院生物安全大科学中心、中国科学院大学、上海大学生命科学学院、中国医学科学院/北京协和医学院病原生物学研究所 3.事件概要： 北京大学等于2020年3月3日在National Science Review上发表题为“On the origin and continuing evolution of SARS-CoV-2”的文章,研究了SARS-CoV-2与其他相关冠状病毒之间的分子差异程度。 文章指出，尽管他们发现SARS-CoV-2与蝙蝠SARS相关冠状病毒（SARSr-CoV; RaTG13）之间仅4％的基因组核苷酸有差异，但中性位点有17％的差异，表明这两种病毒之间的差异要比以前估计的大得多。作者指出，SARS-CoV-2和穿山甲SARSr-CoVs病毒中刺突蛋白受体结合域（RBD）功能位点的新变异，除了重组外，还可能是由突变和自然选择引起的。研究人员对103个SARS-CoV-2基因组进行的群体遗传学分析表明，这些病毒进化成两种主要类型（命名为L和S），它们显示了迄今为止测序的病毒株之间都相关。虽然L型（?70％）比S型（?30％）更为普遍，但S型是原始版本。虽然L型在武汉暴发的早期阶段更为普遍，但在2020年1月初之后，L型的出现频率有所下降。人类的干预可能对L型施加了更严重的选择压力，L型可能更具侵略性，传播速度更快。另一方面，S型的进化年龄更大，攻击性更弱，可能由于相对较弱的选择压力而增加了相对的出现频率。作者总结，这些发现有力地支持迫切需要对COVID-19患者的临床症状结合基因组数据、流行病学数据和图表记录进行进一步的、即时的、全面的研究。 4.附件： 原文链接： https://academic.oup.com/nsr/advance-article/doi/10.1093/nsr/nwaa036/5775463?searchresult=1
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  • 《BioRxiv，3月7日，Direct RNA sequencing and early evolution of SARS-CoV-2》
    • 来源专题：COVID-19科研动态监测
    • 编译者：zhangmin
    • 发布时间：2020-03-08
    • Direct RNA sequencing and early evolution of SARS-CoV-2 George Taiaroa, Daniel Rawlinson, Leo Featherstone, Miranda Pitt, Leon Caly, Julian Druce, Damian Purcell, Leigh Harty, Thomas Tran, Jason Roberts, Mike Catton, Deborah Williamson, Lachlan Coin, Sebastian Duchene doi: https://doi.org/10.1101/2020.03.05.976167 Abstract The rapid sharing of sequence information as seen throughout the current SARS-CoV-2 epidemic, represents an inflection point for genomic epidemiology. Here we describe aspects of coronavirus evolutionary genetics revealed from these data, and provide the first direct RNA sequence of SARS-CoV-2, detailing coronaviral subgenome-length mRNA architecture. *注，本文为预印本论文手稿，是未经同行评审的初步报告，其观点仅供科研同行交流，并不是结论性内容，请使用者谨慎使用.
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